A döntést váratlanul és előzmények nélkül jelentették be, így azt a tudományos világ nagy megdöbbenéssel fogadta. A több mint egymillió kötetet és közel 75 ezer felbecsülhetetlen értékű kéziratot tartalmazó 600 éves gyűjtemény épületét utoljára száz évvel ezelőtt újították fel, és az most újabb rekonstruálásra szorul. A szakértők szerint a július közepi, nyári szünetre eső váratlan zárásra azért van szükség, hogy az állományt semmilyen károsodás ne érje.
A felújítás során az épületeket porvédelemmel, légkondicionálóval és vészkijáratokkal látják el, és legközelebb 2010 szeptemberében fogadhatnak látogatókat. A napi átlag 100 kutató által használt könyvtár anyaga iránt érdeklődőknek azonban a zárás alatt sem kell nélkülözniük, és akkor is hozzájutnak majd a könyvek digitális másolataihoz.
A könyvtár mellett a Vatikán másik igen értékes archívuma a Tikos Levéltár (Archivio Segreto Vaticano), amelyet V. Pál utasítására 1610-ben választottak el a Vatikáni Könyvtártól, és teljesen ekkor zárták el a külvilágtól. A levéltár jelenleg 50 iratfolyókilométer anyaggal rendelkezik (azaz a levéltárban található iratokat 50 kilométer hosszan lehetne egymás mellé állítani), a mai napig külön épületben található, és őrzi hagyományos szerkezetét: nincs nyilvános katalógus és a nyilvántartásokban nem lehet böngészni.
A levéltár Európa legértékesebb történeti forrásainak tára: itt találhatók Michelangelo levelei, a Giordano Bruno és Galileo Galilei elleni inkvizíciós per részletei, vagy akár VIII. Henrik házasságának érvénytelenítését kérő levele is.
