1932-ben született Szamosújváron értelmiségi családban, apja 1940-ben Szamosújvár polgármestere volt. 1945-ben a család Mátészalkára, a következő évben Soroksárra költözött. Pongrátz Gergely Bácsalmáson végezte el a mezőgazdasági gimnáziumot. 1956. október 26-27-én került a Corvin közi fegyveres felkelőcsoporthoz, ahol testvéreivel,- Ernővel, Ödönnel, Kristóffal, és Andrással - hamarosan meghatározó szerephez jutottak. Bajtársai itt adták neki a "Bajusz" előnevet. Az eseményekről részletesen, személyes hangvétellel számolt be a "Corvin köz - 1956" c. könyvében. Azonban az ebben foglaltakat, amint ez a visszaemlékezéseknél lenni szokott, a történészek kritikával illeték.
A Corvin-köz a magyar forradalom egyik legendás helyszíne lett. A moziban és a körülötte lévő épületekben civil, főként fiatalokból álló fegyveresek már 1956. október 23-24-e éjszakáján felvették a harcot a szovjet páncélosokkal. Kihasználva a körzet kitűnő stratégiai adottságát, az itteni felkelők hamarosan a legnagyobb és legjelentősebb fegyveres felkelő csoporttá alakultak. Jellegzetes fegyverük az ún. Molotov-koktél volt, amelyekkel a szovjet tankokat hatástalanítani tudták. A megszálló csapatok itt szenvedték el legnagyobb veszteségeiket. A szovjet vezetés is érezte ezt, és már október 25-től meg akarta semmisíteni ezt a bázist. Ennek kivitelezése azonban komoly nehézségekbe ütközött, mivel a VIII. és Ix. kerület más ellenálló egységei is állandó támadásokat intéztek a szovjet csapatok ellen. Sokat nyomott a latban, hogy a Kilián-laktanya, élén Maléter Pál ezredessel is melléjük állt.
A szovjet főparancsnokság és a belügyminisztérium képviselője rá akarta bírni a felkelőket a fegyverletételre, szabad elvonulás fejében. A fegyverszüneti tárgyalásokon Pongrátz Gergely volt leginkább bizalmatlan a politikai és katonai vezetőkkel szemben. A felkelők túlnyomó része egyetértett abban, hogy a szovjet csapatok budapesti kivonásáig nem adják ki kezükből a fegyvert. Pongrátzék azonban a kivonuló szovjet csapatok biztosításában sem voltak hajlandóak közreműködni. Felemás érzésekkel viseltettek Maléter Pál ezredessel szemben, honvédelmi miniszterségét sem támogatták. A Corvin-közben a megosztottság tovább nőtt. Ez ahhoz vezetett, hogy az addigi főparancsnokot Iván Kovács László gödi szakmunkást leváltották. Utódja Pongrátz Gergely lett: katonatisztek segítségével a bázis szervezetté vált.
November 4-én hajnaltól csoportjával megpróbált ellenállni a szovjet támadásnak. A Corvin-körben rekedt 1500-2000 nemzetőr helyzete azonban kilátástalan volt. A túlerő és különösen az aknatűz elől - tekintettel nagy veszteségeikre - Pongrátz társai egy részével még az éjszaka folyamán a Víg utcába mentek át, ahol lemondott a főparancsnokságról. Mivel kilátástalannak ítélte a további ellenállást, a hónap végén elhagyta az országot. Bécsben csatlakozott a Magyar Forradalmi Tanácshoz. 1957 februárjáig Bécsben és Genovában tevékenykedett, majd New Yorkba költözött, ahol vagongyári munkásként kezdett dolgozni. 1957-ben Chicagóban megválasztották a Magyar Szabadságharcos Szövetség alelnökévé (1982 februárjában lemondott e tisztségéről). 1959-től tizenkét évig Madridban élt. 1967 októberében Toledóban az 1956-os emlékünnepségen Alcazar védőinek és a magyar szabadságharcosoknak eszmei közösségéről tartott beszédet. Visszatérve Amerikába biztosítási ügynök lett, később sertéstelepet tartott fent Arizonában. 1990-ben látogatott haza először. 1991-ben végleg hazaköltözött Magyarországra.
A hazatérő Pongrátz minden erejével azon munkálkodott, hogy 1956 eszméje, és hagyománya tovább éljen. Ezért számos szervezetben vállalt magas funkciókat: az 1956-os Magyarok Világszövetségének, majd az 56-osok Szövetségének budapesti elnöke és a Politikai Foglyok Országos Szövetségének tiszteletbeli elnöke, majd elnökhelyettese lett. Sokat tett, hogy a forradalom jelképévé vált "pesti srác" emléke fennmaradjon. Ennek érdekében létrehozta és vezette "Pesti Srácok" Alapítványt, és állítatott szobrot a Corvin mozinál.
Régóta dédelgetett terve volt, hogy 1956-nak egy emlékmúzeumot hozzon létre. Ez Kiskunmajsán meg is valósult. A város központjától öt kilométerre kápolnát pedig 2002. júniusának utolsó szombatján avatták fel. A Kapisztrán Szent János védelmébe ajánlott kegyhely, Csete György Kossuth-díjas építész tervei alapján épült. Az épület egyik tornya a győztes forradalmat, a másik - a romos tornya -, pedig az elbukott szabadságharcot szimbolizálja. A kápolna falán márványtáblák őrzik az '56 miatt kivégzettek nevét, foglalkozását, születési évét és a kivégzésének időpontját.
