Míg a működési deficiten nem tudtak faragni, és az operaház nettó eszközértéke is 14%-kal csökkent, jelentős növekedést mutatnak a támogatások és ösztöndíjak, amelyek az egy évvel korábbihoz képest 105-ről 127 millió dollárra emelkedtek, az előadások bevétele 126-ról 134 millió dollárra nőtt - köszönhetően a HD minőségű operakezvetítéseknek -, és csökkentették a vezető beosztásban dolgozó munkatársak bérét - Peter Gelb 1,43 millió helyett 1,27 millió dollár fizetést kap -; a kiadások közül a legjelentősebbek a bérek és egyéb járulékok, az opera vezetősége jelenleg is tárgyalásokat folytat a szakszervezetekkel.
A város második számú operaháza, a New York City Opera - és a vele társbérletben élő New York City Ballet - jórészt a város támogatását élvezi. Az előadások helye 46 évig a Lincoln Center volt, a hírek azonban arról szólnak, anyagi okok miatt költöznek. Hiába a kritikai siker, ha az előadások félházzal futnak, a nettó eszközérték pedig az utóbbi hét évben nyolcvan százalékkal csökkent.
Az intézmény költségvetési instabilitása a közelmúltban gyökerezik: a gazdasági válságig nem tűnt fel a felelőtlen túlköltés. A hiány 2003 óta folyamatosan nő, ennek ellenére belevágtak az épület felújításába, ami a 2008/2009-es pénzügyi évben a jegybevételek teljes kiesését eredményezte. A jegyekből addig évente átlagosan 14 millió dollár bevételt könyvelhettek el, azóta azonban nem sikerült elérni ezt az összeget. A 2600 férőhelyes teremben évente több mint száz előadást láthatott a közönség, az utóbbi két évadban azonban ez negyvenre csökkent, a hárommillió dolláros évi jegybevétel a teljes költségvetés tíz százalékát fedezte. (2000-ben még a büdzsé felére volt elegendő.) A Metropolitan korábbi ügyvezetője, Joseph Volpe szerint a rossz műsorpolitikát és darabválasztást kell okolni. George R. Steel, a City Opera művészeti és ügyvezető igazgatója szerint ha több az előadás, nagyobb a veszteség.
A Lincoln Centerből való költözés nagyobb szabadságot és új utakat jelenthet - pénzügyileg és művészileg is -, ám sokan tartanak attól, hogy a fiatal énekesek, köztük sok amerikai operista karrierjének indulását segítő intézmény fénykora nem ismételhető meg. Plácido Domingo, aki maga is fellépett a New York City Operában, megengedhetetlennek és lehetetlennek tartja, hogy egy olyan kulturális világfőváros, mint New York, egy ilyen operaházat elvesztegessen.
