A Habsburgok elleni harc egyik vezéralakja Késmárkon látta meg a napvilágot. Apja részt vett a Wesselényi Ferenc nádor vezette főúri összeesküvésben, amiért 1670-ben jószágvesztésre ítélték, s ezután váratlanul meghalt. Hívei a teljes árvaságra jutott fiát Erdélybe menekítették, ahol Nagyenyeden tanult. 1678-ban indította meg Habsburg-ellenes függetlenségi harcát, miután a bujdosók vezérükké, majd 1680-ban a kuruc seregek fővezérévé választották. Rövidesen elfoglalta Kassát, Felső-Magyarországot és a bányavárosokat. 1682-ben feleségül vette Zrínyi Ilonát, I. Rákóczi Ferenc özvegyét. A házassággal kezére került Rákóczi-birtokok jelentősen megnövelték a fölkelés anyagi lehetőségeit. Szövetségre lépett a török Portával, a szultán 1682-ben királyi címet adott neki, de ő csak a Felső-Magyarország fejedelme címet használta. Sikertelenek maradtak a tartós francia kapcsolatok megszerzésére irányuló törekvései, és ezért jobbára csak a hanyatló török birodalom szövetségére támaszkodhatott. Amikor a törökök 1683 szeptemberében vereséget szenvedtek Bécs alatt, s megindult a Habsburg ellentámadás, ez megpecsételte Thököly sorsát is. A budai pasa 1685 tavaszán - hogy kiszolgáltatásával békét vásároljon a császártól - Nagyváradon elfogatta, s ezzel összeomlott a felső-magyarországi fejedelemség. Bár végül a Porta hamar visszaadta szabadságát, korábbi pozícióját már nem sikerült visszaszereznie Thökölynek. Apafi halála után, 1690 szeptemberében a zernyesti csatával megszerezte ugyan még Erdélyt, s fejedelemmé választották, de a Lajos badeni őrgróf vezette császári csapatok már két hónap múlva kiszorították az országból. Thököly a török seregben harcolt tovább a Habsburgok ellen. Foglyul ejtett császári főtisztekért cserébe elérte felesége, Zrínyi Ilona szabadon bocsátását. Az 1699-es karlócai béke kimondta száműzését, s a Porta 1701-ben a kisázsiai parton Nikodémiát jelölte ki híveivel tartózkodási helyéül. Ott hunyt el 1705. szeptember 13-án. Hamvait 1906-ban hazahozták, és a késmárki evangélikus templomban helyezték el.
