A háborús éveket követően Joseph Ratzinger és fivére visszatérhettek tanulmányaikhoz, 1951-ben mindkettőjüket pappá szentelték. A későbbi pápa 1953-ban teológiai doktorátust szerzett, majd dogmatikát és dogmatörténetet tanított Freisingben, Bonnban, Münsterben, Tübingenben, Regensburgban. Egyre magasabbra jutott az egyházi hierarchiában: 1977-ben II. János Pál pápa München és Freising érsekévé nevezte ki, bíborosi címet kapott, majd a bajor püspöki konferencia elnöki tisztségét is ellátta.
1981-től a pápa az egyházi tanítóhivatal, a vatikáni Hittani Doktrínák Szent Kongregációjának prefektusává nevezte ki, s a konzervatív politikusként számon tartott Ratzinger 24 éven át vezette rendkívüli szigorral az egyik legbefolyásosabb vatikáni szervezetet. Ezzel egyidejűleg a Nemzetközi Teológiai Tanács és a Pápai Biblikus Tanács elnöke is lett. 1982-ben lemondott a müncheni érsekségről, 1993-ban Velletri-Segni bíboros-érseke, 2002-től a bíborosok dékánja lett. Hetvenötödik életévének betöltésekor, 2002-ben az egyházjog értelmében be kellett nyújtania lemondási kérelmét II. János Pálnak. Az egyházfő azonban továbbra is maga mellett akarta tudni egyik legfőbb tanácsadóját, s a prorogatio, vagyis a meghosszabbítás jogával élve pozíciójában tartotta a bíborost.
II. János Pál 2005-ben bekövetkezett halála után a bíborosi konklávé az előzetes várakozásoknak megfelelően Joseph Ratzingert választotta pápává, aki az I. világháború alatt regnáló XV. Benedek után választotta a XVI. Benedek pápa nevet. Személyében nyolcadik alkalommal, s 480 év után került ismét német a katolikus egyház élére. Megválasztása után többen konzervatív fordulatot jósoltak, egy belga lap például így jellemezte: "vaskezű pápa bársonykesztyűben".
A "Cooperatores veritatis" (az igazság segítőtársai) jelmondatot valló pápa azonban rácáfolt az előzetes várakozásokra, inkább fontolva haladó reformer egyházvezetőnek bizonyult. Első enciklikáját 2006 januárjában Deus est caritas (Az Isten: szeretet) címmel adta ki. 2007 márciusában Sacramentum Caritatis címmel újabb enciklikát adott közre, megerősítve a kötelező papi cölibátust. Elődjéhez hasonlóan ő is elutasítja az abortuszt, a mesterséges születésszabályozást és az eutanáziát, ellenzi az egynemű párok együttélésének törvényesítését. Elődjével ellentétben kevesebbet utazik: pápasága két éve alatt kétszer járt Németországban, ellátogatott Lengyelországba, valamint Törökországba is.
A Schöpfung und Evolution, vagyis Teremtés és evolúció című Augsburgban megjelent könyvben a pápa írásában azzal foglalkozik, hogyan illenek bele a modern biológiai ismeretek a keresztény világképbe. A Spiegel Online arra emlékeztet, hogy a pápa tavaly már bírálta a géntechnikát, s ugyancsak tavalyi, regensburgi beszéde nem csak a muzulmánoknál váltott ki heves érzelmeket, ugyanis a tudományos ismereteket csak a sok megismerési forrás egyikének nevezte.
A mintegy 200 oldalas kötetben az egyházfő arról foglal állást, hogyan keletkezett az ember: egy hosszas kiválasztási folyamat során, ahogy a biológia mutatja? A válasz békülékeny, mert az egyházfő a hit válaszát nem tartja kizárólagosnak. Méltatja a természettudományokat, hiszen "az értelem nagy dimenzióit nyitották meg, amelyek korábban zárva voltak". Ugyanakkor úgy véli: a kutatók kompetenciáját meghaladja az a kérdés, hogy honnan származik a racionalitás. A pápa szerint erre "a természettudomány nem tud felelni, és nem szabad, hogy válaszoljon." Az embereknek ebben a kérdésben bízniuk kell "a teremtő értelemben".
Az evolúció kérdésében a pápa az "istenhívő evolúció" mellett foglalt állást. A kereszténység fő áramlatában - és nem csak a katolikusok körében -, sok hívőnek az a véleménye, hogy bár nem tagadják az evolúció biológia ismereteit, de úgy vélik: az egész mögött Istent, mint teremtőt kell keresni. Míg 1996-ban II. János Pál úgy vélekedett, hogy a brit természettudós, Charles Darwin elmélete több mint hipotézis, XVI. Benedek szerint az evolúció elmélete nem egy tudományosan teljesen bizonyított teória. A hosszú időszakok nem teszik lehetővé az ellenőrzést, és "nem tudunk 10 ezer generációt behozni a laboratóriumba".
II. János Pál 1980-ban kijelentette, hogy nincs ellentmondás a természettudomány és a hit között. Ugyanakkor az őt követő Ratzinger bíboros első pápai miséjét pontifikálva kijelentette: "az ember nem az evolúció jelentéktelen mellékterméke." Josef Reichholf, Németország egyik legtekintélyesebb evolúció-biológusa szerint azonban "a kinyilatkoztatásokból és a tudományos megismerésből származó igazság két teljesen külön dolog".
