Szilágysomlyón született somlyói Báthory István erdélyi vajda és Telegdi Katalin fiaként. Várdai Pál esztergomi érsek, majd I. Ferdinánd bécsi udvarában töltötte apródéveit, az egyetemet Padovában végezte. A humanista műveltségű, jó politikai érzékkel és hatalmas vagyonnal megáldott Báthory alig volt huszonhárom éves, amikor ő fogadta az Erdélybe visszatérő Izabella királynét, Szapolyai János özvegyét és annak fiát, János Zsigmond megválasztott királyt. Megkapta a legfontosabb erdélyi katonai pozíciót: váradi főkapitány lett. Két ízben járt követként a császárnál, a második alkalommal két évre börtönbe vetették, ahonnan csak 1567-ben engedték haza. Kiszabadulása után birtokaira húzódott vissza, politikai szerepet nem vállalt. Katolikus hitéről nem volt hajlandó lemondani, s amikor János Zsigmond erővel akarta unitárius vallásra téríteni, megfutamította annak katonáit.
János Zsigmond 1570-ben, a speyeri egyezményben végleg lemondott a magyar királyi címről, de megtarthatta Erdélyt magának és leszármazottainak. A következő évben azonban utód nélkül halt meg, és az egyezmény szerint Erdély a Habsburg király, Miksa uralma alá került volna. Miksa Bekes Gáspárt jelölte a trónra, de a szabad fejedelemválasztás jogához ragaszkodó rendek inkább Báthoryt választották meg. Ő nemcsak a töröknek tette le a hűségesküt, hanem Miksát is biztosította lojalitásáról, ő mégis Bekest nevezte ki erdélyi vajdának. Az udvarhű trónkövetelőt Báthory az 1575. július 8-i kerelőszentpáli csatában leverte, híveit kegyetlenül kivégeztette.
Fejedelemként a korábbi adományok fölülvizsgálásával, a kereskedelem és bányászat fölvirágoztatásával, új árszabás bevezetésével szervezte át a gazdasági életet.
Megerősítette a katonai védővonalat, ő rendelte el Várad erődítését. Az oktatás fellendítésére behívta a jezsuitákat, 1581-ben megalapította a kolozsvári akadémiát. Udvarában itáliai egyetemeken végzett értelmiségiekkel vette körül magát, ő maga is kiváló stílusú leveleket írt.
Lengyelországban 1572-ben Zsigmond Ágosttal férfiágon kihalt a Jagelló-dinasztia, s az üresen maradt trónt Miksa is meg akarta szerezni. A hagyományosan magyarbarát és Habsburg-ellenes lengyel rendek 1576-ban inkább a megnövekedett tekintélyű Báthoryt hívták meg uralkodónak, aki azonnal Krakkóba sietett. A koronázás minden feltételét teljesítette; ezek között az is szerepelt, hogy költözzön Lengyelországba, sőt elvette a csúnyácska, nála idősebb Annát, az utolsó Jagelló-házi lengyel király nővérét. Erdély trónjáról nem mondott le, előbb bátyját, Báthory Kristófot, majd az ő halála után annak kiskorú gyermekét, Zsigmondot tette meg vajdává (akkoriban kormányzótanács intézte az ügyeket). A legfontosabb dolgokban persze a Krakkóban székelő erdélyi kancellária útján ő maga döntött.
Báthory világosan látta a csapdahelyzetet, amelybe a két nagyhatalom közé szorult Magyarország került, és Martinuzzi György politikáját folytatva lavírozni igyekezett a Habsburgok és a törökök között. Lengyel királyként sikerült féken tartania a széthúzó rendeket, három sikeres hadjáratot vezetett Rettegett Iván orosz cár ellen, és visszahódította Livóniát. A vallási villongások korában feltűnő türelmességet tanúsított, s bár ő maga hívő katolikus volt, tiszteletben tartotta mások meggyőződését. Miként mondta: „Én nemzetségeknek vagyok királya, nem a lelkiismeretnek, melynek Isten az ura.”
Álma Lengyelország, Magyarország és Erdély államszövetsége volt (a magyar trónra Kristóf testvérét, Erdély élére Jan Zamoyski lengyel kancellárt szánta), amely egyaránt szolgálta volna a Habsburgok és a török visszaszorítását.
A megvalósításra nem maradt ideje, 1586. december 12-én váratlanul meghalt a lengyelországi Grodnóban (ma Hrodna, Fehéroroszország). Akkoriban sokan gondolták úgy, hogy megmérgezték, de az újabban elvégzett orvosi kutatások alapján biztosra vehető, hogy a fiatal kora óta betegségek által gyötört Báthory természetes okokból halt meg.
Mivel fia nem született, a lengyel trónon feleségének unokaöccse, III. Zsigmond, Erdélyben Báthory Zsigmond követte. Halála után kettős, tölgyfából és ónból készült koporsóban helyezték örök nyugalomra a krakkói Wawel katedrális altemplomában. Uralkodása mindkét országának virágkorát jelentette. A lengyelek ma is egyik legnagyobb királyukat tisztelik benne, egy népszerű ottani mondás szerint: „Vagy ne született volna, vagy ha született, örökké élne”.
A nyitóképen Francesco Corsi Báthory István győzelme Wielkie Łukinál. Forrás: Wikimedia Commons. Public domain / Polona Project