A kezdeti keresztény sikerek után a háború a századfordulótól fogva sárdagasztássá vált. A dunai Habsburg Birodalom erőforrásai a csurranó-cseppenő nyugati pénz- és katonai segítséggel sem bizonyultak elegendőnek. A törököket pedig a nagy távolság, a kimerülés, de leginkább a Birodalom keleti felében jelentkező problémák gyengítették. A prágai várba zárkózott Rudolf császár megfogadta a kamarák azon javaslatát, miszerint a magyar arisztokráciát kell nagyobb áldozatvállalásra kényszeríteni, pl. a náluk zálogban levő királyi birtokok visszavételével. A zálogszerződések általában már rég lejártak, s így a tervezet nem volt jogszerűtlen, de politikai kihatásaiban annál károsabb. Mivel zálogbirtokot Bécs legelkötelezettebb hívei kaptak, ez a lépés éppen a leghűbb támaszaikat fordította szembe a Habsburgokkal. A legnagyobb port a gróf Illésházy István elleni 1603. évi eljárás váltotta ki, amely az érintett felségsértő kijelentései következtében átalakult főbenjáró perré. Bár Illésházy - Mátyás főherceg segítségével - megpróbálta tisztázni magát, végül is Lengyelországba menekült, birtokai pedig a kamarai biztosok prédájává váltak; háborús célokra nemigen jutott belőlük. A főúr 1605-ben tért vissza, és csatlakozott a szintén per által megsértett Bocskai István fegyveres mozgalmához. Oroszlánrésze volt az első Habsburg-ellenes felkelés lezárásában, ami hatalmas tekintélyt biztosított számára. 1608-ban nádorrá választották.
