1832. február 14-én Pesten megkezdődött a Magyar Tudós Társaság - mai Magyar Tudományos Akadémia - első nagygyűlése. Az ülésen megválasztották a titoknokot (1870-től főtitkár), a 16 tiszteleti és 30 levelező tagot. A Társaságnak a nagygyűlésen jóváhagyott nagyböjtjének kezdetén interdiktumot mondjon ki az országra, azaz eltiltsa a szentségek kiszolgáltatását. (Ez azt jelentette, hogy a papok nem végeztek egyházi szertartásokat.) A kemény lépés kínos, sőt egyenesen tarthatatlan helyzetbe hozta Andrást, aki így kénytelen volt meghátrálni. A hosszas huzavona után elfogadott beregi egyezmény - mely közkeletű neve ellenére inkább az egyház egyoldalú diktátuma volt - rendezte a főbb vitakérdéseket. Megerősítette az egyháziak bíráskodási és adózási kiváltságait, tiltotta a nem keresztények királyi tisztségekbe helyezését (vagyis a királyi jövedelmek zsidó és izmaelita bérlők útján történő beszedetését), és szabályozta az egyházak részesedését a sóforgalmazás zsíros üzletéből. Az intézkedések végrehajtása nem ment könnyen, s ez újabb konfliktusokat is szült, de végül a pápa - aki legátusa révén közvetített a király és Róbert esztergomi érsek között - feloldozta Andrást a rá mért egyházi fenyítékek alól
