A világ első kőszínháza Velencében nyílt meg 1637-ben. A San Cassiano névre keresztelt intézményt egy operával, Francesco Manelli és Benedetto Ferrari Andromedájával avatták fel. A századfordulóig sorra nyíltak a teátrumok a városban, a 18. századra a több mint tucatnyi színházból hét kizárólag operákat és táncjátékokat tartott műsoron. A város vezető operaháza a San Benedetto lett, az épület azonban 1774-ben leégett.
A telektulajdonosok és a színházbérlők között jogi vita támadt az újjáépítés után a költségeket illetően, és a döntés eredményeképp a pervesztes bérlők inkább új, "szemet és fület gyönyörködtető" teátrum építésébe fogtak a Campo San Fantinon. Az 1789. november 1-jén megjelentetett nyilvános pályázati kiírásra 28-an jelentkeztek, közülük kilencen mutathatták be rajzaikat és makettjeiket a megrendelőknek. A győztes Giannantonio Selva építész lett. Az építkezés 1790 júniusában kezdődött, és két évvel később, 1792. május 16-án megnyílt a Gran Teatro La Fenice. A Gazzetta Urbana Veneta című napilap szerint az épület "mindennek birtokában van, ami egy színháznak fontos: a világos színek, a harmónia, az egyszerre masszív és légies architektúra - nehéz egyszerre megfelelni mindegyik követelménynek, itt azonban csodálatosan sikerült". A nyitó előadáson Giovanni Paisiello I Giochi d'Agrigento című operáját és egy balettet adtak elő. A Fenice hamar Velence kedvenc színháza lett, a korszak legjobb művészei léptek itt fel, és csak az első évtizedben huszonöt ősbemutatót tartottak.
Az első átalakításra 1807-ben került sor: királyi páholy híján ideiglenes loggiát építettek Napóleon látogatására, majd egy évvel később a ház későbbi díszlettervezője, Giuseppe Borsato tervei alapján készült ez az állandó uralkodói páholy és a nézőtér. A barokk uralkodóábrázolási tradíciókat követően a múzsák karától övezett Apolló lett az auditórium dísze, amit karácsony másnapján adtak át. 1825 és 1828 között lecserélték az olajlámpákat, és felavatták a hatalmas csillárt, Apolló kocsijának helyére az éjszaka 12 órájának allegóriái, az erkélyek balusztrádjaira pedig akantuszlevél és virágfüzér díszítmény, hangszerek és kerubok figurái kerültek. Ez az állapot alig nyolc évet élt meg: az épület nagy része 1836. december 17-én egy rossz kályhának köszönhetően a tűz martalékává vált. A tulajdonosok nem késlekedtek, 1837. december 26-án megtartották az újjáépített színházban az első, nemzetiünnep-számba menő előadást.
De még mielőtt belefeledkeznénk az építészettörténetbe, lapozzuk fel az opera-annaleseket is. Rossini három operájának (Tancredi, Sigismondo, Semiramis) tartják itt a premierjét, Bellini a Fenice megrendelésére írta a tomboló sikerű Il Capulieti e I Montecchi című operát és a kevésbé közönségkedvenc Beatrice de Tendát. Az újjáépítés után indul a Donizetti-rajongás (Belisario, Maria di Rudenz), 1842-ben pedig elkezdődött a színház Verdi-korszaka. A Milánóból érkező Nabucco sikere után 1844-től 1957-ig öt, a Fenice számára komponált darab került színre. Itt mutatták be az Ernanit, az Attilát, a Rigolettót, a Traviatát és a Simon Boccanegrát, s volt időszak, mikor a színház repertoárjának kétharmada Verdi-operákból állt. Szemmel is tartották őt mind az osztrák zsandárok...
Az 1848-as forradalmi hév Velencét sem kerülte el. A Fenicébe betörő tömeg nemes egyszerűséggel szétverte a díszpáholyt, amit először kisebb páholyokká alakítottak, majd a Habsburgok hatalom-visszavétele után egy bécsi rendelettel ismét királyfogadásra alkalmassá tettek. 1866-ban, amikor az osztrák megszállás elleni hétéves tiltakozó bezárás után Verdi Álarcosbáljával ismét megnyitotta kapuit a ház, II. Viktor Emmanuelt ünneplendő kikerült a Savoyai-ház címere, amit 1946-ban, a köztársaság kikiáltását követően a várost védő Szent Márk oroszlánjára cseréltek.
Wagner Velencében lelt kellemes otthonra, művei pedig a Fenicében találták meg ugyanezt. Puccini és a város kapcsolata azonban volt nem ennyire felhőtlen, sikert mindössze a Bohémélet és a Tosca aratott, ám egyik sem ősbemutatóként. A századforduló éveiben gazdasági okokból, 1915 tavasza és 1920 májusa között a háború miatt maradt zárva az operaház. Békeidőben viszont, csakúgy, mint addig is, egymásnak adták a kilincset a hírességek, sőt 1930-ban elkezdődött a Velencei Biennáléhoz kapcsolódó Korunk zenéje című sorozat, ezáltal felkerült a repertoárra a szimfonikus és kamarazene.
A második nagy újjáépítésre 1937-ben került sor. Ennek következtében az épület visszanyerte neoklasszikus fényét, restaurálták a freskókat és a vasfüggönyt, megnövelték a foyer-t, és a színpadi gépezet is modernizálódott. A következő 59 év nyugalomban telt, csak a premeierek - Stravinsky: The Rake's Progress, Britten: A csavar fordul egyet, Nono: Intolleranza, hogy csak a legfontosabb ősbemutatókat említsük az ötvenes-hatvanas évekből - visszhangjával kellett törődni a ház vezetőinek.
1996. január 29-én azonban másodszor is a lángok martalékává lett a Főnix. A bíróság hétéves, a város és az építők heves egymásra mutogatásától kísért per után, 2003-ban mondta ki bűnösnek a két villanyszerelőt, akik az indoklás szerint azért okoztak szándékosan tüzet, mert az épületen dolgozó cégük nem tudta tartani a vállalt határidőket.
A 2003. december 14-én, Beethoven, Wagner és Stravinsky muzsikájával megnyitott Fenice jelenleg a 19. századi arcát mutatja, annak megfelelően építették újjá - köszönhetően Visconti 1954-es Érzelem című mozijának nyitó képsorainak, az film ugyanis megőrizte az épület egykori arculatát. A régi-új Fenicét azonban korántsem fogadták olyan egyöntetűen lelkesen, mint ahogyan elődeit, az elégedettek mellett a "múlt nevetséges imitálása" helyett modern épületért kiáltók hangja is hallatszott.