Gergely Jenő 1944. március 10-én a Pannonhalma közelében fekvő Tényőn született. 1962 és 1967 között az Eötvös Loránd Tudományegyetemen végezte el felsőfokú tanulmányait, ahol történelem szakos diplomát szerzett. Az egyetem elvégzése után az alma mater munkatársaként dolgozott, szeretett intézményét sohasem hagyta el. 1968-ban tanársegéd, 1970-ben adjunktus, 1975-ben docens, majd 1992-ben egyetemi tanárrá nevezték ki.
A tudományos fokozatok jól mutatják pályájának töretlen voltát. 1969-ben bölcsészdoktor, 1974-ben kandidátus lett. Akadémiai doktori értekezését 1991-ben védte meg. 1997-2003 között Széchényi Professzori Ösztöndíjban részesült. Kiváló szervezőkézségét számos fontos pozícióban tudta kamatoztatni. 1985?1995 között az ELTE BTK Kari Tanács tagja, 1992?2002-ben az ELTE BTK Habilitációs Bizottság tagja volt, 1994?1997 között az MTA Doktori Tanács Vallástudományi Szakbizottságának elnökségét látta el. 1995-től az ELTE Új- és Jelenkori Magyar Történeti Tanszékét vezette.
Kutatási-oktatási szakterületét a 20. századi magyar történelem jelentette, továbbá maradandót alkotott az egyháztörténelem főbb problémáinak feltárásában, ezen a pályán Zsigmond László és Szakács Kálmán indította el. Alapvetően az egyházi mozgalmak, ideológiák, keresztény pártok, katolikus mozgalmak szerepét vizsgálta, de figyelme szinte minden szegmensre kiterjedt. A nagy szintéziseken (A pápaság története) kívül a korszak meghatározó személyeivel (pl. Prohászka Ottokár, Serédi Jusztinián, Mindszenty József), Magyarország és a Szentszék kapcsolataival, a pápaság szociális kérdésekhez való hozzáállásával.
Az egyháztörténet mellett a politikum kérdéseit is górcső alá vette, ahol az átfogó műveken kívül Gömbös Gyulával foglalkozott intenzíven. A pályatárs, Pritz Pál világosan mutatja be Gergely Jenő életművét: "Olyan munkákról van szó, amelyek egyik fő erénye az anyaggazdagság, az újonnan feltárt források határtalan bősége, az ideológiai premisszáktól való irtózás, a valóság megmutatásának olthatatlan igénye."
Egyetemi oktatóként a minőség átadására törekedett. Előadásain mindig a "lényeget" ragadta meg, nem veszett el a részletekben, az összefüggéseket helyezte az előtérbe. A szemináriumokon a források iránti tiszteletet emelte ki. Számtalan szakdolgozat születése fűződött a nevéhez. 1997-től az ELTE Történelemtudományok Doktori Iskoláját vezette, a nehéz, de ugyanakkor nemes feladatot szívvel-lélekkel látta el. Koordinálta a Történeti Intézet, a Régészeti Intézet, az Ókortudományi Intézet és az Orientalisztikai Intézet tanszékeire támaszkodó programokat. Neki is köszönhető, hogy a Doktori Iskolában valóban tudományos műhelymunka keretében sajátítják el a hallgatók a PhD-fokozathoz szükséges készségeket. Egyértelműen látta ugyanis, hogy az utánpótlás biztosítása a jelen egyik legfontosabb feladata.
Ő maga az Új- és jelenkori magyar történelem Doktori Programját irányította. A program gerincét a politikatörténet képezi, de a stúdiumok kiterjedtek a pártok, pártrendszerek, parlamentarizmus, az állam, a közigazgatás történetére, a politikai ideológiák és eszmék tárgykörére, a kultúrtörténetre, a társadalmi szerveződések, autonómiák, érdekképviseletek működésére és az egyháztörténetre is. Nagy hangsúlyt fektetett arra, hogy tanítványai jó szakemberek legyenek.
Az általa szervezett konferenciákon a fiatalok megmutathatták magukat, az általa szerkesztett tanulmánykötetek pedig a publikálásra adtak lehetőséget. Iskolateremtő személyét jól jelzi, hogy 2005-ben jelent meg az a háromkötetes kiadvány, amelyben az iskolavezető a doktoranduszaival együtt a különböző területek (például az egyetemi-, egyházi-, közigazgatási-, akadémiai) autonómiáját foglalta össze. A munka megjelenése után egy, a kamarák történetét elemző könyvön dolgozott, a kutatásba doktori iskolájának hallgatóit is bevonta.
Fő művei: A pápaság története. Budapest, 1982.; Egyházak az újkori Magyarországon 1790 - 1992. Budapest, 1993. Társszerző: Balogh Margit.; Titkos választás és ellenforradalom.In: Földes György, Hubai László (szerk.) Parlamenti képviselőválasztások 1920-1990. Tanulmányok. Budapest, 1994., 44-82.; A keresztény pártok és a választások 1920-1947. Századok, 130. (1996), 615-638.; A trianoni Magyarország. Budapest, 1999. Társszerző: Pritz Pál; A katolikus egyház története Magyarországon 1919-1945. Budapest, 1999.; A huszadik század története. Budapest, 2000. Társszerző: Izsák Lajos.; Az iskolai vallásoktatás Magyarországon 1945 után. In: Nagy Péter Tibor (szerk.) Oktatáspolitika és vallásszabadság: Állam - egyház - iskola - társadalom a 20. Században. Budapest, 2000., 185-206.; Gömbös Gyula. Politikai pályakép. Budapest, 2001.; Mindszenty József veszprémi püspök és a nyilasok. In: Ablonczy Balázs, ifj. Bertényi Iván, Hatos Pál, Kiss Réka (szerk.) Hagyomány, közösség, művelődés: Tanulmányok a hatvanéves Kósa László tiszteletére. Budapest, 2002., 177-200.; Magyarország a századfordulótól az ezredfordulóig. Száz év magyar történelme 1896-2000. Budapest, 2004.; Magyarországi pártprogramok, 1867-1998. Budapest, 2005. (Szerkesztés); Fürst Pál Esterházy im Mindszenty-Prozess. In: Stefan August Lütgenau (szerk.) Paul Esterházy 1901-1989: Ein Leben im Zeitalter der Extreme. Innsbruck - Wien - Bozen, 2005. 85-132.; Autonomien in Ungarn 1848-2000. Budapest, 2006. (Szerkesztés); Being Hungarian Christian European. Budapest, 2006.; Gazdasági és szakmai kamarák Magyarországon és az Európai Unióban. Budapest, 2008. (Szerkesztés)
