Családjának eredetét az Árpád-korba tudta visszavezetni. Édesapja Ivánka Imre parlamenti képviselő, édesanyja Lotte Schaukal, Richard von Schaukal osztrák költő leánya volt. Alsófokú tanulmányait Brünn-ben végezte, anyjai korai halála után nagybátyjánál, Richard Schaukalnál nevelkedett, 1907-1926 között Bécsben élt. Középiskolai tanulmányait a döblingi gimnáziumban kezdte, 1918 őszétől a bécsi Schottengymnasiumban folytatta. 1920-ban katolizált. 1920-23-ban bencés novícius, de végül nem a szerzetesi élet mellett döntött. 1922-23-ban Olaszországban tett tanulmányutat. 1923-26-ban klasszika-filológiát tanult a bécsi egyetemen, 1926-ban bölcsészdoktori oklevelet szerzett.
Gyermekkora után először 1925-ben látogatott szülőföldjére. 1927-32-ben Nógrád megyei családi birtokán, Kapagécen, 1932-től Solymáron élt. 1933-tól a budapesti egyetemen a görög filozófia magántanára, egyidejűleg az Országos Bibliográfiai Központ munkatársa volt. 1938-40-ben a budapesti egyetem görög filológiai intézetében működött Moravcsik Gyula mellett, majd sikertelen pécsi és debreceni pályázatok után 1940-41-ben a kolozsvári egyetemen a klasszika-filológia és az ókori történelem nyilvános rendkívüli, 1941-44-ben nyilvános rendes tanára lett. 1944. szeptemberében a Kolozsvárra bevonuló román csapatok elől családjával együtt Bécsbe menekült. Tervezte, hogy hazajön, ez azonban végül nem valósulhatott meg. 1945-47-ben a bécsi egyetem vendégprofesszora, 1947-69-ben a grazi egyetem a klasszika-filológia nyilvános rendes tanára.
Főként az ókori görög és a bizánci filozófia történetével, valamint a késő ókor és a középkor kultúrtörténetével foglalkozott. A bécsi egyetemen Hans von Arnim vette a szárnyai alá, akinél 1926-ban a 'Die Rolle des Praktischen in der Philosophie des Aristoteles' című disszertációjával doktorált. Ivánka Arisztotelész-dolgozatai főleg teológiai és antropológiai kérdésekre összpontosultak, ezen belül kiemelt jelentőséggel kezelte az isten-lélek-viszonyt. Az antik filozófia másik hagyományát a platonizmus jelentette, Ivánkát a Platón-Arisztotelész-viszonyon kívül a platonizmus alakváltozása, az újplatonizmus, illetve a kései platonizmusra építő patrisztikus teológia érdekelte. Foglalkoztatta a nyugati középkor vallási, teológiai és filozófiai szellemisége, kiemelkedő tanulmányokat írt az antik filozófiai motívumok továbbéléséről. A filológiai részletkutatásokat főként a művelődéstörténeti jelentőség szemszögéből közelítette meg.
Meghatározó publikációkat tett közzé a magyar középkorkutatás témájában is. Első helyen kell megemlíteni Szent Gellért 'Deliberatio'-jával kapcsolatos dolgozatait, részletesen elemezte a püspök görög műveltségét. Behatóan vizsgálta a középkori ? elsősorban a plébániai ? könyvtárak könyvanyagát, mivel ebből tudta kimutatni, hogy milyen szellemi irányzatok voltak jelen Magyarországon. Ennek során kidolgozta az ezekben rejlő információk megszerzését szolgáló módszertant. A patrisztikát érintő kutatásai épültek be leginkább az egyetemes tudományba. A Plato Christianus című, 1964-ben megjelent művét a szakma a teljes elismeréssel fogadta, mivel ebből világosan kiderült, hogy szerzője páratlanul ismerte a hellén filozófiai hagyományt és a görög egyházatyákat.
A Magyar Tudományos Akadémia 1940. április 26-án választotta levelező tagjává. A Szent Gellért görög műveltségének problémája című székfoglaló előadása 1940, december 2-án hangzott el. Külföldre távozása miatt megszűnt tagságát 1989. május 9-én állították vissza. 1939-től a Szent István Akadémia rendes tagja volt.
Fő művei: Die aristotelische Politik und Städtegründungen Alexanders des Grossen. Bp., 1938.; Két magyarországi plébániakönyvtár a XV. században. Századok, 1938.; Konstantin császár kereszténység újabb megvilágításban. Theolgia, 1939.; Görög hatások a XII. századbeli Nyugat szellemi életére. Egyetemes Philologiai Közlöny, 1940.; Hellenisches und Christliches im frühbyzantinischen Geistesleben. Wien, 1948.; Seit neunhundert Jahren getrennte Christenheit. Studien zur ökumenischen Begegnung mit der Orthodoxie. Wien, 1962.; Plato Christianus. Übernahme und Umgestaltung des Piatonismus durch die Väter. Einsiedeln, 1964.; Rhomäerreich und Gottesvolk. Das Glaubens-, Staats- und Volksbewusstsein der Byzantiner und seine Auswirkung auf die ostkirchlich-osteuropäische Geisteshaltung. München, 1968.
Róla szóló irodalom: Festschrift für Endre von Ivánka. Salzburg, 1973.; F. F. Schwartz: Endre von Ivánka. Gnomon, 1974.; W. Karuse: Univ.-Prof. Dr. Endre von Ivánka. Religion-Wissenschaft-Kultur, 1974/75.; H. Hunger: Endre von Ivánka. Jahrbuch der österreichischen Byzantinistik, 1975.; Bogyay Tamás: Endre von Ivánka. Ungarn-Jahrbuch, 1976.; Aus dem Nachlass Endre von Ivánka. Kiad., bev., ford. Somos Róbert. Specimina nova dissertationum ex Instituto Historico Universitatis Quinqueecclesiensis, 1992.; Somos Róbert: Ivánka Endre emlékezete. (Ivánka Endre tudományos műveinek bibliográfiájával.) Antik Tanulmányok, 1994.
