A dél-angliai Dorset grófságban született zeneszerető családban. Több felmenője is nevet szerzett magának: nagybátyja, Henry Balfour Gardiner híres zeneszerző, egyik nagyapja elismert egyiptológus volt, apja a mezőgazdaságban számított reformernek. Otthonukban a Bachról készült leghíresebb festmény, Haussmann portréja lógott a falon, a családban mindennapos volt a közös zenélés: édesanyja Mozart műveit énekelte, ő és testvérei kánonban csatlakoztak hozzá. Kisgyermekként a helyi templomi kórus tagja volt, majd hegedülni tanult, karmesteri tanulmányait 15 évesen kezdte meg. A fiúkórusáról is nevezetes cambridge-i King's College diákjaként történelemből szerzett diplomát, de a zene mellett kötelezte el magát.
A közönség elé először huszonegy évesen lépett, a King's College kápolnájában Monteverdi Vesperását vezényelte az erre az alkalomra életre hívott Monteverdi Kórussal.
Londonban két évvel később, 1966-ban ugyanezzel a kórussal, a Wigmore Hall hallgatósága előtt debütált. Diplomájának megszerzése után olyan neves zenepedagógusoknál tanult Londonban és Párizsban, mint Thurston Dart és Nadia Boulanger. 1968-ban életre hívta a Monteverdi Zenekart, az ennek tagjaiból létrejött, korhű hangszereken játszó Angol Barokk Szólisták az 1977-es innsbrucki Régizenei Fesztiválon Händel Acis és Galathea című operájával mutatkozott be. Gardiner 1990-ben a Forradalom és Romantika Zenekara elnevezéssel – részben korábbi zenészeivel – újabb zenekart hozott létre a klasszikus, romantikus korszak műveinek előadására.
1989-ben a Monteverdi Kórus megalakulásának negyedszázados jubileumán világ körüli turnéra indult az együttessel. 2000-ben megszervezte a Bach-kantáta zarándoklatot – a kórus és az Angol Barokk Szólisták 1999 karácsonyától kezdve, egy esztendő leforgása alatt európai és amerikai templomokban valamennyi Bach-kantátát megszólaltatták a német zeneszerző halálának 250. évfordulója alkalmából. A monumentális vállalkozásról készült élő felvételek 27 CD-n jelentek meg, a kísérőfüzeteket Gardiner írta.
A világhírű muzsikus több barokk darab „újrafelfedezője”, de nem maradt meg kizárólag a régizenénél.
1969-ben dirigált először operát, Mozart A varázsfuvoláját az Angol Nemzeti Operában, később mind a hat legfontosabb Mozart-operát elvezényelte. 1973-ban a Covent Gardenben Gluck Iphigénia Taurisban című operájával debütált. Bach és Monteverdi művei mellett a Forradalom és Romantika Zenekarával lemezre rögzítette Beethoven mind a kilenc szimfóniáját, valamint Malcolm Bilsonnal Mozart-zongoraversenyeit, korhű hangszerekkel. Repertoárján megtalálhatók Brahms, Berlioz, Massenet, Bizet, Ravel és Schumann alkotásai is, s nemrég kezdte el Sibelius műveit vezényelni. Saját bevallása szerint Wagnert kevésbé kedveli, de 2017-ben a lipcsei Bach Fesztiválon elvezényelte a Parsifal Előjátékát.
Gardiner hatalmas repertoárját több mint 250 felvétel illusztrálja, amelyekkel számos nemzetközi díjat nyert, a Gramophone-díjat minden más művésznél több alkalommal ítélték neki.
Szavai szerint Bachot imádja, egy évtizede Music in the Castle of Heaven: A Portrait of Johann Sebastian Bach címmel könyvet szentelt neki, 2014-től öt évig a lipcsei Bach-archívum elnöke volt. Saját zenekarai mellett a világ számos együttese élén állt, 1983 és 1988 között a Lyoni Nemzeti Opera, 1981 és 1990 között a göttingeni Handel fesztivál, a kilencvenes évek első felében pedig az Észak-német Rádiózenekar művészeti vezetője volt. Soli Deo Gloria néven egy lemezkiadót is létrehozott.
Szabadidejében biogazdálkodással foglalkozik örökölt családi birtokán, ahol mindent kizárólag ökológiai gazdálkodással termesztenek, egy alkalommal két saját tenyésztésű szarvasmarhát adott akkor még walesi herceg III. Károly királynak születésnapi ajándékul. Szereti a tévésorozatokat és a Monty Python társulatot, bár saját humorát inkább franciának, mint angolnak gondolja.
Lemezeit két alkalommal tüntették ki Grammy-díjjal. 1998-ban II. Erzsébet királynő lovagi címet adományozott neki, így neve elé írhatja a Sir szócskát. Munkásságát számos kitüntetéssel ismerték el, 2011-ben megkapta a francia Becsületrendet, 2012-ben beiktatták a Gramophone Hírességek csarnokába, több egyetem díszdoktora, a brit akadémia tiszteletbeli tagja. Több alkalommal járt Magyarországon, legutóbb idén januárban az Angol Barokk Szólisták élén dirigálta Haydn és Mozart műveit, e fellépése alkalmával a Zeneakadémia díszdoktorává avatta. Egy nyilatkozata szerint mindig azt próbálja elérni, hogy „a hangszerek énekeljenek, az éneknek pedig hangszerekre jellemző hajlékonysága legyen”.
Nyitókép: Sir John Eliot Gardiner. Fotó: Justin Tallis / AFP