1913-ban az Eötvös Kollégium tagjaként a budapesti egyetemen történelem-latin szakos tanári és bölcsészdoktori oklevelet szerzett. 1912-13-ban külföldön: a lipcsei és a müncheni egyetemeken tanult. 1913-ban a Magyar Országos Levéltár, 1913-20-ban a bécsi udvari kamarai levéltár tisztviselője. Közben részt vett az első világháborúban. 1920-22-ben megszakításokkal a Bécsi Magyar Történeti Intézet tagja. Itt főként a XIX. századi horvát nemzeti mozgalomra vonatkozó levéltári kutatásokat folytatott. 1922-től a Magyar Országos Levéltárban allevéltárnok. 1925-től külügyminisztériumi titkárként a bécsi magyar levéltári delegáció tagja. 1928-tól a budapesti egyetemen Az egyetemes újkori történelem a XVIII. és XIX. században című tárgykör magántanára. 1929-ben a Bécsi Magyar Történeti Intézet igazgatóhelyettese, majd igazgatója lett. 1930-35-ben a római egyetemen a magyar történelem nyilvános rendes tanára, és egyúttal a Római Collegium Hungaricum igazgatója. 1935-48-ban a bécsi Collegium Hungaricum és a Gróf Klebelsberg Kuno Magyar Történetkutató Intézet igazgatója, majd a bécsi Magyar Kulturális Intézetek főigazgatója, egyúttal a bécsi egyetem vendégtanára. 1948-tól haláláig a bécsi egyetem tiszteleti tanára. Mindent elkövetett a magyar kulturális kapcsolatok megtartására. Már 1945 tavaszán felvette a kapcsolatot az osztrák kulturális vezetéssel új kultúrkapcsolatok kiépítése érdekében, és szerepet vállalt az egyetemi oktatás indításában. Tekintettel arra a rokonszenvre, amelyet Ausztria a győztes hatalmaknál élvezett, Miskolczy szerint Magyarország részéről kívánatos lenne a kulturális kapcsolatokat a tudomány, az irodalom, a könyvkiadás és a zene területén szorosra fűzni. A professzor úgy látta, hogy a bécsi magyar kulturális intézetek a magyar kultúrának páratlan előjogokat és kisugárzási lehetőségeket nyújtanának.
Kezdetben bizánci, kora középkori magyar történelemmel, valamint Hunyadi János hadjáratainak történetével foglalkozott. Az 1920-as évek elejétől fő kutatási területe a 19. századi horvát nemzeti mozgalom története, valamint Magyarország helye a Habsburg-monarchiában volt, konzervatív-nacionalista szellemben. A Fontes sorozatban megjelent kétkötetes forráskiadványa a horvát kérdés történetéről a késő feudalizmus korában, bevezető tanulmányával együtt máig a problémakör elsőszámú kézikönyve a reformkori nemzetiségi nacionalizmusok kutatása kapcsán. Érintette a Bach-korszak berendezkedését. Az 1959-ben megjelent Ungarn in der Habsburger-Monarchie című összefoglaló művében arra emlékeztetett, hogy a neoabszolutizmus "sokat alkotott, ami az ország hasznára szolgált, és a kiegyezés után jelentősen megkönnyítette a nemzeti kormány munkáját". Ez az álláspont szöges ellentétben állt korábbi gondolataival.
Az MTA levelező tagja 1933. május 19-től. Tagsága megszűnt külföldre távozása miatt, majd 1989. május 9-én helyreállították. Akadémiai székfoglalóját Az összállam-eszme gazdaságpolitikai alapvetése a reformkorszakban címmel 1934. június 4-én tartotta.
Fő művei: A házi, udvari és állami levéltár Bécsben. Levéltári Közlemények, 1926.; A horvát kérdés története és irományai a rendi állam korában. I-II. Bp., 1927-28.; Geasamtstaatsidee und Wirtschaftspolitik in Ungarn 1790-1848. Gróf Klebelsberg Kuno Magyar Történetkutató Intézet Évkönyve, 1936.; A kamarilla a reformkorszakban. Bp., 1938.; Az új Magyarország. Magyar Művelődéstörténet, V. Többekkel. Szerk. Bp., 1942.; reprint kiad.: Szekszárd, 1991., 1993.; A magyar nép történelme a mohácsi vésztől az első világháborúig. Róma, 1956.; Zur Geschichte der Zollunion der Donaumonarchie. Der Donauraum, 1958.; Metternich und die ungarischen Stände. Mitteilungen des österreichischen Staatsarchivs, 1959.; Die ungarische Revolution von 1918. Der Donauraum, 1959.; Ungarn in der Habsburger-Monarchie. Wien-München, 1959.
Róla szóló irodalom: Wagner, Hans: Julius Miskolczy (1892?1962). Mitteilungen des Österreichischen Staatsarchivs, 1962.; Glatz Ferenc: Történetíró és politika. Bp., 1980.; Schneider Mária: Magyar kulturális intézetek Bécsben a két világháború között. A Bécsi Magyar Történeti Intézet és a Collegium Hungaricum. Magyarságkutatás, 1986.; Ujváry Gábor: Tudományszervezés - történetkutatás - forráskritika. Klebelsberg Kuno és a Bécsi Magyar Történeti Intézet. Győr, 1996.; Ujvary Gábor: Egy tudós kultúrpolitikus kalandjai Rómában és a magyar hivatalokban. Gerevich Tibor és a római Magyar Akadémia. In: "Nem sűlyed az emberiség!"... Album amicorum Szörényi László LX. születésnapjára. Bp., 2007.; K. Lengyel Zsolt: Neoabszolutizmus vagy önkényuralom? Megjegyzések a magyarországi Bach-korszak újabb historiográfiájához. Aetas, 2008.
