A magyar nemesség adómentességét a középkor óta a nemesi felkelés (insurrectio) legitimálta, ennek keretében szükség esetén saját költségükön vonultak hadba. A katonailag gyorsan jelentéktelenné vált insurrectiót I. Ferenc király 1809 áprilisában ismét összehívta, amikor a Habsburg Birodalom hadat üzent Franciaországnak. Az osztrákok gyorsan visszavonulásra kényszerültek, Napóleon májusban bevette Bécset, és Magyarországon közönybe fulladt kiáltványt bocsátott ki, arra buzdítva a magyar nemességet, hogy válasszon nemzeti királyt. Az insurrectio folydogált tovább, a felkelt nemesség József nádor vezérletével gyülekezett.
Az itáliai francia alkirály, Eugene Beauharnais 55 ezer katonájával június elején kiszorította Itáliából János főherceg 18 ezres hadtestét, amely így nem tudott csatlakozni a Morva-mezőn várakozó osztrák fősereghez. János Grazon át Körmendig hátrált, miközben folyamatosan csatlakoztak hozzá a nemesi felkelők. A vezénylési hatáskörök csak június 11-én tisztázódtak, amikor a királyi parancs a 21 ezer inszurgenst János főherceg parancsnoksága alá rendelte.
A döntő csatára, egyben a napóleoni háborúk egyetlen magyar földön vívott ütközetére 1809. június 14-én Győr közelében került sor. A franciák frontális támadással áttörték az osztrák-magyar védelem első, majd második vonalát is, közben átkaroló hadműveletük is sikerrel járt és oldalba támadták a már megroppant centrumot. A János főherceg által kiadott visszavonulási parancs véglegessé tette a hadrend felbomlását, szerencsére az utóvéd megállította az üldöző francia könnyűlovasságot.
Az osztrák főerő megtépázva érkezett meg Komáromba, a menekülés közben szétszóródott felkelőket Budán összpontosították és küldték vissza Komáromba. Az osztrák-magyar veszteségek hatezer főre rúgtak, ebből 791 volt inszurgens, a franciák mintegy háromezer főt vesztettek. A Dunántúl északi része francia megszállás alá került, János főherceg a vereség után lekéste a wagrami csatát, amelyben Napóleon legyőzte az osztrákokat. Az októberi békekötést követően a felkelő csapatokat ünnepélyes szemle után feloszlatták, több nemesi insurrectióra nem került sor.
A vereségért az osztrák vezetés megpróbálta a "gyáva és fegyelmezetlen" magyar felkelőket okolni, egy nemzedékkel később Petőfi írt maró gúnnyal az általa olyannyira megvetett nemesség gyávaságáról. Így került a köztudatba a szégyenteljes "győri futás", holott a témával foglalkozó történészek mind úgy vélik, a magyar nemesek vitézül harcoltak, de gyenge felszerelésük és a rossz hadvezetés miatt törvényszerű vereséget szenvedtek Európa legmodernebb és legjobban vezetett hadseregétől.
