Apja a Magyar Államvasutak főtisztviselője volt, akit fia születése után Kolozsvárra helyeztek, így Kacsóh az ottani református líceumba járt. A középiskola mellett a helyi konzervatóriumban zongorázni és fuvolázni tanult, zeneelméletre Farkas Ödön, az intézmény igazgatója, a kor ismert zeneszerzője tanította. A kolozsvári Ferenc József Tudományegyetemen természettudományi szakon summa cum laude minősítéssel fizikai doktorátust szerzett, már egyetemi évei alatt publikált fizikai, matematikai és zeneelméleti cikkeket az Erdélyi Múzeum-Egyesület (EME) Orvos-természettudományi Értesítőjében.
Egyetemi tanulmányai végeztével, 1898-tól matematika-fizika szakos gimnáziumi tanár lett az Aradi Főreáliskolában, majd Budapesten a rákospalotai főgimnáziumban (a mai Dózsa György Gimnázium elődjében), később a VIII. Kerületi Magyar Királyi Állami Főgimnáziumban. Érdeklődése egyre inkább a zene felé fordult, az általa szerkesztett Zenevilág című szaklapban az elsők között méltatta az ifjú Bartók Béla jelentőségét.
Kacsóh 1904 tavaszán a diákjainak komponált egy háromfelvonásos dalművet Csipkerózsa címmel, és az iskolai bemutatóra elhívta barátait. Köztük volt Bakonyi Károly, az első magyar nyelvű operett, a Huszka Jenő zenéjével sikert arató Bob herceg szövegkönyvének írója is, aki felkérte: zenésítse meg a Petőfi János vitézéből készült színművét. A dalszövegek megírására Heltai Jenőt kérték fel, de Kriza János Vadrózsák című népköltészeti gyűjteményét is felhasználták. Egyes dalok és motívumok a Csipkerózsából kerültek át a János vitézbe. Kacsóh a munkával kevesebb, mint öt hónap alatt végzett.
A bemutatót a Beöthy László vezette Király Színház vállalta. A nehéz anyagi helyzetben lévő színigazgató a darabra szerződtette a kor legnagyobb csillagát, Fedák Sárit is, akinek Iluska vagy a francia királylány szerepét szánta. A primadonna azonban megmakacsolta magát, nő létére a címszerepet kérte és kapta, Iluska pedig a pályakezdő Medgyaszay Vilma lett. Amikor 1904. november 18-án (a Tisza-kormány bukásának napján) este felgördült a függöny, a színpadon bő ingben, nadrágban és rámás csizmában, árvalányhajas kalapban Fedák Sári állt Kukorica Jancsiként. A darab már aznap este elsöprő sikert aratott, csak Fedák 574 alkalommal játszotta János vitézt, Kacsóh pedig egy csapásra országos hírű zeneszerzővé vált. A János vitéz több dala, mint Jancsi belépője, a francia király belépője, Bagó dala, az Egy rózsaszál és a Kék tó, tiszta tó valóságos sláger lett.
Kacsóh 1905-ben megalapította a székesfővárosi zeneiskolák szervezetét, amely elsősorban polgári iskolákban indította el a zeneoktatást. 1909-ben kinevezték a Kecskeméti Főreáliskola igazgatójává, 1912-től ő lett Budapest zenei szakelőadója, a közép- és felsőfokú zenetanfolyamok főigazgatója, hosszú időre a Székesfővárosi Énekkar vezetője, az Országos Dalosszövetség igazgatója, valamint az Országos Zenészszövetség elnöke. Megírta A zene fejlődéstörténete című elméleti munkáját, tankönyvet állított össze zongoratanításhoz, könyvsorozatot adott ki Énekeskönyvek az elemi népiskolák számára címmel, amelyet 1912-ben tankönyvként engedélyeztek. A sorozat sikerét jelzi, hogy 1927-ben a Klebelsberg Kuno kultuszminisztersége alatt kiírt ének-tankönyv pályázatot az akkor már halott Kacsóh tankönyvei nyerték meg. A magyar zenetörténetben Kacsóh Pongrácot ének szakfelügyelőként és énektankönyv-íróként Kodály Zoltán, zongora szakfelügyelőként Bartók Béla elődjének tekintik.
Szirmai Albert zeneszerző így ír róla: „Kacsoh zenéje a legigazibb zene volt, amit magyar zeneköltő valaha adott. Ez a titka Kacsoh hódító sikereinek és ez a nyitja annak, hogyan tudta ez a kolozsvári matematika-tanár egy egész ország lelkét elandalítani és elbűvölni.”
A János vitéz sikerét későbbi művei nem érték el, bár Rákóczi (1906), illetve Mary-Ann (1908) című operettjeit országszerte játszották. Dorottya című daljátékára (1918) ugyan kapott szerződést, de azt csak halála után több évvel mutatták be. Kacsóh kísérőzenét írt több színdarabhoz, így Molnár Ferenc Liliomához is, emellett kórusműveket, az első világháború alatt katonadalokat is komponált. Méltatói szerint műveiben szerencsésen egyesítette a népies elemeket a klasszikus nagyoperettel, megújítva a magyar daljáték műfaját.
Kacsóh Pongrác 1913-ban megnősült, de fia születése után hamar elvált feleségétől. Az első világháború, a forradalmak és magánéleti válsága megtörték. Egyre jobban kerülte a társaságot, legtöbb idejét a fiával töltötte. 1922 májusában az utcán vesztette el eszméletét és esett össze. Kezelni kezdték, vidékre járt pihenni, de rohamai egyre súlyosbodtak. 1923 decemberében a Szent János Kórház elmeosztályára került, ahol december 16-án, egy nappal ötvenedik születésnapja után meghalt. Sírja a Fiumei Úti Sírkertben van, síremlékét Füredi Richárd készítette. Mellszobra Kecskeméten, emléktáblája Budapesten, a VIII. kerületi Szűz utca 2. szám alatt található, a főváros XIV. kerületében utat neveztek róla el.
A János vitézt 2023-ban, a Petőfi Sándor születése 200. évfordulóját ünneplő rendezvénysorozat keretein belül több feldolgozásban is bemutatták.
A képen Kacsóh Pongrác zeneszerző, zenepedagógus, tanár portréja a János vitéz című, a daljátékról szóló 1904-es kiadású könyvben.
