Fischl Ferenc néven Nagykanizsán látta meg a napvilágot, apja könyvkereskedő, nyomdász és a szabadkőműves mozgalom tagja volt. Az elemi iskolát részben Zágrábban, részben Nagykanizsán végezte; ez utóbbi helyen a piaristáknál érettségizett kiváló eredménnyel 1927-ben. Felsőfokú tanulmányait Budapesten, az Eötvös-kollégiumban szerette volna folytatni, azonban a numerus clausus miatt nem vették fel. Végül a Pécsi Egyetem bölcsészkarára iratkozott be, magyar-francia-német szakra. 1929-től Budapesten, a Pázmány Péter Tudományegyetemen hallgatott magyart, irodalomtörténetet és germanisztikát. A bölcsészkaron bekapcsolódott az akkorra már teljesen baloldali befolyás alá került Bartha Miklós Társaság tevékenységébe is. A társaság egyik tagján keresztül ismerkedett meg József Attilával, akivel szoros barátságba került.
A diploma megszerzése után hivatalosan a Mester utcai gimnáziumban tanított, mellette azonban marxista szemináriumokat tartott, és röplapokat szerkesztett és terjesztett, Györkös Ferenc, illetve Gyulai Ferenc álneveken cikkeket írt a Szabadon című kéthavi lapba, és a Valóságba. 1932 októberében bíróság elé állították, ahol a vád szerint marxista csoportot alakított és vezetett, felforgató tartalmú röplapokat terjesztett. Szabadulása után egyetemre többé nem járhatott, nem is taníthatott; német nyelvórák adásából, és korrepetálásból tartotta el magát. Eltávolodva a kommunista eszméktől 1934-től aktív munkatársa lett a szociáldemokrata párt napilapjának, a Népszavának, valamint elméleti folyóiratának, a Szocializmusnak. Első figyelmet keltő irodalmi alkotása az 1936-ban megjelent Érzelmes utazás című esszéregénye volt. 1938 februárjában ismét letartóztatták, perbe fogták és "osztályharcra való buzdítás" címén "hat hónap szigorított börtönre" ítélték. Fellebbezett ugyan, de amikor ismerősei révén megtudta, hogy az ítélettől függetlenül internálni fogják, elhagyta az országot, s a francia fővárosba költözött.
Párizsban megismerkedett a baloldali francia szellemi élet jeles képviselőivel, szorosan tartotta a kapcsolatot a külföldi (Arthur Koestler, Egon Erwin Kisch) és magyar emigrációval, amelyből ekkortájt ismerősi körébe tartozott többek között Németh Andor, Hatvany Lajos, Hatvany Bertalan, Dormándi László, Arthur Koestler, Faludy György, Hevesi András, Garbai Sándor és Károlyi Mihály. A II. világháború kitörése után maga is jelentkezett önkéntesnek. A 22. idegen gyalogezred katonájaként 1940 júniusában részt vett a Somme-menti csatában. Az ezred teljes felmorzsolása után feleségével együtt előbb Bretagne-ba, majd annak német megszállása után, barátai segítségével délre ment. 1943-ban csatlakozott a Szabad Francia Erőkhöz kötődő ellenállási mozgalom helyi szervezetéhez és részt vett annak akcióiban. Párizs felszabadítása után, 1944 szeptemberében visszatért a francia fővárosba, majd Neuilly-sur-Seine-ben telepedett le. Az Agence France-Presse (AFP) francia hírügynökségen kapott munkát, ahol a magyar és német rádiók figyeléséből szerzett információkat.
1946 végén és 1947 nyarán két ízben is hazautazott, de miután keserű tapasztalatokat szerzett elfogadta az éppen párizsi nagykövetnek kinevezett Károlyi felkérését, és átvette a nagykövetség mellett működő sajtóiroda vezetését. Rajk László letartóztatását követően, 1949 szeptemberében lemondott a sajtóiroda vezetéséről, megszakított minden kapcsolatot a hazai rezsimmel és politikai menedékjogot kért Franciaországban. 1950-től 1979-ig ismét az AFP hírügynökség munkatársa, a kelet-európai kommunista diktatúrák szakértő elemzője, nyomon követte azok megszületését, fejlődését és bukását. 1952-ben közölt, L'Histoire des démocraties populaires című művével egy csapásra ismert lett. 1969-ben elkészítette az időközben bekövetkezett változásokat (például: prágai tavaszt) is tükröző bővített kiadást, amely A népi demokráciák története I-II. címmel 1991-ben Magyarországon is megjelent. Az 1956-os forradalomról írt könyve, Jean Paul Sartre előszavával, 1956 végén jelent meg Párizsban (újabb kiadása 1996-ban). A magyarul Rekviem egy hajdanvolt birodalomért címen napvilágot látott munkájában az Osztrák-Magyar Monarchia megszűnésének okait elemezte.
