A vatikáni levéltár zárolt részeinek megnyitását régóta követelte egy keresztény és zsidó történészekből álló kutató csoport. A néhai II. János Pál rendelkezése alapján kutatható iratok XI. Pius pápaságának idejének szentszéki eseményeire deríthetnek fényt.
II. János Pálnak köszönhetően 2000-ben 1922-ig (XV. Benedek haláláig) már sikerült kutathatóvá tenni az iratokat, majd 2003-ban XI. Pius pápaságának idején keletkezett 640 aktát is feloldották, amelyek a Szentszék és a berlini apostoli nunciatúra iratait tartalmazzák. Mostantól a kutatók a római kúria dokumentumaihoz is hozzáférhenek.
Mint a Múlt-kor olvasói számára ismert, XI. Pius pápaságának korszaka a katolikus egyház történetének felettébb vitatott fejezetét jelenti. A történészek szerint most végre számos új kutatási eredmény várható, ilyen például:
Hitler hatalomra kerülése Hitler római látogatása a Szentszék és a sztálinizmus viszonya Mussolini konkordátuma a Vatikánnal a két háború közötti pápai állam XI. Pius félbemaradt enciklikája a rasszizmusról
A pápai levéltár története egyidős a pápasággal. Kezdetben szétszórt iratanyagokból állt, majd 649-ben egységesítették, és költöztették a Lateráni Palotába. A 11. században a Palatinus dombra vitték a levéltárat, ám már ezekben a korai évszázadokban szembesülni kellett azzal, hogy az anyag nagyon sérülékeny, mivel a legtöbb dokumentumot papiruszra írták. Az első regisztert és a folyamatos levéltári dokumentációt III. Ince (1198-1216) rendelte el.
A 13. század közepén, IV. Ince (1243-1254) pápasága alatt az anyag egy darabig Cluny-be költözött, míg a 14. század elején Perugiába szállították át. Innen Assisibe került, majd végül 1339-ben vitték Avignonba. A pápaság Rómába történő visszatérésekor az iratok Avignonban maradtak, ezért egy külön levéltárat alakítottak ki Rómában. Ezt a két irat-együttest 1738-ban egyesítették.
A Tikos Levéltárat (Archivio Segreto Vaticano) V. Pál utasítására 1610-ben választották el a Vatikáni Könyvtártól, és teljesen ekkor zárták el a külvilágtól.
Az 1815 előtti anyagokat XIII. Leó tette kutathatóvá 1881-ben. Legközelebb 1924-ben oldottak fel iratokat, ekkor XVI. Gergely pápaságának végével (1846. június 1.) húzták meg a nyilvánosság határát. 1966-ban IX. Pius pontifikátusára (1878-ig), 1978-ban XIII. Leóéra (1903-ig), majd 1985-ben X. Pius és XV. Benedek pápaságára (1922-ig) terjesztették ki az időhatárokat. 2002-ben XI. Pius pontifikátusának anyagait oldották fel részlegesen, míg a teljes anyag mostantól vált elérhetővé. Arról egyelőre nincs szó, hogy a leginkább vitatott megítélésű XII. Pius tevékenysége mikor válik megtekinthetővé.
A levéltár jelenleg 50 iratfolyókilométer anyaggal rendelkezik (azaz a levéltárban található iratokat 50 kilométer hosszan lehetne egymás mellé állítani), a mai napig külön épületben található, és őrzi hagyományos szerkezetét: nincs nyilvános katalógus és a nyilvántartásokban nem lehet böngészni.
A levéltár Európa legértékesebb történeti forrásainak tára: itt találhatók Michelangelo levelei, a Giordano Bruno és Galileo Galilei elleni inkvizíciós per részletei, vagy akár VIII. Henrik házasságának érvénytelenítését kérő levele is.
A Titkos Levéltár máig legnagyobb rejtélye a kora középkori iratanyag sorsa: vagyis, hogy az elmúlt 100 évben miként semmisülhetett meg a világ legértékesebb, 8. század előtti eretnek írásokat tartalmazó kora középkori iratanyaga. A levéltár közleménye szerint "nem egészen ismert okokból" történhetett meg.
