A sok helyen csak melegfilmesként emlegetett Schroetert a német újhullám egyik legellentmondásosabb alkotójaként tartották számon. A művész filmes karrierjét a hatvanas években kezdte, amikor is gyakran dolgozott együtt a melegfilmes Rosa von Praunheimmal, de emellett opera- és színházi rendezőként is tevékenykedett. Pályafutása során nemcsak németországi, hanem külföldi színházakban is rendezett.
Schroeter szívesen forgatott a közfelfogástól eltérő módon olyan kívülálló csoportokról, mint a homoszexuálisok vagy a bevándorlók. A hetvenes évekre a német filmipar egyik vezető alkotójává nőtte ki magát. Negyvenéves munkásságát a 2008-as, 65. Velencei Nemzetközi Filmfesztiválon életműdíjjal jutalmazták, de korábban nyert Arany Medvét is Berlinben.
Werner Schroeter fontosabb alkotásai: Eika Katappa, Neapolitanische Geschichten, Palermo oder Wolfsburg, Tag der Idioten, Liebeskonzil, Malina (képünkön), Szerelempor, Die Königin ? Marianne Hoppe, Nuit de chien. Rendezői munkásságán kívül a filmes forgatókönyvet írt, vágott és operatőrként is tevékenykedett, színészként pedig néhány saját munkáján kívül olyan kollégái műveiben szerepelt, mint Wim Wenders vagy Rainer Werner Fassbinder.