Fejtő ezen kívül is több könyvet és tanulmányt írt a forradalomról, amelyek nem csak Nyugaton jelentek meg, hanem Lengyelországban és a hajdani Jugoszláviában is. Tagja, egy időben elnöke volt az Emberi Jogok Magyar Ligájának, amely többek között kezdeményezte a P?re Lachaise temető 44-es parcellájában felavatott 1956-os mártírok jelképes síremlékének a felállítását. 1989 júniusában, Nagy Imre és társai újratemetésére jött először haza Magyarországra.
1988-ban a francia Becsületrend lovagja lett, 1992-ben a francia Nemzetgyűlés irodalmi díjával, 1994-ben Pulitzer-emlékdíjjal tüntették ki, 2000-ben a Nagykövetek Díját, 2001-ben az Európa-díjat kapta meg. 1989-ben a Magyar Köztársaság Babérkoszorúval ékesített Zászlórendjével, 1997-ben a Magyarság Hírnevéért Díjjal, 1999-ben a Magyar Köztársaság Arany Emlékérmével ismerték el. 2003-ban Széchenyi-díjat kapott "a magyar és a francia kapcsolatok fejlesztésében - különösen a hazai kultúra képviseletében és megismertetésében - végzett kiemelkedő irodalmi munkásságáért és közéleti szerepvállalásáért". 2004-ben a magyar Köztársaság Érdemrendjének Nagykeresztjét, 2005-ben Nagy Imre Érdemrendet kapott. 2003 októberében Fejtő a Károlyi József Alapítványnak adományozta könyvtárát. A fehérvárcsurgói Károlyi-kastélyban elhelyezett Fejtő Ferenc Könyvtár állományába jelenleg mintegy 6 000 kötet tartozik, továbbá a történész érdeklődési körébe tartozó több tízezres sajtódosszié-gyűjtemény és egy 350 címet tartalmazó folyóirat-gyűjtemény. A Magyar Tudományos Akadémia 2001. május 7-én választotta külső tagjává. Gondolatok a magyar zsidóság történetéről című székfoglalója 2001. február 20-án hangzott el.
Fő művei: Érzelmes utazás. Bp., 1936.; Vie de Heine. Paris, 1946., magyarul: Heine. Bp., 1947. és 1998.; Printemps des Peuples. Paris, 1948., magyarul: Népek tavasza, 1948.; Histoire des démocraties populaires. Paris, 1952., magyarul: A népi demokráciák története. Bp., 1991.; Un Habsburg révolutionnaire: Joseph II. Paris, 1954., magyarul: II. József. Bp., 1997.; La tragédie hongroise. Paris, 1956.; Les Juifs et antisémitisme dans les pays communistes. Paris, 1960.; Chine-URSS. I-II. Paris, 1964-66.; Budapest, l'insurrection 1956. Paris, 1966.; Histoire des démocraties populaires apr?s Staline. Paris, 1969.; Le coup de Prague, 1948. Paris, 1976.; La social-démocratie quand-meme. Paris, 1980; magyarul: Szociáldemokrácia tegnap, ma, holnap. Bp., 1995.; Mémoires: de Budapest á Paris. Paris, 1986. magyarul: Budapesttől Párizsig. Bp., 1990.; Requiem pour un Empire défunt. Histoire de la destruction de l'Autriche-Hongrie. Paris, 1988., magyarul: Rekviem egy hajdanvolt birodalomért. Bp., 1990.; Mai magyarok a régi magyarokról. Bp., 1990.; Mi a magyar most? Bp., 1990.; Ou va le temps qui passe. Paris, 1993., magyarul: Hova repül az idő. Bp., 1996.; Hongroise et Juif. Histoire millénaire d'un couple singulier. (1000-1997) Paris, 1997., magyarul: Magyarok és zsidók. Bp., 1997.; Magyarság, zsidóság. Bp., 2000.
A róla szóló irodalom: Agárdi Péter: Értékrend és kritika. Bp., 1982.; Hommage á François Fejtő. Világosság, 1999.
