Iparos szülők gyermeke. Középiskolai tanulmányait Keszthelyen végezte, ezután (1847-ben) belépett a bencés rendbe (a Ferenc helyett ekkor kapta rendi nevét, a Kolost). Teológiát Pannonhalmán hallgatott. 1855-ben szentelték pappá. Tanár volt 1854-56-ban Komáromban, 1856-61-ben Pápán, 1861-69-ben Esztergomban. 1869-85-ben házfőnök és gimnáziumi igazgató volt Győrött. 1885 és 1891 között pannonhalmi főapát.
Főapátként erőfeszítéseket tett a rend szellemi és anyagi fejlesztéséért. Alatta épült meg a győri főgimnázium épülete, egyesült a zalavári apátság a pannonhalmi főapátsággal. Nagy gondot fordított a közép- és népiskolai tanügy fejlesztésére. Több új leányiskolát alapított (pl. Szentiván, Zalaapáti, Kiscell, Varsány, Tömörd), amelyek vezetését az irgalmas nővérekre bízta. Felújíttatta a tihanyi apátsági templomot, restauráltatta a tenyői, péterdi, ravazdi, bársonyosi, szentiváni templomokat. Radán új templomot építtetett. A rend tulajdonában levő balatonfüredi fürdőt, amely kedvelt nyaralóhelye volt, nagy költséggel újból berendezte és a közönség kényelmére való tekintettel gazdagon felszerelte. Ezek mellett a rend birtokain igen sok és a gazdálkodás követelményeinek megfelelő épületet emeltetett. 1891. október 27-én esztergomi érsekké és Magyarország hercegprímásává nevezték ki. 1893. január 16-án bíboros lett. 1893. április 10-én életveszélyben forgott egy merénylet folytán, amelyből dr. Kohl Medárd titkár saját életének kockáztatásával mentette meg. 1893. májusában nagyobb zarándoklatot vezetett Rómába.
Nevéhez fűződik a katolikus politikai szervezetek kiépítése. 1894-ben a budapesti katolikus nagygyűlést nyitotta meg. Ugyanebben az évben fogadta és üdvözölte Balassagyarmaton a királyt. Az egyházpolitikai harcok idején a konzervatív ellenzék vezére, nevéhez fűződik a katolikus politikai szervezetek kiépítése. 1895-ben tett 50 ezer koronás felajánlásával lehetővé tette egy új közkórház alapítását Esztergomban (ma Vaszary Kolos Kórház). Lemondott az esztergomi dunai hídvámról s így lehetővé tette a vashíd építését. 1895. szeptember 28-án ő szentelte a Mária Valéria hidat. 1896-ban ő adományozta a Szent Péter és Szent Pál plébániatemplomnak a Szent Pétert és Szent Pált ábrázoló főoltárképet, Vaszary János művét. 1896. május 3-án a millenniumi ünnepségek alkalmából a hálaadó istentiszteleten beszédet mondott a királyhoz, a királynéhoz és a nemzethez, ugyanekkor királyi elismerésben részesült. Esztergomi érsekként sokat tett egyházmegyéje tanügyének fejlesztéséért, újjászervezte a főtanfelügyelői hivatalt. Esztergomban kisdedóvónő-képzőt is alapított, Budapesten pedig érseki helytartóságot állított fel. A katolikus tanítók árva- és menedékházára 10 000 forintos, szülővárosa, Keszthely szegényei számára 100 000 koronás, a keszthelyi főgimnáziumi tanulók részére pedig 50 000 koronás alapítványt tett.
Az érsekségről 1912. december 31-én lemondott, s utána történeti kutatásaival foglalkozott. Írt történeti tankönyveket, életrajzokat, értekezéseket. 1858-ban Füssy Tamással és Méry Etellel szerkesztette az Ifjúsági Plutarchot, amelynek hat füzetébe ő írta Hunyadi János, Fejér György, Festetics György, Nagy Alfréd, Szilágyi Erzsébet életrajzait. Számos a Tanodai Lapokban, a Religióban, a Szent István Társulat naptárában, Győrmegye monográfiája című műben (Pannonhalma helytörténete), a Győri Közlönyben, az Akadémiai Értesítőben, a Figyelőben és a győri főgimnáziumi értesítőkben megjelent cikkein kívül önálló műveket is írt. A főrendiház tagja, valóságos belső titkos tanácsos (1891), a Ferenc József-rend lovagja (1891). 1892-ben megkapta a Szent István- rend nagykeresztjét. Az MTA igazgató tagja 1894. február 18-tól.
Fő művei: Világtörténelem katholikus tanodák számára és magán használatra. I-III. Füssy Tamással. I. és II. köt. Pest, 1863.; III. köt. Esztergom, 1863.; A várnai csata. Pest, 1864.; Magyarország történelme az alsóbb osztályok számára. Győr, 1865.; Magyarország történelme felsőbb osztályok számára. Győr, 1865.; Kurzgefasste Geschichte von Ungarn. Pest, 1867.; Történelmi atlasz. Bp., 1873.; Adatok az 1825. évi országgyűlés történetéhez. Győr, 1883.; I. Ulászló magyar király esküszegése és a várnai veszedelem. Bp., 1884.; Történelmi életrajzok. Bp., 1892., 3. kiad. 1905.; Vaszary Kolos beszédei. Esztergom, 1909.
Róla szóló irodalom: Zelliger Alajos: Egyházi írók csarnoka. Nagyszombat, 1893.; Vaszary Kolos. Kortörténeti könyvtár, 8-11. Szerk. Körösi László, Bp., 1895.; Keményfy K[álmán] Dániel: Vaszary Kolos 1855-1905. Esztergom, 1905.; Vaszary Kolos bíbornok. Katholikus Szemle, 1916.; Erdélyi László: Vaszary Kolos. Történelmi Szemle, 1916.; Ernyei Lajos: Három magyar prímás: Simor János, Vaszary Kolos, Csernoch János, amint én ismertem őket. 1867-1927. Pozsony, 1927.; Meszlényi Antal: A magyar hercegprímások arcképsorozata (1707-1945). Bp., 1970.
