A régi magyar szóhasználatban bántó jelleg nélkül tótoknak nevezett szlovákok elnevezése eredetileg a gepidák saját népneve (thuat) volt. Utóbb áthagyományozódott arra a népelemre, amelybe a gepidák is beolvadtak. A szlávság később tömegesen asszimilálódott a magyarságba, a tót elnevezés pedig egyrészt a maradék északi csoportra ragadt át, másrészt a 11. század végén Szent László, illetve Kálmán királyok által meghódított, a Drávától délre eső terület (Szlavónia - Tótország) népességére.
A 12. századra a szlávok nagy többségének utódai beolvadtak a magyarságba. Egy-két helyen, főként a Vág és a Nyitra folyók völgyében maradt fenn a morva-szlávok viszonylag összefüggő népi tömbje, a későbbi szlovákság magja. Trencsén megyét például kezdettől fogva szlovákok lakták, a magyarok csak a tatárjárás után kezdték benépesíteni.
Szlovák történészek egy része a szlovákság és a nagymorva birodalom között kontinuitást tételez fel. Az ún. Nagymorva Birodalom a 9. században jött létre, s ebben a változó határú territóriumban ismerték fel az ősszlovák államot. Az államalakulat felbomlásában a magyarok is tevékenyen közreműködtek, majd ennek területén a 13-14. században formálódott ki a szlovák nép. A magyar kutatók által vizsgált határ- és a falunevek tükrözik az adott terület etnikai hovatartozását. Például a Tóti-t tartalmazó helynevek alapján egyértelmű, hogy az idegen etnikum jelen volt a középkori Magyarországon. A szlovák történészek szerint a helyneveket a 13. századi magyar kancellária megmagyarosította, tehát az efféle vizsgálata csupán utólagos visszavetítés.
A szláv népelemek a középkor folyamán számos utánpótlást kaptak a cseh-morva területekről, elsősorban a bányavidékeken. Az északi megyék - Trencsén, Nyitra- Turóc, Árva, Liptó és Zólyom - irányítását magyar-szlovák köznemesség tartotta kézben. Ezeknél a családoknál kölcsönös asszimiláció figyelhető meg: hol a szlovákok magyarosodtak el (pl. a Kossuth, Petőfi), hol a magyarok váltak szlovákká.
A 18. században a szlovákok az alföldi településeket is benépesítették, elsősorban a Nyírség illetve Békés területén. (A Nyíregyháza környéki telepeseket hívják tirpákoknak.) Az északi vármegyékben megváltozott nemzetiségi arányokra jellemző, hogy a század utolsó harmadában Gömör megye 28 százaléka volt magyar. Jellemzően a korábban vegyes területek szlovákká váltak.
A döntően jobbágyi jogállású szlovák népesség nemzetiségi mozgalmát Ján Kollár pesti evangélikus lelkész indította. Nevéhez fűződik a pánszlávizmus koncepciójának megalkotása. Az elképzelt orosz segítség romantikus felfogását szemlélteti Kollár szobor-terve is: fejét Oroszország, törzsét a lengyelek, karjait a csehek, lábait a szerbek, fegyverzetét a többi szlávok alkották volna. Ludevit Stur a szlovák irodalmi megújhodást szorgalmazta: létrehozta az egységes - a közép-szlovák nyelvjárásra épített - szlovák nemzeti nyelv alapjait, cseh mintára kialakított helyesírással.
A szlovák értelmiségiek 1848. márciusában viszonylag szerény elképzelésekkel álltak elő, és kérésük a többségi helyeken az anyanyelv használatára és tanítására vonatkozott. Májusra azonban már Magyarország föderatív átalakítását kérték, és ebben Szlovákia saját nemzeti közigazgatást és oktatást kapott volna, illetve saját nemzetőrségük és saját nemzeti lobogójuk lett volna.
A magyar hatóságok ezért a szlovák nemzeti ügyet katonai ügyként kezelték, és nyers erő bevetésével hatástalanították. Kossuth szemében ugyanis a nemzetiségek, így a szlovák nemzeti mozgalom tagjai sem számítottak komoly tényezőnek. Az egyetlen közeledésre 1849 júliusában került sor, ám akkor már késő volt. Mindez persze csak a politikai vezetésre igaz, hisz a szabadságharc hadseregében sok szlovák katona ontotta vérét a magyar szabadságért.
A kiegyezés, majd pedig az 1868-as nemzetiségi törvény az újonnan létrejött Monarchiában elutasította a nem magyarok politikai nemzetként történő elismerését, és velük szemben az 1849-es nemzetiségi határozatot alapul véve léptek fel. A nemzetiségek az alsó- és középfokú közigazgatásban kaptak nyelvi és kulturális jogokat. 1875-ben Tisza Kálmán miniszterelnöksége alatt oszlatták fel a legnagyobb, kulturális (és politikai) célokat szolgáló szlovák egyesületet, a Maticát, ami csak 1919-ben született újjá. Ezzel párhuzamosan zárták be mindhárom szlovák középiskolát is.
Érdemben nem javított a helyzeten az 1907-ben megszületett Lex Apponyi sem, amely rendezte a nemzetiségi egyházak népiskolái tanítóinak fizetését, bár cserébe a magyar nyelv fokozott tanítását írta elő. Az egységes állam jegyében fogant intézkedéseket gyarapította a kötelező magyar iskolafelirat, a magyar nyomtatványok és a magyar történelmi tablók használata is. Bár az intézkedések egy részét visszavonták, érezhetően csökkent a nemzetiségi iskolák száma.
