A vita 2005 decemberében került nyilvánosságra, amikor Peru perrel fenyegette meg az egyetemet a kincsek ügyében. A dél-amerikai ország akkor azzal érvelt, hogy Bingham megígérte, expedíciója befejezése után visszaadja a Machu Picchuban talált leleteket. A Yale álláspontja szerint az egyetem raktáraiban őrzött leletek nem tartoznak ebbe a kategóriába. "Nem jó kiindulópont, hogy a leleteket már korábban vissza kellett volna adni. Úgy gondoljuk, hogy azok a leletek, amelyekre a 18 hónapos korlátozás vonatkozott, már rég visszakerültek Peruba. A Yale nem adta vissza Perunak a leletek fölötti rendelkezés jogát" - mondta szóvivőjük.
A vita széles körű tiltakozást váltott ki Peruban, felháborodást keltett a National Geographic Társaságban, valamint neves régészek körében is. A nyár elején a New York Times címlapján foglalkozott a botránnyal, amely heves indulatokat váltott ki Peruban is. A vita hevében Richard Burger professzor, a leletek kezelője azzal vádolta meg Peru korábbi first ladyjét, hogy politikai ügyként kezeli a leletek ügyét, elfelejtve, hogy nagyobb biztonságban vannak New Havenben, mint Dél-Amerikában. Burger azóta már egy perui ásatáson dolgozik, ami a két ország közötti javuló kapcsolatokat is jelzi.
A nemrég hivatalba lépett Alan García kormánya fordulatot hozott a korábbi perui elnök, Alejandro Toledo politikájával szemben. "A találkozókon valódi előrelépések történtek. Tavaly óta megváltoztak a dolgok: új kormány van, új nagykövet és új politika" - mondta Vladimir Kocerha, a washingtoni Perui Nagykövetség sajtófőnöke. Arra a kérdésre, hogy Peru beperelné-e a Yale Egyetemet, ha követeléseit nem teljesíti, Kochera nemleges választ adott. "Miért perelnénk be a Yale-t, ha tárgyalhatunk vele? Ez az ötlet az előző kormánytól származik, de mi nem kívánjuk folytatni ezt a politikát."
2007 június elején Garcia elnök megbízta a Harvardon végzett Hernán Garrido-Lecca építésügyi minisztert, hogy vegye fel a kapcsolatot a Yale Egyetemmel. A Yale képviselői szerint a tárgyalások baráti hangnemben folynak, de cáfolták, hogy visszaadnák Perunak a ritka és értékes ékszerek, ereklyék és emberi maradványok feletti rendelkezés jogát. A tárgyalások azután kezdődtek el újra, miután Richard Levin, a Yale elnöke levelet írt az új perui elnöknek. "Júniusban előrelépést tettünk, és szeptemberben további előrelépések várhatóak, amikor egy perui delegáció érkezik a tárgyalások folytatására" - mondta Levin.
A Yale ígérete, hogy leltárt készít a leletekről, akkor került nyilvánosságra, amikor Karen Hughes, az USA Külügyminisztériumának kulturális diplomáciáért felelős államtitkára nemrég hivatalos látogatásra Peruba érkezett. A látogatás során azt is bejelentették, hogy az Egyesült Államok visszaadja Perunak azokat a prekolumbián tárgyi emlékeket, amelyeket a két ország közötti csempészet elleni egyezmény megkötése után hoztak be az országba.
A készlet megtekintésének engedélyezése nagy előrelépés a Yale részéről. "Ha a tudósítások igazak, akkor ez a Yale jóakaratát bizonyítja. Hogy az ajánlatot Peru elfogadja-e vagy sem, az már más kérdés. Nem lehet tudni, mi lesz a következő lépés" - mondta Chris Heaney, aki Fulbright ösztöndíjasként kísérte figyelemmel az eddigi vitát.
