A tenor apjától, Rubén Flóreztől örökölte különlegesen szép és hajlékony hangját, valamint a perui és latin-amerikai zene szeretetét. Előbb popzenét tanult, majd beiratkozott az állami konzervatóriumba, és a Coro Nacional tagja lett, ahol nemcsak énekesi gyakorlatot szerzett, hanem ráébredt, mik a hiányosságai, merre kellene továbblépnie. Ösztöndíjat kapott a rangos Philadelphiai Curtis Intézetbe.
Az amerikai tanulmányok ellenére ma is sokan hallják úgy, hogy mestere, a szintén a perui tenor Ernesto Palacio stílusában énekel. 1996-ban jött át Európába, egy bolognai meghallgatásra a pesarói Rossini Fesztivál művészeti igazgatójához, aki habozás nélkül felkérte egy kis szerepre. A fesztivál kezdetén váratlanul megbetegedett az a tenor, aki a Matilde di Shabran főszerepét játszotta volna. Luigi Ferrari felajánlotta az akkor csak 23 éves Juan Diego Flóreznek a szerepet, és ő a művészeti igazgató rábeszélésére igent mondott.
A következő állomás 1996-ban a milánói Scala volt, és ezzel elkezdődött nemzetközi pályafutása, amely azóta is töretlen. Számos CD és DVD igazolja ezt, színészi képességeiről igen meggyőző bizonyítékot adott Az ezred lánya című Donizetti-vígopera felvétele, ebben egy mulatságos bumfordi legényt alakított. Drámai jellemek megformálásában is kitűnő, Bellini a Puritánok című művében Lord Talbot-ként a magas hangokkal teletűzdelt, híresen nehéz szólamot erőltetés nélkül, virtuózan szólaltatja meg.
Elsősorban belcanto darabokban játszik, hazájában nagy megbecsülésnek örvend, esküvőjét Julia Trappéval a limai katedrálisból a perui televízió élőben közvetítette, elnyerte a legmagasabb állami kitüntetést: a perui nagykeresztet.
Létrehozott egy alapítványt, amelyet a Gustavo Dudamel nevéhez kötődő venezuelai Sistema de Orquestas ihletett, és a leginkább veszélyeztetett fiatalokért dolgozik, a kábítószeres bűnözés, a kizsákmányolás, a gyermekprostitúció ellen lép fel a zene erejével.
Santo című CD-jének névadó kórusművét, a Peruhoz fűző mély kapcsolatát kifejező darabot maga komponálta.
