A Békés megyei Kunágotán született 1931. március 30-án, műkedvelő muzsikus családban – nagyapja és édesapja is több hangszeren játszott, kórust alapított. Édesanyja érzékeny, mélyen vallásos asszony volt, az ő hatására pap vagy hittérítő szeretett volna lenni, s érdeklődött az irodalom iránt, szüleinek személyes ismerőse volt Szabó Lőrinc.
1947-től járt a legendás, Gulyás György karnagy-pedagógus vezette békéstarhosi zeneiskolába. Az itt töltött évek egész életére meghatározó hatással voltak, itt ismerkedett meg Bartók és Kodály népzenében gyökerező zenei világával. Zenei tanulmányait Szabó Ferencnél és Farkas Ferencnél folytatta a Zeneakadémián, ahol 1957-ben kapott diplomát.
1957-től 1961-ig a Magyar Rádió zenei lektoraként és szerkesztőjeként dolgozott. 1959-től 1994-es nyugdíjba vonulásáig a Zeneakadémia középiskolai énektanár és karvezető, valamint zeneszerzéstanára volt, a hetvenes évek második felében a Magyar Televízió zenei lektoraként is működött. Több mint húsz társadalmi szervezet – köztük a Magyar Kodály Társaság, a Magyar Zenei Kamara, a budapesti Operabarátok – munkáját segítette és elnökölte. 1992-től haláláig a Magyar Művészeti Akadémia tagja volt. 1994-ben – elsősorban egészségügyi okokból, és hogy csak az alkotásnak élhessen – Sopronba költözött. „A művészek gyakran nem a vágyaiknak próbálnak megfelelni, hanem az elvárásoknak, ami nagyon sajnálatos. Szeretnék elbújni a dolgozószobámban, a csendes zugomban, hogy csak azzal foglalkozhassam, ami számomra fontos” – mondta egy interjúban.
Első, teljességében vállalható szerzeményének az 1958-ban bemutatott, Ady nyomán született A tűz márciusa című oratóriumot tekintette, a műfajban további 21 művet komponált. 1962-ben kezdett a García Lorca drámája ihlette Vérnász megírásába, első operáját, amelyen három évig dolgozott, mintegy húsz operaházban és 15 nyelven mutatták be. A magyar opera egyik megújítójának tartott Szokolay e műfajban még hat művet alkotott. Az 1968-ban bemutatott Hamlet komponálása közben negyvenszer nézte meg Laurence Olivier filmjét. A Sámson (1973) Németh László műve nyomán született – az író-polihisztor, akit Kodály mellett művelődési példaképének tekintett, szegény diák korában anyagilag is támogatta őt. Az Ecce homo című passióopera (1984) alapja az Akinek meg kell halnia című Kazantzakisz-regény. Gyermekeknek íródott a Csalóka Péter (1985), misztériumoperát szentelt Szent Margitnak (1995), a Szávitri Illés Endre meséje (1998), A bölcs Náthán (1998) pedig Lessing nyomán született.
Szokolay Sándor több mint hatszáz művet komponált, operái mellett vannak szimfóniák, misék, oratorikus művek (Istár pokoljárása, Hódolat Kodálynak, Magyar zsoltár, Jobbítsd a nemzetöt, Október végi tiszta lángok, Télvégi Tavaszváró), kórusművek, versenyművek, szólószonáták, dalok, balettek. Symphonia Ungarorum című szimfóniáját a millenniumi év megnyitására, Nagy Gáspár versciklusára írta. 2009-ben nyitányfantáziát komponált a Páneurópai piknik huszadik évfordulójára. Egyik legutolsó alkotása a Széchenyi István halálának 150. évfordulóján komponált Organum Hungarorum című kantáta.
Kodály filozófiáját követve ő is a hazaszeretetet és a hitet állította életműve középpontjába. Több kései műve témáját a magyarság és a nemzeti identitás problémája ihlette. Vásáry Tamás szavai szerint népzenei forrásból és a nagy európai tradícióból merítve alkotta meg egyéni stílusát, csupán arra törekedve, hogy jó és szép zenét írjon. A 80. születésnapja alkalmából tartott ünnepi hangverseny több művének ősbemutatójául is szolgált. Nagy Gáspár szövegkönyvére Hálók címmel tervezett operáját már nem tudta megvalósítani.
Egy, a nyolcvanadik születésnapján készült interjúban remekül megfogalmazta művészi és emberi hitvallását: „Soha nem volt üldözési mániám, és a díjak sem foglalkoztattak. Úgy gondolom, ha az emberi tartás megvan, nem szabad feltétlenül rebellisnek lenni. Az élethez kell jókedv és humorérzék is. A magam részéről mindig úgy gondoltam, hogy a megrendelő elképzelése művészi meggyőzéssel formálható. Ha szükségesnek láttam, egyszerűen rábeszéltem őket arra, hogy az kelljen nekik, ami bennem mozog. Fontos, hogy az ember tudjon mérlegelni, és különbséget tenni hasonlónak tűnő fogalmak között. Mert soha nem szabad kiszolgálni, csak szolgálni.”
Szokolay Sándor munkásságát számtalan díjjal ismerték el, kétszer (1960, 1965) kapta meg az Erkel Ferenc-díjat, 1966-ban a Kossuth-díjat, 1976-ban lett érdemes művész, 1986-ban kiváló művész. A Bartók Béla–Pásztory Ditta-díjat 1987-ben és 2001-ben, a Magyar Művészetért díjat 1993-ban, a Magyar Örökség-díjat 1998-ban, a Kodály-díjat és a Corvin-láncot 2001-ben kapta meg. 2008-ban Prima díjjal tüntették ki, 2011-ben Artisjus-díjat nyert. Sopron (2001), Orosháza (2007), szülőhelye, Kunágota (2008) és Solymár (2011) díszpolgárává választották.
Szokolay Sándor életének 83. évében, 2013. december 8-án halt meg Sopronban, az ottani evangélikus temetőben 2015-ben avatták fel síremlékét. 2017-ben megjelentek családjához írott fiatalkori levelei és kottái; a Hogy is kezdődött?... Levelek a diákévekből című könyvhöz korai zongoraműveit tartalmazó CD-melléklet is tartozik. A zeneszerző nevével 2017-ben létrejött alapítvány először 2018-ban hirdetett zeneszerzőversenyt fiatalok számára Szokolay Sándor InspirArt néven. Halálának idei, tizedik évfordulóján emlékkoncertet tartanak, és életéről kiállítás nyílik Sopronban.
Nyitóképen Szokolay Sándor Kossuth-díjas zeneszerző, egyetemi tanár otthonában 2010-ben. Fotó: MTI / E. Várkonyi Péter