Az ellenpápa-válsztások ugyanolyan szigorú szokások és rítusok szerint zajlottak, mint a pápaválasztások (hiszen hivatalosan pápaválasztások voltak), azonban egy jelentős ponton eltértek azoktól: egy meghatározott személlyel szemben választották, illetve nevezték ki őket. A pápát (így legtöbbször ellenfelét is) meghatározott testületek (kezdetben az pápai elektorok, majd a középkor végétől a bíborosi testület) választották meg. Az ellenpápákat a legtöbbször viszont egyedi döntések alapján nevezték ki, sőt volt olyan helyzet is, amikor az adott egyházi személyek önmagukat nyilvánították Szent Péter utódjának Krisztus földi helytartójának székében.
A legtöbb esetben az egyház zavaros időszakaiban került sor az ellenpápák megválasztására illetve fellépésére, mely időszakok gyakran estek egybe komolyabb gazdasági-társadalmi krízisekkel. Ezeket a választásokat az egyház később hivatalosan érvénytelennek nyilvánította (bár a pápaválasztó testületek a legtöbbször majdnem ugyanazokból álltak, mint akik a hivatalos pápát megválsztották). Ezért érthető az is, amikor az ellenpápát a pápaválasztók többsége vagy érvénytelenítette (mint például V. Félix pápa esetében), vagy az egész eljárást érvénytelennek nyilvánították (ahogy VII. Clement pápa esetében).
Az első ellenpápa a történelemben Hippolütosz (217-235) volt, akit Róma városának egy szkizmatikus csoportja I. Callixtus pápával (217-222) szemben választott meg a harmadik században. Hippolütosz aztán Szardínia bányáiba menekült a kiújuló keresztényüldözés miatt I. Callixtus utódjával, Pontianus pápával (230-235) együtt. Pontianus itt a sikeres visszatérés reménytelensége miatt lemondott trónjáról, így az ellenpápával együtt haltak meg a száműzetésben. Hippolütoszt végül halála után az egyház visszafogadta.