Az ásatást az épület 19. századi tervrajzainak segítségével kezdték meg, ugyanis 1823-ban egy pusztító tűz után szinte teljesen újjá kellett építeni a templomot. Az első vizsgálatok során a régészek sikeresen rekonstruálták az eredeti templom alakját, melyet az i.sz. 4. században, 386-ban építettek.
A tényleges ásatás a bazilika fő oltára alatt vette kezdetét, és a Vatikán kutatói így jutottak el a kőszarkofághoz, mely az eredeti negyedik századi épület alapjainál található. Az itt talált síron a következő felirat látható: "Pál apostol, vértanú". A 2002-ben kezdődött és ez év novemberében befejeződött ásatások eredményeit a múlt héten tartott sajtótájékoztatón ismertették.
A Róma második legnagyobb templomaként is nyilvántartott Szent Pál bazilikában folytatott ásatások során a kutatók a föld alatt alig egy méterrel egy érdekes, reneszánsz kori különlegességet is találtak. A Szent Péter székesegyház falainak és boltíveinek vázlatát az egykori padlózat 1726 márványdarabjába karcolták bele.
A kutatók szerint Michelangelo halála (1564) után a tervezési és kivitelezési munkálatokat átvevő Giacomo della Porta készítette a rajzokat a kupola befejezéséhez (1588-90). Carlo Visconti, a feltárás egyik vezetője szerint a tervrajz elkészítéséhez máshol nem volt hasonló méretű felület.
A Pál sírjának felnyitásához szükséges engedélyre váró szakemberek jelenleg azon gondolkodnak, hogy az egykori padlót is rekonstruálják, majd kiállítják, hogy zarándokok, kutatók és diákok is megtekinthessék a páratlan tervezési feladat e ritka lenyomatát.
