A nemesi családból származó Székely Bertalan a kolozsvári református kollégiumba járt. Mérnöknek tanult a bécsi műegyetemen, majd Peter Johann Geiger és Carl Rahl növendéke volt 1851-től 1855-ig. Hazatérve szembesülnie kellett vele, családja nem fogadja el, hogy a festészet mellett döntött, így évekig Brassóban és Nagyszebenben festett cégtáblákat, rajzot tanított és régi képek javításával foglalkozott. Tehetségét az a Joseph Berres osztrák festő ismerte fel, aki szerepet játszott Munkácsy festővé válásában is. Az ő ajánlására került 1858-ban a csehországi Marchendorfba, az Aichelburg grófok birtokára, ahol számos portrét festett és meg is házasodott.
1859-ben Münchenbe ment tanulni, itt festette az ifjúi lendületet és szakmai tudást egyaránt kifejező Önarcképet. Ezekben az időkben az akadémiai klasszicizmus, a lírai természetábrázolás és a naturalizmus is hatott rá. Első jelentős történelmi kompozíciója, a II. Lajos holttestének megtalálását ábrázoló festmény akadémikusabb stílusú, előképei közt Orlay Petrich Soma, Rethel és Piloty művei szerepelnek. 1861-ben alkotta a Dobozy és hitvesét, egyéni stílusát az anyagok természethű ábrázolása, pontos szerkesztés jellemzi.
Itthon kiállított képeinek sikerének okán hazahívták, de Pesten nem kapott elég megbízást. Mivel az általa tervezett hazai akadémia sem valósult meg, visszautazott Münchenbe. Ott VII. Károly császár menekülése című falképéért ösztöndíjat kapott, ezután Párizsba és Hollandiába utazhatott. 1866-ban alkotta a Mohácsi vész, majd az Egri nők című nagysikerű képeit.
Székely pályáját 1867-ig a szabadság és függetlenség eszméi határozták meg, de a kiegyezés után a történelem átértékelődött szemében. Jó példa erre az V. László és Czillei, mely a kor fenyegetéseit nem érző ifjú királyt és a konfliktusokat erotikus szórakoztatással feledtető udvaroncokat ábrázolja. 1869-ben olasz tanulmányutat tett, Petőfi, Arany, Eötvös József és mások költeményeit illusztrálta. 1871-ben festette A nő élete című 12 részes tusfestmény-ciklusát, 1875-ban készült a Thököly búcsúja, 1879-ban fejezte be a Zrínyi kirohanását, amely 1883-ban Ipolyi-díjat nyert. Az Akadémia számára is több arcképet készített.
Elkezdte foglalkoztatni a monumentális festészet: több nagy megbízása közül 1884-ben festette a Deák-mauzóleum freskóit, melyek később tönkrementek, ezeket mozaikkal rakták ki újra. A pécsi székesegyház és a Szent Mór-kápolna falképei 1887-89-ben készültek, Lotz Károllyal és Deák Ébner Lajossal a tihanyi apátság freskóit, 1890-96 között a Mátyás-templom falképeit, díszítését és üvegablakait, 1896-97-ban a kecskeméti városháza freskóit készítette. Ez utóbbiakat, köztük a Vérszerződést tartják leginkább letisztult, összegző alkotásainak. A Vajdahunyadi várnak tervezett Csodaszarvas regéje című sorozata nem valósult meg, betegségei miatt nem készültek el freskói a Zeneakadémia, a Halászbástya és a Szépművészeti Múzeum számára sem. Ekkor főleg portrékat, nőalakokat, Léda-kompozíciókat és tájképeket festett.
Élete vége felé egyre inkább tanári tevékenységére fókuszált. Technikailag, elméletileg és esztétikailag is egyik legképzettebb mestere volt korának, a tanításhoz szükséges minden adottsággal. 1871-ben lett a Mintarajziskola tanára, 1902-ben igazgatóvá nevezték ki, 1905-ben a II. Mesteriskola igazgatója lett. 1910. augusztus 21-én halt meg Mátyásföldön, a mai Budapesten.
Székely Bertalan a 19. századi magyar festészet kiemelkedő alakja, nemzeti romantikánk fő képviselője. Elsőként kísérelte meg komoly művészi igénnyel összefoglalni a festészet, majd minden műfajában az 1848 utáni magyar társadalom érzéseit. Kortársai egy része a hatalom mellé állt, mások, mint Munkácsy, Madarász, Mednyánszky, a nép felől közelítettek témáikhoz. Székely középen állt, nemesi demokrata volt, soha nem lett plebejus festő. A történelemben a harcos erényeket, az emberi méltóságot és a bátor tetteket értékelte, a kapitalizmusban csak romlott kozmopolitizmust látott.
Nagysága abban rejlik, hogy mindennek dacára elkerülte a régi megoldások átvételét, de a történelem illusztrálását is. Történeti képein a nemzetnek a szabadságharc bukása miatt érzett fájdalmát, portréin, aktjain a 19. századi magyar szépségideált fogalmazta meg.
A Műcsarnok 1911-ben és 1956-ban rendezte meg életmű-kiállítását. A Pest megyei Szadán lévő házában emlékmúzeumot rendeztek be, válogatott művészeti írásait 1962-ben adták ki.
Nyitókép: az Önarckép részlete
