A magyar katolikus egyház és a magyar állam vezetése 1988-ban hívta meg a pápát látogatásra, aki a meghívást akkor elfogadta. 1991. augusztus 16-án II. János Pál Magyarországra érkezett "lelkipásztori látogatásra". Első útja Esztergomba vezetett, ahol imával rótta le kegyeletét Mindszenty bíboros sírjánál. Este találkozott a köztársasági elnökkel, a miniszterelnökkel és a kormány tagjaival. Augusztus 17-én Pécsre látogatott, majd az MTA székházában a magyar szellemi élet jeles személyiségivel ismerkedett. Utána a nunciatúrán a diplomáciai testületek vezetőit fogadta. Augusztus 18-án Máriapócson a hazai és határon túli görög katolikus hívek tízezreivel találkozott, majd részt vett Debrecenben, a Nagytemplomban tartott ökumenikus istentiszteleten. Augusztus 19-én a szombathelyi látogatás után este a Népstadionban a magyar fiatalok előtt tartott beszédet. A pápalátogatás utolsó napján, augusztus 20-án, Budapesten a Hősök terén szentmisét mondott nagy tömeg részvételével, majd a püspöki kart fogadta. A történelem során első ízben látogatott a római pápa Magyarországra.
