A korszak forrásaira vonatkozóan elöljáróban két megjegyzést tennék: Egyrészt ez az időszak a katolikus egyházszervezet kiteljesedésének kora volt, mind az intézményhálózat, mind a személyi állomány tekintetében, fejlett bürokratikus apparátussal, ami egyrészt az iratok nagy mennyiségében mutatkozik meg, másrészt az ügyvitel minőségében, vagyis abban, hogy az egyes ügyeket szinte minden fázisban dokumentálták (részben az utazási és kommunikációs nehézségek miatt). Másrészt 1945-50 között jelentős irat-megsemmisülés történt, aminek részleteiről szólni fogok.
A két világháború közötti egyháztörténet forrásainak elsődleges lelőhelyei a püspöki és káptalani (érseki és főkáptalani) levéltárak. Az anyag legnagyobb részét az egyházkormányzati iratok teszik ki, általában jól rendezetten (az iktatókönyvek alapján visszakereshetően). Hasonlóan jelentős számban és rendezettségben állnak rendelkezésre a katolikus iskolaügy dokumentumai is. A gazdasági jellegű iratok tekintetében már nem ilyen kedvező a helyzet, mert ezeket többnyire külön épületben, a jószágkormányzóságokon őrizték, és 1945-ben jelentős iratpusztulás történt, nagyrészt a háborús cselekmények következtében. A levéltárak fontos részét képezi a személyi anyag, amelyből országos jelentősége elsősorban az Esztergomi Prímási Levéltár állományának van (hiszen a hercegprímások megkérdőjelezhetetlenül a magyar katolikus egyház vezetői voltak), de érdeklődésre tarthatnak számot a többi főpásztor iratai, valamint egyes politikai állást betöltő papok hagyatékai is. Ezek az anyagok azért is jelentősek, mert az egyházi ügyek állami forrásainak legfontosabb része, a Vallás- és Közoktatásügyi Minisztérium iratanyaga 1945-ben megsemmisült, bár szerencsésen megmaradtak a magyar-szentszéki kapcsolatokra vonatkozó külügyminisztériumi iratok és a szentszéki követség anyaga. Ebben a vonatkozásban a nehézséget az jelenti, hogy a Szentszék e korszakkal kapcsolatos levéltári anyaga még nem kutatható (csak a második világháború alatt keletkezett nunciatúrai iratok egy része került kiadásra).
Az egyháztörténeti forrásanyag lelőhelyeinek másik csoportját a plébániai levéltárak alkotják. E forrásanyag esetében is történt iratpusztulás, elsősorban az utóbbi két évtizedben az önállóságukat vesztett plébániákon. Ezt a helyzetet kívánja orvosolni több egyházmegyei levéltár azon programja, amely a plébániai iratanyag szisztematikus begyűjtését és rendezését irányozza elő. A plébániai iratok többnyire csupán "tükrei" a püspökségek egyházkormányzati iratainak, de bizonyos forrástípusok, és itt elsősorban a historia domus érdemel említést, önálló értékkel rendelkeznek. A historia domusok vezetése éppen korszakunk elején, a húszas évek egyházmegyei zsinatainak rendelkezései nyomán vett új lendületet, így ekkoriban a helyi eseményeket részletesen és színesen rögzítő krónikák születtek. A historia domus ugyanakkor szubjektív műfaj, hiszen a plébános véleményét tükrözi, amit a forráselemzés során figyelembe kell venni (tipikus problémaként jelenik meg a historia domusokban a plébános konfliktusa a tanítóval, a kegyúrral, a községgel). A két világháború közötti magyar egyház arculatát kétségkívül jelentős mértékben meghatározták a szerzetesközösségek, ám ezek iratai nagyrészt megsemmisültek a rendek 1950-es feloszlatásakor. A feloszlatás előtti 50 szerzetesrendi levéltárból csak a bencés, piarista és a ferences anyag maradt egyházi kézben (illetve került vissza 1969-ben rendi kezelésbe), a többi rend központi irattárai és a vidéki házak anyagának töredékei állami levéltárakba kerültek. A rendszerváltás után egyes rendek (jezsuiták, csornai premontreiek) helyreállították levéltárukat, míg mások (ciszterciek) a tulajdonjogot visszaszerezve anyagukat az állami levéltárakban hagyták letétként. A legnagyobb hiány a női rendek levéltári anyagaiban mutatkozik. A katolikus egyesületek szintén fontos tényezői voltak a két világháború közötti egyházi életnek, de ezek iratai is nagyrészt megsemmisültek az 1946-os feloszlatás után, illetve töredékükben lelhetőek fel az egyházmegyei (elsősorban az Actio Catholica iratai) és megyei levéltárakban.
