Az író alakja körüli legnagyobb titok mégis a naplója, melyet halála előtt úgy adott át fiainak, hogy semmisítsék meg: ?Fiaim! Ami ebben a fiókban van, teljesen tűzbevetendő. Egy darabkát se tartsatok meg belőle. Senkinek semmi haszna belőle, tanárfélék ellenben különféle haszontalan nyomtatványokat bocsátanának róla világgá? ? rendelkezett egy fennmaradt cédulán. Szokásos eljárása ez a művészeknek, gondoljunk csak Kafkára: nem ők égetik el a műveket, hanem valaki másra bízzák. Az a valaki pedig rendszerint kiadja a titkos, megsemmisítésre szánt dokumentumokat. A Gárdonyi örökösök is így tettek, csak éppen sokáig hiába: fél évszázadon keresztül senki sem tudta megfejteni Gárdonyi egyedi titkosírását. Ám a vállalkozó kedvű rejtvényfejtők seregében az 1960-as évek legvégén hirtelen ketten is akadtak, akik rájöttek a titkosírás nyitjára. Gilicze Gábor fordító ? akkor még joghallgató ? és Gyürk Ottó honvéd alezredes mondhatni egyszerre rukkolt elő a jelek értelmezésével. Az egri Vármúzeum képtárában 1969. októberében Gilicze a betűkről lebbentette fel a fátylat, Gyürk viszont csak a számok beazonosításáig jutott, ám agyütt kaptak megbízást a teljes szöveg dekódolására.
Az ezeroldalas ?fordításból" fél évtized múltán Z. Szalai Sándor irodalomtörténész adott közre kétszáz lapnyi válogatást. A szemelvényekből az olvasó képet alkothatott Gárdonyi 1915-től haláláig vezetett naplójáról, és megismerkedhetett az írónak az írás művészetével foglalkozó teóriáival, valamint szinonimagyűjteményével. A gyűjteményt sajtó alá rendező Z. Szalai 1974-es tanulmányában azt írta, hogy a szóban forgó irományok fényt vetnek Gárdonyi ?a szűzdohányát dugdosó, pénztől-adósságtól irtózó, papucsos hétköznapiságára" csakúgy, mint elbeszélő művészetének frissítését célzó, a rutin és az önismétlés ellenszereit kereső ?reformeri igyekezetére".
A Titkosnapló megfejtéséig azt tartották, hogy az író soha egy rossz szót nem ejtett művésztársairól; most kiderült, még ha csak titkosírással is, de olykor epés megjegyzésekre ragadtatta magát. A korszak sikerírójával kapcsolatban 1916. december 26-án például ekképpen: ?A Budapest Hírlapban Sebestyén tárcát ír Herczeg Ferenc Arany hegedű-jéről és igen kiáltozva fejtegeti, hogy Herczeg a legnagyobb író. Fájdalom nélkül olvastam, és csak azért jegyzem fel, hogy a dátumát tudjam. (...) Ő az első, akit a publikum se nem szeret, se nem olvas." De másokat sem kímélt: ?Jókai teljesen teátrális. A nyugatos poéták versein a csináltság, és Arany versein is? ? jegyezte meg a Mesterkönyv fejezetben.
Felmerül a kérdés, vajon miért e nagy titok? Gárdonyi tényleg ennyire félt a vizslató szemektől, vagy csak érdekessé akarta magát tenni az utókor előtt? Magyarázatul az alábbi idézet szolgálhat: ?Addig van hatalmadban, míg a fiókodban, azután már ő szól bele a te sorsodba.? És hogy mennyire nem gondolta ő maga sem komolyan a napló megsemmisítését, azt az első sor bizonyítja: ?Gratulálok, ha megfejtened sikerült: a magyar nyelvnek magas, elzárt Tibetjébe találtál kaput." (A teljes HVG-cikk a naplóról)
