Jürgen Flimm 1941. július 17-én született a németországi Gießenben. Kölnben töltötte gyermekkorát, ahol színház- és irodalomtudományt és szociológiát hallgatott. Pályáját a Münchner Kammerspielénél kezdte a '6a0-as évek végén rendezőasszisztensként. Első operarendezése 1978-ban Frankfurtban volt. Prózai és operarendezői pályája párhuzamosan haladt, legnagyobb sikereit a zenés műfajban érte el. Számtalan emlékezetes előadást jegyzett, a legutóbbi időkből 2000-es bayreuthi Ring-ciklusa, valamint 2002-ben Friedrich Cerha operájának (Der Riese vom Steinfeld) világpremierje számított a legjelentősebbnek.
Rendezett Mannheimben, igazgatott Kölnben, a hamburgi Thalia Theaterben, a világ nagy operaházai közül a Metropolitanben, a Covent Gardenben, a Scalában, a Bécsi Állami Operaházban, volt a Berlini Állami Operaház intendánsa, a Ruhrtriennale művészeti vezetője. Felelt a Salzburgi Ünnepi Játékok színházi programjáért, ő kezdeményezte fiatal rendezők és a fiatal énekesek pályakezdését segítő projektet, majd átvette a fesztivál művészeti vezetését.
1978-tól évtizedekig volt karmesterként partnere Nikolaus Harnoncourt, több emblematikus produkciót vittek együtt színre, Berlinben Daniel Barenboimmal folytatott gyümölcsöző együttműködést.
Német művészeti akadémiák tagja volt, 1999 és 2003 között a Német Színházi Szövetséget vezette. 2018-ban vonult nyugdíjba Berlinből.
Tanított Hamburgban, a Harvardon, New Yorkban, a Hildesheimi Egyetem díszdoktorává választotta.
Fotó: Jürgen Flimm rendező 2013-ban. Fotó: dpa Picture-Alliance via AFP/Emily Wabitsch