Végül említést érdemel, hogy a két világháború közötti egyháztörténet hasznos forrásai a katolikus sajtótermékek, hiszen az országos terjesztésű napilapok és folyóiratok mellett minden egyházmegye kiadott politikai napilapot és egyéb periodikákat is, nem beszélve a szerzetesrendek és egyesületek rendszeres kiadványairól.
S most nézzük, milyen módon használják fel a történészek e forrásanyagot, s milyen kutatási irányok kínálkoznak a jövőben! Elöljáróban meg kell jegyezni, hogy az egyházmegyei és plébániai levéltárakat elsősorban a helytörténészek aknázzák ki. Ez érthető is, hiszen az ezekben őrzött dokumentumok nagyrészt a helyi közösségek életébe engednek bepillantást, és sok esetben kizárólagos forrásai lehetnek a város- vagy falumonográfiák egy-egy fejezetének.
Ugyanakkor ezeket a részkutatásokat szintetizálni kellene az egyházmegyék szintjén, már csak azért is, hogy a korszakról az országos jelentőségű anyag alapján alkotott, s ezért a "nagypolitikára" koncentráló képet árnyalni lehessen. Erre utalt egyébként a két világháború közötti katolikus egyház történetét feldolgozó könyvében Gergely Jenő is, amikor így fogalmazott: "ismételten szomorúan kell megállapítanunk a forrásokon alapuló egyházmegye-történetek fájó hiányát". De az átfogó jellegű egyházmegye-történetek megírása mellett szükség lenne egyes részterületek alaposabb vizsgálatára, így a virágzó társulati élet bemutatására, vagy a katolikus iskolahálózat korabeli működésének, és az ott folytatott pedagógiai gyakorlatnak az elemzésére. Részkutatások révén árnyalni kell a képet az egyházi birtokok gazdálkodását illetően is, hiszen nem lehet - minden megkülönböztetés nélkül - "egyházi nagybirtokról" beszélni, mivel ez a birtokállomány nem volt egységes sem a birtokos egyházi intézmények és testületek, sem a gazdálkodás módja, sem annak hatékonysága tekintetében. Egy másik fontos kutatási terület a vidéki holokauszt egyházi vetületének feltárása, hiszen a vidéki zsidóság sorsa manapság a történészi érdeklődés középpontjában áll.
Nem érdektelen az a kérdés sem, hogy a két világháború közötti társadalmi közegben a katolikus egyház milyen "stratégiai célokat" követett, például a felekezeti arányok tekintetében, s hogy ez miként tükröződött a plébánia-alapításokban. Ugyancsak feldolgozásra vár az a téma, hogy az egyház miként szolgált bizonyos nemzetpolitikai célokat, például a harmincas-negyvenes években a németkérdés vonatkozásában. Kiaknázásra várnak azok a feljegyzések, amelyek 1945-ben az egyházmegyei központok felszólítására készültek az egyes plébániákon a háborús pusztításokról, s általában igen részletesek és megbízhatóak: ilyenek a püspökségeken egybegyűjtött plébánosi jelentések és a helyi historia domusok. A korszak egyháztörténeti forrásairól általában az állapítható meg, hogy a "belső" keletkezésű, vagyis egyházmegyei és plébániai iratoknak nemcsak a spektruma szűkült le, hiszen az egyház oktatási tevékenysége és gazdálkodása, a társulati élet és a felekezeti sajtó szinte teljes egészében megszűnt, hanem ezen források minősége is radikálisan megváltozott. Az egyházmegyei levéltárakban gyakorlatilag csak a legszűkebben értett egyházkormányzat dokumentumait találjuk, s ezekből az iratokból gyakran éppen a döntések valódi okai nem derülnek ki (például az áthelyezések motívumai).
A plébániákon is egyre kevesebb információt őriztek meg írásban, jellemzőnek mondható a historia domusok "beszédes hallgatása" az ötvenes-hatvanas években, vagy az, hogy csak a legszűkebben vett hitélet jelentős eseményeit (elsőáldozás, bérmálás) dokumentálták. Mindez érthető félelemből történt, s összességében a korszak püspökségi és plébániai forrásai azt erősítik meg, hogy ez az időszak a "hallgató egyház" kora volt a magyar katolikusok életében. Éppen ezért a pártállami diktatúra egyháztörténetek feltárásakor megnövekszik a "külső" forrásoknak, vagyis az állami és pártszervek iratainak a szerepe, illetve megkerülhetetlenné válnak az egyházüldözés elszenvedőinek személyes vallomásai.
