Gimnáziumi tanulmányait Kassán végezte, majd 1833-34-ben a kassai bölcsészakadémián tanult. Édesapja példáját követve 15 éves korában a katonatiszti pályát választotta és 1834. október 17-én a 37. magyar sorgyalogezred ? melyben két későbbi neves katonaakadémikus, Kiss Károly és Szontagh Gusztáv is szolgált ? hadapródja lett. Több mint másfél évi tisztjelöltség után, 1836. május 18-án előléptették a tehetséges ifjút zászlósnak, majd a szolgálatát kiválóan ellátó tisztet Abaúj vármegye ajánlására 1837. december 1-jén áthelyezték a magyar nemesi testőrségbe és előléptették alhadnagynak. A fiatal testőrtiszt, többek között Görgey Artúrral együtt, 5 esztendőt szolgált Bécsben, ahol lelkiismeretesen tanulta a katonai ismereteket és komolyan elmélyült a hadtudomány kérdéseiben. Főhadnaggyá 1842. május 1-jén léptették elő és beosztották a 32. magyar sorgyalogezredbe, majd egy éven át tartó veronai helyőrségszolgálat után, az ezred 3. zászlóaljával Pestre helyezték. Az ország fővárosában kapcsolatba lépett a tudományos körökkel, tehetségével és tudásával rögtön a magyar hadtudomány és hadiirodalom művelésének szolgálatába állt.
1848 júniusától a Hadügyminisztériumban lett titkár, augusztustól császári-királyi alszázados, szeptembertől honvéd őrnagy és a Hadügyminisztérium elnöki osztályának titkára, 1849. márciustól alezredes és az elnöki osztály főnökségét látta el. 1849 májusától ezredes, július 1-jétől Békés, Bihar, Csanád, Külső-Szolnok vármegyék és a Jászság népfelkelésének szervezője, július közepétől egy 3000 fős népfelkelő sereg parancsnokságával bízták meg, Tiszafüred központtal. Serege 1849. augusztus 2-án Debrecennél egyesült a feldunai hadsereg 1. hadtestével, Nagysándor József tábornok parancsnoksága alatt a többszörös túlerőben levő orosz hadseregtől vereséget szenvedtek, seregteste az ütközetben megsemmisült. A világosi fegyverletételnél került fogságba, majd az aradi Haditörvényszék 1849. december 29-én golyó általi halálra ítélte, de 1850. január 18-án kegyelemből 16 évi várfogságra ítélték. Az általános amnesztiával 1856. április 5-én szabadult ki fogságából. Az évekig tartó fogság és anyagi gondjai azonban megtörték, megélhetéséhez viszonylag szerény lehetőséget biztosított, hogy 1861-ben megválasztották Abaúj vármegye főlevéltárosának, és ő lett a megyei Honvédegylet elnöke is.
A XIX. századi Magyarország egyik kiemelkedő hadtudósa volt. Tudományos életműve bizonyítja, hogy a hazai hadtudomány magyar nyelven való művelésével nagy érdemeket szerzett az önálló magyar hadügy megteremtésének szolgálatában. Ezt igazolja az 1808 óta vajúdó önálló magyar tisztképzés megindítása érdekében közreadott első, A katonai akadémiákról általában című írása, amely 1843-ban jelent meg a Tudománytár című folyóiratban. Hadi földírás című műve I. kötetében meghatározta a hadi földírás elméletének jellemzőit, bemutatta Európa hadi viszonyait és katonai szempontból elemezte Oroszországot és a Krakkói Köztársaságot. A magyar hadtudományi irodalom történetében jelentős helyet elfoglaló könyve 1845 végén jelent meg. A négy kötetre tervezett műve első kötetének előszavában megállapítja, hogy "a harcz jelenben, csak hadtudományok szigorú szabályai szerint viseltethetik", ennek dacára az újabb korban hazája mégis "parlagon hagyta a hadtudományokat, s ezzel azon egyedüli módszert, mely által a nemzet felvilágosulhata, hogy a hadi-rendszerünknek az újabb korban egészen más a feladata, mint volt hajdanában." A magyar hadügy reformja érdekében, a hadi földírás további kötetén dolgozott. A Hadi földírás II. kötete első részének megjelenésével tudományos munkásságának első periódusa véget ért, mivel a hadszínterek elszólították az íróasztal mellől. A fogságban próbálkozott ugyan tudományos kutatással, de a Magyarország hadszerkezeti története, az Abauj vármegye monográfiája, a Debreceni csata és előzményei, az Első magyar felelős hadügyminisztérium történelme című értekezéseket végül nem tudta befejezni. Erre a sorsra jutott utolsó munkája, a Magyarország harcztörténete című, öt kötetből álló, terjedelmes hadtudományi műve is, amely a hadművészet történetét a legrégibb időktől saját koráig tárgyalta volna.
A Magyar Tudományos Akadémia 1844. december 24-én választotta levelező tagjává. Hadi földírás. 1. köt. Hadi földírás elmélete; Európa általában, Orosz álladalom és Krakkó köztársaság című székfoglaló előadása 1845. március 17-én hangzott el. A Magyar Hadtudományi Társaság 2001-ben emlékére díjat alapított.
Fő művei: Hadi földírás. I. Pest, 1845., II. Kecskemét, 1848.; Abaújvármegye monographiája. I-II. Kassa, 1866-70.
Róla szóló irodalom: Pauer István: Emlékbeszéd Korponay János levelező tag fölött. Bp., 1882.; Ács Tibor: Korponay János honvéd ezredes, az MTA legfiatalabb katonatagja. Hadtudomány, 2003.
