Zeneszerzői tanulmányait a debreceni Kodály Zoltán Zeneművészeti Szakközépiskolában, majd 1961 és 1966 között Farkas Ferenc irányításával a Zeneakadémián folytatta, ezt követően kétéves posztgraduális zeneszerzői kurzust végzett Rómában. Első művein Bartók Béla és az új bécsi iskola zeneszerzőinek hatása érződik, de már ekkor foglalkoztatták a szeriális zeneszerzési technika alkalmazási lehetőségei. (Az így komponált zeneművek szakítanak a tonalitás, a harmónia törvényeivel, ehelyett előre meghatározott hangok sorára, szériájára épülnek.) Első nemzetközi sikerét 1968-ban az utrechti Gaudeamus fesztiválon bemutatott Soliloquium No. 1 című, szólófuvolára írt darabjával aratta.
1970-ben Eötvös Péterrel, Kocsis Zoltánnal, Sáry Lászlóval, Simon Alberttel és Vidovszky Lászlóval együtt alapító tagja volt az Új Zenei Stúdiónak. A hazai zenei neoavantgárd meghatározó, külföldön is elismerést szerzett műhelyéhez idővel csatlakozott Csapó Gyula, Dukay Barnabás, ifj. Kurtág György, Serei Zsolt és Wilheim András is. A csoport 1972–1990 között több mint félezer kortárs zeneművet mutatott be.
A mozgalom tagjai a zene alapelemeit radikálisan újraértelmezték, előfordult, hogy darabjaik csak zörejekből álltak, érdeklődésük középpontjába az improvizáció került.
Jeney zeneszerzői munkásságát nagy mértékben befolyásolta megismerkedése John Cage amerikai zeneszerző írásaival és darabjaival, az amerikai minimálzene alkotásaival, valamint az, hogy egy darmstadti zeneszerzői kurzuson mások mellett Karlheinz Stockhausen, Ligeti György, Christian Wolff előadásait hallgatta. 1972-ben íródott Alef – Hommage à Schönberg) című zenekari darabja egyszerre a zenéjét formáló fiatalkori hatások összegzése és a '70-es elején megtalált új irányok megfogalmazása.
A kísérletező komponista 1973-ban zenén kívüli alapanyagok (sakkjátszmák, telexek, meteorológiai adatok, szövegek, versek, majd a hetvenes évek végétől a 128 hangból álló fraktálsorok) zenei folyamatokká történő átírásával is foglalkozni kezdett. A hetvenes évek közepétől egy évtizeden át a gregorián zenét előadó Schola Hungarica kórusában énekelt. A gregorián zene hatása érződik hat részből álló, Halotti szertartás című oratóriumán, amelynek komponálásába 1987-ben fogott. A középkori magyar temetési rítusra épülő, a régi és új elemeket harmonikusan ötvöző műben 20. századi magyar és olasz költők versei és magyar nyelvű népi virrasztóénekek is hallhatók. A 2005. októberi premieren a Nemzeti Filharmonikus Zenekart és Énekkart Kocsis Zoltán vezényelte. A monumentális mű bemutatóját Kurtág György „a magyar zenetörténet ünnepének” nevezte, Jeneyt a kortárs zene megújítójaként emlegették.
Ő maga azt vallotta: abban, hogy kiből milyen zeneszerző válik, a tehetség és az odaadás a döntő.
A hetvenes évek második felében Jeney egy úgynevezett pszeudomodális skálarendszert fejlesztett ki régi görög hangsorokból, ezt 1981-ben Apollóhoz című kantátájában alkalmazta először. Színházi és filmzenét is írt, egyebek között Jancsó Miklós Így jöttem, Huszárik Zoltán Szindbád, Kabay Barna és Gyöngyössy Imre Jób lázadása és Sára Sándor A vád című alkotásaihoz. 1992-ben Vidovszky Lászlóval a sevillai világkiállítás magyar pavilonjához készített zenét.
Több nyugat-európai országban és az Egyesült Államokban járt ösztöndíjjal, illetve tevékenykedett vendégprofesszorként, 1982-ben számítógépes zenei tanulmányokat folytatott Párizsban. A Zeneakadémián 1986-ban kezdett tanítani, a zenetudományi tanszak tanára, 1995–2011 között a zeneszerzés és karmesterképző tanszék vezetője, 2011-től a zeneszerzés tanszéki csoport vezetője volt az Alkotóművészeti és Zeneelméleti Ismeretek Tanszékén. 1999-től a Doktoriskola vezetőjeként tevékenykedett. 1993–1996 között a Magyar Zeneszerzők Egyesületének elnöke volt, 1990-től az International Society of Contemporary Music (ISCM) magyar képviselője, majd 1996-tól három évig a szervezet alelnöke is volt. 1993-ban lett a Széchenyi Művészeti és Irodalmi Akadémia tagja.
Munkássága elismeréseként a Párizsban megjelenő Magyar Műhely irodalmi folyóirattól elnyerte a Kassák-díjat, megkapta az Erkel Ferenc-díjat (1982), az érdemes művész címet (1990), kétszer a Bartók–Pásztory-díjat (1988, 2006). 2001-ben Kossuth-díjjal tüntették ki új utakat kereső, nemzetközileg is nagyra becsült zeneszerzői munkásságának elismeréseként, az elektroakusztikus zenei műfaj adta lehetőségek sodró erejű, nagyhatású művészi kiaknázásáért. 2006-ban Aegon Művészeti Díjban részesült. Az Aus tiefer Not című darabja 2018-ban az év klasszikus zenei műve lett.
Jeney Zoltán 2019. október 28-án, 76 éves korában halt meg.
Nyitókép forrása: Artisjus
