Szüleinek antikvárüzlete volt, s előbb az írás és olvasás (naplóját ekkor kezdte írni), majd a film szerelmese lett. Összes zsebpénzét mozira költötte, volt olyan film, amelyet tízszer is megnézett. A Színház- és Filmművészeti Főiskola rendező szakát 1956 és 1961 között Máriássy Félix osztályában végezte el.
Pályáját dramaturgként kezdte a Budapest Filmstúdióban, híradókat is készített, és alapító tagja volt a Balázs Béla Stúdiónak. Első rendezése a Vásárcsarnok (1962) című film volt, amelyet a Találkozás-Apróhirdetés követett 1963-ban Mándy Iván íróval a főszerepben. A munkában Jancsó Miklós segítette tanácsaival.
A Kastélyok lakói című dokumentumfilmje (1966) öt magyar kastély szívszorító állapotát és egykori lakóik életét mutatta be. Az 1967-es Meddig él az ember? című dokumentumfilmje az oberhauseni fesztivál fődíját és Locarnóban a zsűri különdíját is elnyerte, ez volt a még főiskolás Ragályi Elemér első operatőri munkája.
Első játékfilmjét 1969-ben forgatta, a Sziget a szárazföldön forgatókönyvét Mándy Iván írta, a főszerepet Kiss Manyi játszotta, Ragályi fényképezte. A hetvenes években sikeres dokumentumfilmeket készített (Isten mezején, Egyszerű történet), a Majd holnap (1979) című játékfilm egy családja és szerelme között dönteni képtelen pár történetét meséli el.
Elek Judit volt a Ranódy László rendezésében, Móricz Zsigmond regénye alapján 1976-ban forgatott Árvácska forgatókönyvírója.
Érdeklődése fokozatosan a történelem felé fordult.
1980-ban Martinovics Ignácról készített tévéfilmet, az 1983-as Mária-nap Szendrey Júlia és Petőfi István családjának tragikus sorsát mesélte el, az 1989-ben készült Tutajosok a tiszaeszlári vérvádpert dolgozta fel, s több külföldi nagydíjat is nyert. 1994-ben saját, gyerekkori élményeiről három évtizeddel korábban írt kisregényét vitte filmre Ébredés címmel. Az ötvenes években játszódó alkotás főszereplője egy kislány, akinek anyja halála után önálló életet kell kezdenie.
Ezután visszatért a dokumentumfilmhez: egy személyben volt rendezője, forgatókönyvírója, vágója és egyik producere a Mondani a mondhatatlant – Elie Wiesel üzenete című tévéfilmnek, amelyet az Egy szabad ember – Fisch Ernő élete című alkotás követett. Több mint tíz év után, 2006-ban forgatott újra játékfilmet: A hét nyolcadik napja című tragikomédia egy „elvirágzott” primadonnának a lakásmaffiával való viaskodását mutatja be a rendszerváltás idején. Az alkotás, amelynek írója, rendezője, producere és vágója is volt, elnyerte a 38. Magyar Filmszemle legjobb forgatókönyvért odaítélt díját.
Legszemélyesebb és leglíraibb, önéletrajzi ihletésű játékfilmje, a Visszatérés – Retrace 2010-ben készült.
Két idősíkja a holokauszt (a rendező a holokausztot, a főváros ostromát egy Pozsonyi úti védett házban, majd a budapesti gettóban élte át), illetve Ceausescu nyolcvanas évekbeli romániai diktatúrája. A filmnek rendezője, producere és írója is volt, operatőre előző játékfilmjéhez hasonlóan fia, Berger László volt. A forgatókönyvhöz felhasználta Mészöly Miklós Szárnyas lovak című novelláját és Marguerite Duras Nyáron, este fél tizenegykor című kisregényét, amelyekből 1990 óta szeretett volna filmet forgatni. 2018-ban mutatták be az És a halottak újra énekelnek című koncertfilmjét, amely az erdélyi haszid népdalkincs nyomába indult Eisikovits Miksa gyűjtése nyomán készült.
Több mint fél évszázadig volt társa a 2014-ben elhunyt Kézdi-Kovács Zsolt rendezőnek, akivel még együtt jártak a főiskolára. Ő volt a társrendező-producere férje nagyszabású, Erdély leírása a XX. század végén című dokumentumfilm-sorozatának.
Elek Judit a filmjeivel számos nemzetközi fesztiválon szerepelt, Cannes-ban négy alkalommal is. Alkotásait díjazták többek közt Mannheimben, Montpellier-ben, Párizsban, Montrealban, Salernóban, Kairóban, Louisville-ben és Bukarestben. Az Európai Filmakadémia tagja. 1986-ban a francia Művészeti és Irodalmi Érdemrend lovagi fokozatával tüntették ki. Munkásságát 1987-ben Balázs Béla-díjjal ismerték el, 2006-ban megkapta a Magyar Köztársasági Érdemrend tiszti keresztjét. 2008-ban Kossuth-díjjal tüntették ki az elesettek és kirekesztettek sorsa iránti aggodalmat és mélységes humanizmust tükröző sokoldalú művészi munkássága elismeréseként.
2009-ben a Magyar Mozgókép Mestere címben részesült. 2018-ban a Magyar Újságírók Országos Szövetsége film-és tévékritikusi szakosztályának életműdíjával tüntették ki. Két éve megkapta a Magyar Zsidó Szabadságharcosokért Emlékbizottság Magyar–Zsidó Emlékezet Díját.
Nyitókép: Elek Judit filmrendező budapesti otthonában. Fotó: MTI/Kallos Bea