A Monarchia és a történelmi Magyarország elitje a szlovákok által igényelt autonómiát a történeti magyar állam egységét féltve elutasította, ahogy a csehek által kidolgozott föderációs tervekre is nemet mondott. Az első világháborúban a szlovák terveket leginkább a csehek saját államukra vonatkozó tervei érintették. 1917. májusában még a Habsburg Monarchia föderatív átalakítását szorgalmazták, a szlovákokat a csehszlovák nemzet egyik ágának nevezve.
A trianoni békeszerződés Szlovákia területét a cseh és morva területekkel vonta össze, így jött létre Masaryk "liberális Svájca", ahol azonban 3,5 millió német és egymillió magyar is a határok közé került. Az új ország hamar szembekerült a háborúban vesztes Magyarországgal: Csehszlovákia, Románia, és a Szerb-Horvát-Szlovén Királyság (1929-től Jugoszlávia) megkötötte a kisantant néven ismertté vált szerződést, amelyben szavatolták egymás területének védelmét a magyar törekvésekkel szemben.
A két világháború közti Csehszlovákia az újonnan létrejött államok legdemokratikusabb alkotmányával rendelkezett, a nemzetiségek által remélt autonómiát, esetleg társnemzeti státust azonban nem biztosította. Az ország etnikailag rendkívül vegyes volt, az 1930-as népszámlálás idején a lakosság 50 százalékát csehek, 14 százalékát szlovákok, 22,5 százalékát németek, és közel öt százalékát magyarok tették ki.
A csehszlovák államot 1938-ban Münchenben bontották fel: Magyarország a nem sokkal később cinikus "tárgyalások" után megszületett bécsi döntésben visszakapta a Felvidék déli részét, a szlovák területeken pedig a Tiso vezette náci bábállam jött létre. A visszacsatolást a kezdeti örömök után a szlovákiai magyarok kiábrándulása követte, ugyanis az új államiságban a helyiek helyett sokszor az anyaországból hozott tisztviselőkkel töltötték fel az államigazgatást.
A háború után Szlovákia visszakerült a korábbi államalakulatba. 1947-ben a párizsi békeszerződésben területi veszteség is érte Magyarországot: három faluval gazdagodott Csehszlovákia.
Az újra elnökké választott Benes ekkor szerette volna elérni a német és magyar kisebbség teljes felszámolását. Elképzelése szerint a magyaroknak vagy távozni, vagy asszimilálódni kellett. A szövetségesek azonban nem járultak hozzá a magyarok egyoldalú kitelepítéséhez, így 1946. február 27-én Csehszlovákia lakosságcsere-egyezményt kötött Magyarországgal. A szerződés keretében 73 ezer szlovák hagyta el Magyarországot és 68 ezer magyar Csehszlovákiát. Bár a szerződés szerint az áttelepítés az ingó vagyonnal együtt történt volna, ám a megfigyelők - így a jelen lévő Jászi Oszkár - szerint Benes módszere Hitler és Sztálin megoldásait idézte.
A háború után a magyar kisebbség súlyos retorziókat szenvedett, a 100 ezer kitelepített mellett 40 ezer embert Csehországba deportáltak, az iskolákat bezárták. 1946-ban választás elé állították a félmillió kisebbségi helyzetbe lévő magyart: ha szlováknak vallották magukat, akkor megkapták az állampolgárságot és jogokat. 300 ezren döntöttek így.
Az 1948-as kommunista hatalomátvétel egy keveset javított a helyzetükön, visszakapták állampolgári jogaikat, újra működtek az iskolák, 1949-ben pedig megjelenhetett az első magyar nyelvű napilap is. A magyar kommunisták által ekkor remélt területi autonómiáról azonban szó sem lehetett. A pozitívumok mellett azonban az 1948-as közigazgatási beosztással a korábbihoz hasonlóan igyekeztek megakadályozni a magyar többségű területek létrejöttét.
Az 1960-as évek közepére a pozitív állami kapcsolatok ellenére az anyanyelvi oktatás lehetőségei is romlottak, mert az iskolák egy részét a szlovák intézményekkel vonták össze. A prágai tavasz idején a magyarok kulturális szervezete a föderatív átalakítást szorgalmazta, és a területi autonómia mellett a nyelvoktatás szabadságát kérték. A szlovákok erről hallani sem akartak, és az 1968. októberében elfogadott nemzetiségi törvényben a magyaroknak nem biztosítottak jogot az autonómiára. A számarány szerinti képviselet mellett mindössze a töredékes nyelvhasználati jogot kapták meg. Ennek ellenére tovább folytatódott a kulturális és nyelvi szlovakizálás is.
Az önálló Szlovákia 1993-ban jött létre, és az országnak 11 százalékos magyar kisebbséggel kellett számolnia. 1995-ben írták alá a magyar-szlovák határokat és nemzetiségi jogokat kölcsönösen garantáló egyezményt. Máig problémás és rendezetlen kérdés a két ország viszonyában a bős-nagymarosi beruházás, amit mindként fél presztízskérdésként kezel. A rendszerváltás óta pozitív gesztusok is javítottak a kapcsolaton: jelentősen fejlődött a szlovákiai magyar felsőoktatás, 2003 óta egyetem üzemelhet Révkomáromban. 55 év után a két ország viszonyának szimbolikus elemeként a párkányi hidat is sikerült újjáépíteni.