Az állami szervek anyagából kiemelkedő jelentőséggel bírnak az 1951-ben létrehozott Állami Egyházügyi Hivatal (1956-59 között a Művelődésügyi Minisztérium Egyházügyi Hivatala) iratai, hiszen ez az intézmény volt az állami egyházirányítás "nyílt" eszköze. A hivatalnak a Magyar Országos Levéltárban őrzött iratai dokumentálják elsődlegesen az egyház állami kontrolljának működési mechanizmusait. Emellett nem elhanyagolható információkat nyújtanak a Fővárosi Tanács és a megyei tanácsok mellett működő egyházügyi titkároknak a területileg illetékes levéltárakba került iratai, bennük az alsóbb közigazgatási szervek jelentéseivel, mindenekelőtt arról, hogy helyi szinten miként korlátozták az egyház tevékenységét. Ugyancsak itt találhatók azok a pártiratok, amelyek az ÁEH megalakulása előtti évekből rendszeres jelentéseket tartalmaznak az egyházak életéről és a "klerikális reakció" elleni harcról.
A korszak egyháztörténeti forrásainak másik csoportját azok a kutathatóvá tett ávós és állambiztonsági iratok képezik, amelyekből rekonstruálhatóak az egyházüldözés "titkos" módszerei. Ezeknek a forrásoknak az értékelésénél azonban ügyelni kell arra, hogy a bennük található információk - a diktatúra természetéből következően - többszörösen manipuláltak. Az Állambiztonsági Szolgálatok Történeti Levéltárában elhelyezett iratanyag nagy népszerűségnek örvend a kutatók körében, s a publikációk között szerencsére vannak olyanok is, amelyek nemcsak az "egyházi besúgók" működésének szenzációhajhász vagy éppen apologetikus célzatú bemutatására vállalkoznak, hanem egy-egy ügyet a maga teljességében igyekeznek feltárni. Éppen az állambiztonsági iratok manipulált volta teszi megkerülhetetlenné a hitükért üldözöttek életének és személyes emlékeinek dokumentumait. Az üldözött papok és szerzetesek életrajzi adatait hihetetlen szorgalommal gyűjtötte egybe Hetényi Varga Károly. Az általa közöltek részben személyes nyilatkozatokon alapulnak, ezért ezeket időnként óvatosan kell kezelni. Ugyancsak fontosak azok a gyűjtemények, amelyek a meghurcolt jezsuiták és a ferencesek életútjait, illetve személyes emlékeit tartalmazzák. Értékes anyagot őriznek továbbá a ciszterci nővérek kismarosi monostorában, ahová egyébként Hetényi Varga hagyatéka is került.
Nézzük most, hogy a pártállami diktatúra időszakának egyháztörténeti forrásait milyen szempontok alapján kellene kiaknázni! Alapelvként leszögezhető, hogy a fent bemutatott forrástípusokat - hiányos vagy manipulált voltuk miatt - csak együtt szabad feldolgozni, vagyis a különböző természetű dokumentumokat, visszaemlékezéseket egymásra tekintettel kell értelmezni. Ugyanakkor azt is meg kell állapítanunk, hogy igen fontos források, nevezetesen a vatikáni diplomácia iratai, még hosszú időn át hozzáférhetetlenek lesznek. Bár az utóbbi másfél évtizedben nem kevés elemzés látott napvilágot a korszak egyháztörténetéről, ezek általában elnagyoltra sikerültek. Ezért továbbra is a legfontosabb feladat a diktatúra egyházpolitikájának árnyaltabb elemzése úgy országos szinten, mint egy-egy régió vonatkozásában. Hasonló jelentőséggel bír az életutak vizsgálata, nemcsak a mártíroké, hanem a meghatározó szerepet játszó főpapoké és a vezető békepapoké is.
Továbbá fel kellene tárni a papi ügynökök sorsát, ide értve beszervezésük, foglalkoztatásuk és esetleges dekonspirációjuk körülményeit. Ami a plébániai iratokat illeti, ezeket leginkább az 1945-49 közötti évek vonatkozásában lehet kiaknázni, hiszen adatokat szolgáltatnak a népesség kicserélődéséről (kitelepítések), vagy arról, hogy a totális diktatúra kiépítésének árnyékában, már az egyesületek feloszlatása után milyen utolsó kísérletek történetek a hívek keresztény elkötelezettségének megerősítésére (mint amilyen pl. a jezsuiták "somogyi kísérlete" volt).
Végezetül arra érdemes rámutatni, hogy az ismertetett források nemcsak a szűken vett egyháztörténet-írás számára hasznosíthatóak, hanem megvilágítják a 20. század nem kevés feszültséggel terhes társadalmi változásainak következményeit is, hiszen az egyház belső élete mindig korrelációban áll a társadalom egészének életével.