Nyíregyházán született, apja közgazdász, a Magyar Nemzeti Bank felügyelője volt. Művészeti tanulmányait a Debreceni Medgyessy Ferenc Képzőművészeti Körben kezdte meg, ahol Veress Géza, Menyhárt József, Félegyházi László és Bíró Lajos irányításával dolgozott. 1962 és 1967 között Budapesten, a Képző- és Iparművészeti Gimnáziumban tanult.
1970-ben költözött Szentendrére, ahol 1972-ben részt vett a Vajda Lajos Stúdió megalapításában, amelynek 2004 és 2008 között elnöke is volt.
Munkássága összefonódott az 1970-es években kibontakozó avantgárd irányzat törekvéseivel.
A hivatalos művészetet és művészeti szervezetet elutasító, az akkor Magyarországon még tiltott európai és magyar progresszív művészetet méltató csoportban olyan alkotókkal került szoros kapcsolatba, mint feLugossy László, ef Zámbó István, Wahorn András, Bereznai Péter, Matyófalvi Gábor, Holdas György és Vincze Ottó. Csoportjuk számos művészeti irányzatot, megannyi művészeti ágazatot, kifejezésformát és műfajt, képzőművészetet, zenét, színházat, irodalmat, fotót, videót, akcióművészetet, performanszt, happeninget integrált tevékenységébe, tudatosan vállalva a Vajda Lajos életműve által képviselt szellemi és esztétikai tradíciót és továbbvitelét.
Aknay János 1971 óta szerepel kiállításokon. Korai, lírai hangvételű pasztellképei szentendrei házak, tetők, hangulatok vizuális feldolgozásai. 1976-tól egyre elvontabb vizuális jelekké alakítja át ezt a melegséget árasztó építészeti környezetet, munkái közt megjelennek a tiszta színű, gyakran a sötét és a világos, a fekete és a fehér ellentétére épülő konstruktív-geometrikus képek. Ezek a festmények a Barcsay Jenő, Balogh László, Deim Pál művészetével jellemezhető áramlathoz erős szálakkal kapcsolódva, a hagyományos táblaképfestészet és grafika műformai és műfaji keretein belül bontakoztak ki. Elvont, geometrikus alakzatokra szervezett, jellegzetesen szentendrei építészeti elemeket idéző kompozícióiban az archaikus írásjelek mellett gyakran visszatér a bábu, a kereszt, az angyal és az ablak motívuma, a látható és a láthatatlan ábrázolásának festészeti problématörténetébe illeszkedve.
Miként arra egy interjúban szemérmesen utalt, alkotásai a transzcendens világra nyílnak:
A 2000-es évek közepén új szempontok szerint visszatért a városképekhez: a régi Szentendre sajátos kuszaságban kialakult, egymásba csúszó tereiből, a házak boltozatos kapuiból, lépcsőkből építi fel monumentális képeit, amelyeken gyakran meglepő színharmóniák, néha tudatosan disszonáns színellentétek jelennek meg.
Művészi alkotómunkája mellett a kezdetektől rendkívül aktív és széleskörű művészeti szervezőtevékenységet végzett: 1976-ban a Fiatal Képzőművészek Stúdiója tagjának választották, de számos más művészeti szervezet és társaság tagja, később tisztségviselője lett, köztük van a Magyar Alkotóművészek Országos Egyesülete, a Magyar Képzőművészek és Iparművészek Szövetsége, a Magyar Festők Társasága és a Magyar Művészeti Akadémia. Munkásságát számos díjjal, kitüntetéssel ismerték el: 1996-ban kapta meg a Pro Urbe-díjat, 2000-ben a Pest Megye Művészetéért-díjat, 2000-ben a Magyar Köztársasági Érdemrend Lovagkeresztjét, 2002-ben a Munkácsy-díjat, 2009-ben a Magyar Művészetért Díjat, 2017-ben a Magyar Érdemrend Tisztikeresztjét. 2010-ben művészi munkássága elismeréseként vehette át a Kossuth-díjat, 2021-ben a nemzet művészévé választották.
Több országos képzőművészeti seregszemle díjazottja is volt. Önálló kollekcióival folyamatosan jelen van a hazai és külföldi kiállítótermekben, állandó szereplője a csoportos tárlatoknak, az országos művészeti seregszemléknek is. 2023-ban Mágikus geometria címmel a szentendrei Skanzen Galériában nyílt nagy sikerű kiállítása, amely a hosszú ideje következetesen épített és fejlesztett, Emlék című sorozatának legújabb darabjaiból adott ízelítőt. Március 8-án, a művész születésnapjához kapcsolódva Aknay75 címmel nyílik tárlat munkáiból a szentendrei MANK Galériában.
