Pertis Jenő zenészcsaládba született, édesapja, Pertis Pál korának elismert cigányprímása, édesanyja pedig énektanár volt. Zeneiskolai zongoratanulmányai után a Bartók Béla Zeneművészeti Szakközépiskolában tanult zeneszerzést. Tanulmányaival párhuzamosan a Vasas Központi Művészegyüttes zongorakísérőjeként dolgozott, valamint zenéket komponált néptánc koreográfiákra. 1958 és 1962 között a Liszt Ferenc Zeneművészeti Főiskola hallgatója volt, a zeneszerzést Szabó Ferencnél tanulta. Karvezetésből 1962-ben diplomázott.
1964-től 1999-ig a Magyar Állami Operaház korrepetitora volt. Kezdetben a balettkarnál, majd 1989-től a magánénekesek mellett dolgozott. Operaházi munkája mellett 1985-től 1989-ig a Magyar Táncművészeti Főiskola zenei tanszékének vezetőjeként dolgozott. Az egykori Budafoki Ifjúsági Zenekar - a mai Dohnányi Szimfonikus Zenekar -, valamint a Budafoki Kamarakórus több darabját is bemutatta, a Magyar Rádió Énekkara több kórusművéből is felvételt készített. Az utóbbi években Pertis Jenő négykezes, kétzongorás és hegedű-brácsa, hegedű-zongora kompozíciókat írt. Szerzői lemeze a közelmúltban jelent meg, e műveket szólaltatta meg fia, Pertis Attila zongoraművész Egri Monikával márciusban a Magyar Rádió Márványtermében. Pertis Jenő munkásságát 2006-ban Erkel Ferenc-díjjal ismerték el.
