20 évesen segédorgonista lett Bécsben a Stephanskirche-ben J. K. von Kerll mellett. 1677-ben Eisenachban töltött be orgonista állást, ahol személyes ismeretséget kötött J. S. Bach apjával, illetve Johann Sebastian testvérét, Johann Christophot tanította. A következő évtől Pachelbel az erfurti Predigerkirche orgonistája volt. Itt jelentek meg korálvariációi 1683-ban Musicalische Sterbens-Gedancken címmel. Ugyanitt látott napvilágot a két scordaturált hegedűre és basso continuora írt 6 partita, a Musicalische Ergötzung 1691-ben. 1690-től Pachelbel Stuttgartban udvari, 1692-től Gothában városi orgonista volt. 1695-ben visszatért szülővárosába, Nürnbergbe, ahol a Sebalduskirche orgonistája lett. 1699-ben itt adták ki nyomtatásban Hexachordum Apollinis című áriavariációját. Kéziratban 70 további vokális kompozíció, 70 korálfeldolgozás, kamarazene és számos egyéb mű maradt fenn tőle. Pachelbel kora egyik legnagyobb orgonistája volt. Zeneszerzőként is elsősorban a billentyűs zenét preferálta, amelybe a variációs technika és a cantus firmushoz kötött ellenpont, a középnémet stílus dominanciája mellett olasz elemeket is beépített (ária, virtuóz jelleg). Ennek a két stílusnak az egyesítése a legnagyobb zeneszerzői vívmány Pachelbel életművében.
