Sok bizonytalanság lengi körül a Für Elise-t, ugyanis a zenetörténészek egy része kétségbe vonja nemcsak az ajánlást, de a szerző személyét is. Az 1831-ben született Ludwig Nohl szerint a dallam egy korabeli, közkedvelt melódia, Max Unger pedig az gyanítja, hogy a kotta végén nem is Für Elise, hanem Für Therese szerepelhetett, ami Beethoven ideáljára, Therese Malfattira utalhatott.
A legfrissebb kutatások Klaus Martin Kopitz német zenetudós nevéhez fűződnek, aki szerint a titokzatos hölgy Elisabeth Röckel volt. A szoprán énekesnő Bécsben ismerkedett meg a zeneszerzővel, amikor 1807-ben követte bátyját a császári fővárosba, ahol Joseph August Röckel tenor énekelte Florestan szerepét a Fidelióban. Bár Röckel kisasszony később egy rivális komponistához, Hummelhez ment feleségül, Kopitz szerint 1810-ben, a zongoradarab keletkezésekor Beethovennel igen közel álltak egymáshoz, még halála előtt, 1827-ben Beethoven elküldte neki egy hajtincsét és egyik utolsó pennáját is. Kopitz elméletét az is alátámasztja, hogy ebben az időben nem is volt a zseni életében más Elise vagy Elisabeth nevű hölgy.
Bár az eredet körül vannak még rejtélyek, a mű népszerűségét senki nem vonhatja kétségbe. Pándi Marianne zenetudós a Koncertkalauzban így írt az a-moll bagatellről: "Ez a rövid zongoradarab a hihetetlen népszerűségét elsősorban annak köszönheti, hogy már a kezdő fokon zongorázni tanulók számára is elérhető és ilyen módon csaknem valamennyi közkézen forgó zongora-pedagógiai gyűjteményben helyet kapott. ... A mű előadásának technikai problémamentessége a hangversenyző művészeket kevéssé vonzza. Csak a legnagyobbak nem találják méltatlannak a Für Elise megszólaltatását: Dohányi Ernő felejthetetlen ráadásszáma volt."
