Komáromy Péter és Nozák Karolina földbirtokosok gyermekeként Ugocsa megyében látta meg a napvilágot. Középiskolai tanulmányait a máramarosszigeti református főgimnáziumban végezte, 1880-tól a budapesti egyetem hallgatója lett. Az 1880-as évek első felében az Üstökös és a Bolond Istók munkatársaként alkalmazták, novellái jelentek meg a máramarosszigeti lapokban. 1881-től 1885 végéig a Magyar Nemzeti Múzeum levéltárában és az egyetemi könyvtárban dolgozott, 1886-ban a Magyar Országos Levéltár fogalmazójává nevezték ki. 1887-ben bölcsészdoktori oklevelet szerzett. A Magyar Országos Levéltárban allevéltárnok, 1917-től főlevéltárnok, majd a vidéki hatósági levéltárak felügyelője lett. 1921-ben mint országos levéltári igazgatót és címzetes miniszteri tanácsost nyugdíjazták. 1900-tól a budapesti egyetem magántanára volt.
Főként XVI-XVII. századi magyar politikatörténettel, a hajdúk és Ugocsa vármegye történetével, valamint családtörténettel foglalkozott. Ahhoz a történetírói nemzedékhez tartozott, amely a XIX. század nyolcvanas éveiben nagy tudományos felkészültséggel és óriási lendülettel kezdte meg a magyar történelem kevésbé ismert korszakainak feltárását, vagy vitás kérdéseinek kritikai vizsgálatát. Az akkori történetírói nemzedék nem járt kitaposott ösvényeken. Mert bár tiszteletben tartotta a hagyományokat és az előző nemzedék munkásságát, összehasonlíthatatlanul nagyobb forrásanyag és fejlettebb irodalom birtokában s egy magasabb történetszemlélet irányító hatása alatt a magyar történelem nem egy területén szinte teljesen elölről volt kénytelen megkezdeni a kutató és feldolgozó munkát. Mivel a Magyar Országos Levéltárban dolgozhatott, első kézből tanulmányozhatta az általa vizsgált korszak forrásait. 1882 óta egymás után jelentek meg tőle a 16-XVII. század magyar történetére vonatkozó jól megírt, alapos cikkei, közlései és forrástanulmányai.
Nagy készültséggel fogott szülővármegyéje, Ugocsa vármegye, továbbá a hajdúság történetének megírásához. Azzal a tervvel is foglalkozott, hogy megírja Erdély történetét, melyet tanulmányai révén előzetesen már jól feltérképezett. E nagy vállalkozások, talán rajta kívül álló okok következtében, töredékek maradtak ugyan, de mint ilyenek is jelentős tudományos értéket képviselnek. A XVI-XVII. század történetére vonatkozó kutatásokon kívül elismerten művelte a magyar családtörténetet is. A Turulban számos nagyobb családtörténeti forrástanulmánya jelent meg, utóbb pedig Nagy Iván címen külön családtörténeti folyóiratot adott ki Pettkó Bélával, mely azonban a harmadik évfolyammái megszűnt. 1900-1911 között szerkesztője volt a Történelmi Tárnak, melyben több remek közlése jelent meg.
A Magyar Tudományos Akadémia 1895. május 10-én választotta levelező tagjává. Ugocsa vármegye keletkezése című székfoglaló előadása 1896. március 9-én hangzott el. 1887-ben tagja lett Magyar Heraldikai és Genealogiai Társaságnak.
Fő művei: Karancsberényi báró Berényi György élete és politikai működése 1601-1677. Századok, 1885.; Listi László élete és munkái. Bp., 1887.; Révai Kata Szidónia levelei férjéhez 1656-1702. Századok, 1888.; Hunt-Pázmán nemzetség ugocsai ága. Bp., 1889.; Thelekessy Imre 1497-1560. Hadtörténelmi Közlemények, 1889.; Sempte és Galgócz hadi fölszerelése 1622-ben. Századok, 1889.; Thelekessy Mihály 1576-1601. Századok, 1890.; Az 1607-iki hajdúlázadás történetéhez. Hadtörténelmi Közlemények, 1891.; Listi László munkái. Kiad., életrajzzal bev. Bp., 1891.; A mezőkeresztesi csata 1596-ban. Hadtörténelmi Közlemények, 1892.; Ugocsa vármegye levéltárából. Századok, 1893.; Egy hamis pénzverő a XVI. században. Századok, 1893.; Rhédey Ferenc váradi kapitány. Hadtörténelmi Közlemények, 1894.; A "bűbájos" Báthory Anna. Századok, 1894.; Nyalábvár és uradalma. Századok, 1894.; A borosjenei Tisza-család ősei. Bp., 1895.; Ugocsa vármegye keletkezése. Bp., 1896.; Báthory Gábor történetéhez 1611-1613. Hadtörténelmi Közlemények, 1896.; Balassa Zsigmond hűtlenségi peréből. Hadtörténelmi Közlemények, 1897.; A szent korona és Bethlen Gábor. Századok, 1898.; A szabad hajdúk történetére vonatkozó levéltári kutatások. Bp., 1898.; Adatok az 1610. év történetéhez. Bp., 1898.; Magyarországi boszorkányperek oklevéltára. Kiad. Bp., 1910.; Verbőczy István és fia. Századok, 1910.
Róla szóló irodalom: Lukinich Imre: Komáromy András. Századok, 1932.
