Esterházy ősei ellenzéki magyar arisztokraták voltak, dédapját 1849-ben kivégezték, nagyapját is megbüntették. Anyja, Elisabeta Tarnowska lengyel grófnő özvegyen nevelte három gyermekét. A trianoni béke után Csehszlovákiában a földreform 5000 holdjuk kilenctizedét elvette.
Esterházy az 1920-as évek közepén a magyarok visszaszorítását is magába foglaló csehszlovakizmus ellenzékeként lépett a közéletbe. 1932-ben az Országos Keresztényszocialista Párt elnöke lett, s látván, hogy a masaryki demokrácia dacára a magyarságot erőszakos asszimiláció fenyegeti, elsőként követelte magyar egyetem felállítását.
1936-ban a Keresztényszocialista és a Magyar Nemzeti Pártból létrejött Egyesült Magyar Párt alelnöke lett. Benes államfő miniszterséget ajánlott neki 1935-ben, ezt csak úgy vállalta volna, ha orvosolják a magyarság sérelmeit. Rajta is múlt, hogy a magyarok 1938-ban nem vették át a szudétanémetek erőszakos módszereit.
Horthy kassai bevonulásakor felszólította a magyar vezetést: adják meg a szlovák kisebbségnek a jogokat, amelyeket ő Prágától a magyaroknak kért, s szót emelt a magyar csendőrök brutalitása ellen is. A Magyar Párt elnökeként Szlovákiában maradva védte a 70 ezer magyar érdekeit, s Londonba szöktette a későbbi csehszlovák emigráns kormány hadügyminiszterét, Viest tábornokot; Fábry Zoltán a fasizmus egyetlen szlovákiai ellenfelének nevezte.
A zsidók deportálását előíró törvényt 1942-ben a pozsonyi parlamentben egyedül ő nem szavazta meg, ekkor két szlovák képviselő inzultálta őt. Jó kapcsolatai voltak Horthy kormányzóval, Keresztes-Fischer belügyminiszterrel, sok üldözöttet segített a még nyugodt Magyarországra; az itteni szociáldemokratákkal, Szakasits Árpáddal is kapcsolatot talált. Szót emelt Magyarország hitleri megszállása ellen, a szövetségesekhez a svájci követségen át juttatta el memorandumát. A nyilas hatalomátvétel után Budapesten bebörtönözték, 1944 végén szabadult s bujkált a Gestapo elől. 1945 tavaszán az új csehszlovák hatóságoktól Szalatnai Dezsővel a magyarság védelmét kérte, s tiltakozott a kassai kormányprogram magyarellenes pontjai ellen. Amikor a memorandumot átadta Gustav Husak belügyi megbízottnak, lefogták és a Szovjetunióba vitték, ahol tíz év munkatáborra ítélték.
1947 szeptemberében a csehszlovák népbíróság mint hazaárulót, fasisztát és kollaboránst távollétében halálra ítélte. A vád szerint az általa vezetett szlovákiai magyarság bomlasztotta fel a csehszlovák államot, személyében a magyarságot marasztalták el. Benes elnök megígérte a perújrafelvételt, de mielőtt léphetett volna, 1948-ban lemondatták. A súlyos tüdőbeteg Esterházyt 1949-ben küldték haza Szibériából, ítéletét "kegyelemből" életfogytiglanra változtatták. 1956-ban a morvaországi Mirovba vitték, az itteni börtönben halt meg 1957. március 8-án. A holttestet elhamvasztották, s még a maradványokat sem adták ki a családnak, nevét negyven évig le sem írhatták.
Esterházy János gyűlölte az erőszakot, antifasiszta és antikommunista volt. Politikáját magyarsága, keresztény humanizmusa, demokrata volta határozta meg, a 20. század gerinces, önfeláldozó magyar politikusai közé tartozik. 1992-ben a pesti Szép utcában, 1998-ban a mirovi rabtemetőben kapott emléktáblát - a mai napig ez az egyetlen Esterházy-emlékmű a volt Csehszlovákia területén. 1993-ban Göncz Árpád kérésére az orosz legfelsőbb bíróság Esterházy ítéletét semmisnek mondta s rehabilitálta - ez azonban mind Csehországban, mind Szlovákiában máig késik.
Sólyom László köztársasági elnök szerint ritkaság az, hogy olyan politikus kerül be a köztudatba, akit erkölcsi nagysága miatt tisztelnek. Erről az államfő a szlovákiai magyar politikus, Esterházy János halálának évfordulóján rendezett konferencián beszélt áprilisban. A rehabilitációra mégsem mutatkozik sok remény: az [origo] akkor megkereste a szlovák kormány illetékeseit is, ők későbbre ígértek érdemi választ.
Lánya, az Olaszországban élő Esterházy Alice fél évszázadon át kereste apja hamvait, de azokat csak a közelmúltban találta meg egy prágai temető tömegsírjában. A Magyar Koalíció Pártja (MKP) azonnal hallatta a véleményét, mondván, hogy Esterházyt a szülőföldjén, egykori birtokán, Nyitraújlakon, Galántán, vagy Losoncon kellene végső nyugalomra helyezni.
Az Új Szó szerdai számában megjelent interjú szerint lánya egyelőre nem kívánja háborgatni apja urnáját, mert úgy véli: a hamvak majd akkor kerüljenek Szlovákiába, "ha a szlovákok megérnek arra, hogy kezet nyújtsanak a magyaroknak, ha más lesz a viszonyulásuk a magyar kisebbséghez, ha a Benes-dekrétumokat semmissé nyilvánítják, akkor Esterházyt haza lehet vinni. Ehhez azonban csoda kellene, vagy legalábbis a csodával határos változás."
Szerinte valójában nem érdekli, rehabilitálják-e a szlovákok - az egyelőre ellenségnek tekintett - Esterházy Jánost, aki "mártír volt, hős volt, s ha ezt a szlovákok nem ismerik el, akkor az csak az ő politikai éretlenségük bizonyítéka". Ha azonban a hamvak egyszer mégis hazakerülnének, akkor a végső nyughely akár Pozsony, az egykori koronázó templom, vagy a Pozsonyhoz közeli Mária-völgyi kegyhely is lehetne. Ehhez azonban egy új szlovák politikus-nemzedéknek kell felnőnie - mondta Esterházy Alice.
(Múlt-kor/MTI)