1935. november 20-án született Budapesten. Gyermekkorának nyarait apja szülőfalujában, a zalai Nagykapornakon töltötte, itt ismerte meg a paraszti életforma ritmusát, ízeit, mértékeit, rítusait. Felsőfokú tanulmányait 1954-ben kezdte a Budapesti Műszaki Egyetem Építészmérnöki Karán. Az 1956-os forradalom életének meghatározó élménye lett, az eseményekben való aktív részvétele miatt egyetemi tanulmányait felfüggesztették, így csak 1959-ben szerzett diplomát.
Ezután állami tervezővállalatoknál (BUVÁTI, 1962-től SZÖVTERV, 1971-től VÁTI) dolgozott. Az általa tervezett sárospataki a Művelődés Házát átadásának évében, 1983-ban a Kairói Nemzetközi Építésztalálkozón a világ tíz legszebb épülete közé sorolták, de az épület minőségének ügyében tanúsított hajthatatlansága miatt állását el kellett hagynia.
1977 és 1981 között a Pilisi Parkerdőgazdaság főépítésze volt, majd saját építészirodája, a Makona Tervező Kisszövetkezet (1991-től Makona Kft.) vezetője lett.
Az 1970-es évek közepétől néhány kollégájával a vidéket járta, hogy az elsorvadásra ítélt falvakban kulturális egyesületeket szervezzen. A sorozatos „betartások”, adminisztratív gátak ellenére fiatal építészek lelkes csoportjával sikerült olcsó helyi anyagokból, szinte pénz nélkül újjáépíteniük számos közösségi épületet. Az 1980-as években Sárospatakon emberléptékű, a panelnél jóval olcsóbb lakóházakat kezdtek építeni, de az alacsony négyzetméterár miatt minisztériumi fegyelmit kapott.
Első figyelemre méltó munkájának a paksi templomot tartja:
a karcsú, tűhegyes csúcsban végződő tetőzetű, ívelt kapubejáratú épület turistalátványosság lett, miként stílusának karakteres hordozója, a siófoki evangélikus templom is.
A Farkasréti temető ravatalozójának belső tere egy emberi mellkast formáz.
Jellegzetes stílusjegyeit hordozza későbbi munkái közül a makói Hagymaház és az egri uszoda.
Több mint tíz évig dolgozott a Pázmány Péter Katolikus Egyetem középkori hangulatot keltő piliscsabai épületegyüttesén, a Stephaneumon.
Talán legismertebb műve az 1992-es sevillai világkiállításra tervezett magyar pavilon. A templomhoz is hasonlítható, héttornyos épület bordázott fa tetőzetrendszere különleges látványt nyújtott, akárcsak a földszint üvegpadlója alá nyúló, így gyökérzetét is megmutató csupasz tölgyfa. Az épület bárkaformája az Újvilágot 500 éve felfedező Kolumbusz emlékét, a tornyokba zárt harangok a nándorfehérvári diadalt idézték meg. A pavilon hét tornya adta az ötletet a 2002 óta megrendezett Héttorony Fesztiválnak.
Különböző rendeltetésű, jellegzetes épületeinél a fát nem díszítőelemként, hanem szerkezetként használta, művei környezetükbe illenek, emberbarát, természetes anyagok felhasználásával készültek.
Az építészetről azt tartotta, hogy az mintegy a teremtés folytatása, az épületnek úgy kell kinéznie, mintha az alja a földből nőtt volna ki, a teteje pedig az égből esett volna le rá. Az épületnek egylényegűvé kell válnia a környezettel, szervesen kell illeszkednie a tájba.
Emberközpontú, „látó” házainak szemük van (két ablak vagy ajtó), ami a „belső lényeget” fejezi ki, azt, hogy az épület lény.
1981-től az Iparművészeti Főiskola, 1987-től a Nemzetközi Építészeti Akadémia tanára volt, 2005-től szerves építészetet tanított a Budapesti Műszaki Egyetemen. Az 1960-as évek végétől magán-mesteriskolát vezetett, 1981-től előadásokat tartott a Visegrádi Táborok építészhallgatói számára. 1992-ben történt megalapításától haláláig a Magyar Művészeti Akadémia elnöke volt, 2011 óta a köztestület örökös tiszteletbeli elnöke. Konzervatív közéleti személyiségként is ismert volt, legfontosabb céljának a magyarság tudatos védelmét, szüntelen szolgálatát tartotta. 1989-ben a Kós Károly Egyesülés egyik alapítója volt, később örökös tagjává választották.
Munkássága elismeréseként 1969-ben a legrangosabb építőművészeti szakmai díjjal, az Ybl-díjjal, 1990-ben Kossuth-díjjal, 1992-ben a Magyar Köztársasági Érdemrend középkereszt a csillaggal kitüntetéssel, 1996-ban Magyar Örökség Díjjal tüntették ki. 2001-ben megkapta a Corvin-láncot, 2003-ban a Szabadság-díjat és a Prima Primissima Díjat, 2008-ban a Teleki Pál-érdemérmet, 2009-ben Főépítészi Életműdíjjal, 2011-ben Szent István-díjjal tüntették ki. 1997-ben Csenger, 2010-ben Zala megye, 2011-ben Budapest díszpolgárává választották. Megkapta a Francia Építészeti Akadémia Nagy Aranyérmét, az Amerikai Építészeti Intézet és a Brit Királyi Építészeti Szövetség tiszteletbeli tagja volt.
Makovecz Imrét 2011. szeptember 27-én érte a halál.
Élete utolsó napjáig dolgozott, közel ötszáz tervének mintegy fele épült meg. A kormány 2013-ban döntött életművének gondozásáról, 2015-ben – születésének 80. évfordulóján – kormányhatározat született örökségének kiemelt kezeléséről, életművének a jövő nemzedékkel való megismertetéséről. 2015-ben alapították meg a Makovecz Imre-díjat, 2017-ben adták át a Makovecz Imre Központot és Archívumot Budapesten, Makovecz Imre nevét 2018 óta utca viseli Budapest III. kerületében. A Makovecz-ösztöndíj hazai és külhoni magyar hallgatóknak nyújt támogatást, elősegítve a kétoldalú mobilitást.
Szeptember 26-án szentelik fel Budapest első Makovecz-templomát, a kormány és az önkormányzat támogatásával és közadakozásból megvalósult pesterzsébeti református Összetartozás-templomot.
Az életműve csúcsának tartott, a XII. kerületbe megálmodott Feltámadás Temploma még felépítésre vár. Halálának tizedik évfordulóján, hétfőn a fővárosi Vigadó téren munkásságát bemutató oszlopinstallációt avatnak.
