A horvát származású John Gavin Malkovich 1953. december 9-én született Illinois államban. Már középiskolás évei alatt több előadásban szerepelt, a színházi karriert követően a mozis karrierje pedig 1983-ban vette kezdetét.
Több kisebb-nagyobb szerep után az igazi ismertséget Steven Spielberg filmje, A nap birodalma jelentette. Az 1988-as Veszedelmes viszonyok Valmont vikomtjaként vált igazi sztárrá. Később egy másik adaptáció, az 1992-es Egerek és emberek is pozitív kritikai fogadtatásban részesült. Láthattuk Clint Eastwood Célkeresztben című filmjében (alakításáért Oscarra is jelölték), az Egy hölgy arcképében, a Con Air ? A fegyencjáratban, A vasálarcosban vagy a Pókerarcokban.
Egyik (ha nem A) leghíresebb szerepe önmaga egy alternatív változata: az 1999-es A John Malkovich-menetben John ?Horatio? Malkovich-ként ért el újabb sikereket. A szerep elvállalása viszont nem volt egyértelmű: mint mondta, ha megbukik a film, a nézők csak az ő nevére fognak emlékezni, ellenben ha pozitívan fogadják, akkor beskatulyázzák.
A 2000-es évektől viszont már jóval kevesebb munkát vállal, főleg csak kasszasiker (vagy annak szánt) alkotások mellékszerepeiben tűnik fel (Galaxis útikalauz stopposoknak, Transformers 3.). 2008-ban viszont két kritikailag is alkotásban filmben láthattuk: mind az Elcserélt életek, mind az Égető bizonyíték ott van a legjobb mozijai között. Legutóbb a 2013-as Eleven testek című komédiában láthattuk a magyar vásznakon, a Madagaszkár pingvinjeihez pedig a hangját kölcsönözte.