A régészek és restaurátorok mind rajtahagyták kezük nyomát a templomokon, így ezek az épületek sokat változtak az idők folyamán. Az őskori műemlékek, amiket ma láthatunk, ugyanúgy magukon viselik az eredeti, őskori épületek jellegzetességeit, mint a rajtuk elvégzett konzerváló és restauráló eljárások nyomait. Hogy megértsük a templomokat, szem előtt kell tartanunk, hogy történetük nem ért véget akkor, amikor réges-régen elhagyták őket, hanem felfedezésük óta számos és drasztikus változáson és feltáráson estek át, valamint ma is folyamatosan változnak.
Hagar Qimet először 1647-ben említi az irodalom, méghozzá Giovanni Francesco Abela Della Descrittione de Malta című munkájában, amelyben méretük miatt óriások művének nevezi az építményeket. Hagar Qim első képi ábrázolását Jean Houel, XVI. Lajos, francia király vésnöke végezte - munkáját 1787-ben adták ki. Ez a rajz megmutatja, hogy a terület nagy része föld alatt volt, de a nagyobb megalitek már akkor láthatóak voltak és érthetően magukra vonták a figyelmet, ez vezetett 1839-es feltárásukhoz. Az ásatásokat J.G.Vance hadmérnök felügyelete alatt végezték. A munka végeztével megörökítették a feltárás helyszínét, de mára mindössze egy rövid leírás maradt fent, amit 1840-ben a Malta Times-ban publikáltak, illetve egy valamivel részletesebb jelentés a leletekről, néhány, a romokat ábrázoló felvétellel kiegészítve, 1842-ből. A kőnyomatok és egy 1901-ben publikált fénykép szerint az első helyreállítási munkálatok ekkortájt kezdődhettek. Új oszlopokat állítottak fel a templomban, hogy három törött kőasztallapot alátámasszanak.
Hagar Qim alaprajza |
1885-ben Dr. A. A. Caruana kiterjedt restaurációs programot indított a következő címmel: "A küklopsz művészet impozáns alkotásai eredeti formájukba állíthatók vissza" Ez erőteljesen megkérdőjelezhető, hiszen a mai napig nem tudjuk, hogyan is néztek ki ezek a műemlékek eredetileg, de akkoriban ezt a megközelítést alkalmazták az őskori építményekkel kapcsolatban. Ezeknek a munkáknak a részeként jókora területet tisztítottak meg az épületek előtt, ahogy azt az 1868-as és 1901-es fényképek összehasonlítása mutatja. A romok Vassallo által készített rajzait 1886-ban, Caruana jelentésében publikálták. Az alaprajzon különböző színekkel jelezték az akkoriban feltárt, a restaurált, és a Caruana által a műemlék, későbbi helyreállításra kijelölt részeit. Az alaprajzon számos, akkoriban talpra állított megalit is szerepel. Vassallo homlokrajzokat is készített, például az egyik külső falfülke kis terméskövekből helyreállított hátsó faláét. Vassallo munkája elárulja, hogy terméskő falakat emeltek a templom elő- és hátsóudvara köré. Caruana szerint ezeket az ősi alapzatra építették.