1941. május 10-én éjszaka váratlanul Skóciába repült, és tárgyalásokat ajánlott a brit vezetésnek a különbékéről. Motívumai ma sem ismertek: lehet, hogy mellőzöttségét akarta kompenzálni egy diplomáciai sikerrel. Arról is vita folyik, hogy a Hesst tüstént elmebajosnak minősítő Hitler tudott-e útjáról; az is lehet, hogy tényleg megőrült. A britek kihallgatták, majd miután konstatálták, hogy nem rendelkezik értékes katonai információkkal, őrizetbe helyezték a háború végéig (Hess volt a Tower utolsó politikai foglya), tárgyalásokról szó sem esett.
A nürnbergi perben az emberiesség elleni bűncselekmények és a háborús bűncselekmények vádja alól felmentették, de bűnösnek találták a béke elleni bűncselekmények és összeesküvés vádpontjában, s életfogytiglani börtönre ítélték. Angliai fogsága alatt Hess amnéziát tettetett, de a tárgyalásra emlékezete "visszatért", az utolsó szó jogán azt mondta: "nem bánok semmit".
A berlin-spandaui börtönben fogolytársai sorra kihaltak vagy kiszabadultak mellőle, 1966 után ő maradt a hatalmas személyzettel őrzött fogház egyetlen rabja. A külvilágtól hermetikusan elzárták, látogatót nem fogadhatott, interjút nem adhatott. Az aggastyán "7-es számú fogoly" végül 1987. augusztus 17-én, 93 éves korában öngyilkosságot követett el.
Az ügyével kapcsolatos iratok ma is titkosak, így virágzanak az összeesküvés-elméletek. Az egyik szerint a brit titkosszolgálat csalta Angliába, hogy a náciellenes propagandában használják fel. Egy másik szerint a nácik már úton Angliába lelőtték, helyette hasonmás érkezett meg. Minden elméletben közös, hogy a hasonmást ítélték el, és ő ült négy évtizedig börtönben; "amnéziája" arra szolgált, hogy ez ne derüljön ki. Ami újabb kérdést vet fel: mi késztette a hasonmást arra, hogy élete végéig vállalja szerepét?
