Colonia Claudia Savariensum, azaz a Savariaiak Claudiusi Coloniája néven alakult meg a római város, amelynek első lakói leszerelt katonák és észak-itáliai kereskedők voltak. A colonia elnevezés a legmagasabb rangú települést jelölte, lakosai teljes római polgárjoggal rendelkező telepesek voltak. Általában jó stratégiai fekvésük alapján választották ki erre a címre a városokat, gyakran katonai táborok helyén. Savaria esetében is feltételezik egy korai katonai tábor meglétét, de a régészeti kutatások még nem igazolták ezt.
A Borostyánkőút megléte azonban bizonyított, Európa-szerte kevés helyen maradt fenn ez az ókori sztráda, s e kevesek közé tartozik Szombathely. Az Itáliát Észak-Európával összekötő útvonal csak az újkorban kapta meg elnevezését a rajta szállított, a Balti-tengerből származó borostyánról. Nem csupán a kereskedők használták: a légiók is ezen meneteltek, a postát is rajta szállították, és természetesen a tartományok közötti összeköttetést is ez az út biztosította. Savaria az észak–déli fővonala mellett helyezkedett el, de több leágazás is indult innen. A város jelentőségét bizonyítja az itt megtalált mérföldkő is. A rajta szereplő 675-ös szám a Rómától való távolságot jelzi. Tudvalevő, hogy csak a legfontosabb településeken állítottak Rómától mért távolságot jelző mérföldkövet (675 mérföld körülbelül ezer kilométert jelent).
Szombathelyen a város több pontján is találkozhatunk a Borostyánkőúttal: a Romkertben, az Iseumban, és még egy bankfiók üvegpadlóján keresztül is megpillanthatunk egy ókori útkereszteződést. A településeken kőből, az országutakon bazaltlappal kirakott ókori út azért is maradt fenn kevés helyen, mert a középkorban elsősorban nem az utak, hanem a folyók mellett jöttek létre a települések. A középkori utakat bevezették a településekre, a fennmaradt ókori út kőanyagát pedig építkezésre használták fel, vagy egyszerűen betemették.
Savaria kialakulásának másik fontos tényezője a Borostyánkőút közelében található Savarias-patak volt (a mai Perint), amelyről a város a nevét is kapta. A késő császárkorban a Sabaria elnevezést is használták a városra, s mindkét változat fennmaradt. A környék vízfolyásait a rómaiak szabályozták, a közeli Gencsapáti területén fekvő gátat ma is Római-gátnak nevezik. Innentől ástak egy mesterséges medret, bevezették a városba a vizet, amely aztán Sárvárnál torkollott a Rábába: ez a mai Gyöngyös-patak.
Savaria történelmét több császár is befolyásolta az alapító Claudiuson kívül: Traianus császár Felső-Pannónia tartomány polgári közigazgatásának székhelyévé tette. Hadrianus császár idején kőből épült városfal vette körül Savariát, elkészült a vízvezeték és az úthálózat is, köz- és magánépületek sokasága készült el. Krisztus után 193-ban a pannoniai légiók Septimius Severust kiáltották ki császárnak. Néhány forrás szerint Savariában, de ezt nem sikerült igazolni, s valószínűleg csak az avatási ceremónia helyszíne volt a város. Diocletianus császár közigazgatási reformja értelmében a tartományt kettéosztották, és az így létrejött Pannonia Prima központja lett Savaria. Ekkor kezdték építeni a helytartói rezidenciát, amelyet később császári tartózkodásra alkalmas palotává alakítottak át. Az ókeresztény vallás két kiemelkedő személyisége is a városhoz köthető: 316-ban itt született Szent Márton, Szent Quirinust pedig – épp a város központi tartományi szerepe miatt – 303-ban itt ítélték halálra, majd kővel a nyakában a Savarias-patakba vetették.
Több császár is megfordult a városban, I. Valentinus 375 őszét töltötte itt, mert a környéken egyedül Savaria volt alkalmas a császári udvar befogadására. A város pusztulását 456-ra teszik, ekkorra már hanyatlásnak indult, épületei, közművei tönkrementek. Korábbi feltételezések szerint földrengés pusztította el Savariát. A kutatások jelenlegi állása szerint geológiailag feltételezhető ugyan egy ilyen kataklizma a környéken, de a régészek nem találtak bizonyítékot rá. A megváltozott életkörülmények és történelmi helyzet ellenére sok római polgár élt továbbra is itt, így maradhatott fenn a város és ókori elnevezése a mai napig.
A szombathelyi belvárosban szinte bárhol római maradványokra bukkanhatunk, s két jelentős feltárási helyszínen meg is tekinthetők a római kori emlékek: az Iseumban és a Járdányi Paulovics István Romkertben. A városban másutt is találkozhatunk ókori emlékekkel, többek között a MÁV-székházban. Az építésekor, az 1900-as évek elején talált római kori falmaradványokat beépítették a pincébe, ezek alkalmanként látogathatók is. A kutatások szerint a falak egy gabonatároló építményhez tartoztak a római város falain kívül. A népvándorlás kori erősödő támadásokat megnövelt katonasággal tudták csak megállítani a rómaiak, ám a megnövekedett létszám nagyobb élelmiszer-szükségletet is jelentett. Ennek kielégítésére építhették a 4. században ezt a gabonatárolót.
Szombathely belvárosában, a püspökkertben 1938-ban fogtak hozzá a papi szeminárium bővítéséhez, és a földmunkák során mozaiktöredékekre bukkantak. Géfin Gyula pápai prelátus rögtön felismerte a leletanyag jelentőségét, és Járdányi Paulovics István vezetésével elkezdődtek a régészeti feltárások. A több mint ezer négyzetméteres mozaikpadló az egykori helytartói palota dísztermének ékessége volt. De megtalálták itt az ókori Mercurius-szentély falait, egy fürdőházat, a Borostyánkőút egyik darabját és egy vámházat a világ egyetlen kerek bronz vámbélyegzőjével. A mozaikpadlót 2020-ban restaurálták, de visszahelyezésének és látogathatóságának feltétele volna egy új épület, ennek elkészítéséhez azonban jelenleg a püspökség nem járul hozzá.
Az Iseum Savariense Régészeti Műhely és Tárház nevével utal az itteni ásatások talán legjelentősebb leletegyüttesére, az Isis istennő számára emelt egykori szentélyre. Az egész Római Birodalom területét figyelembe véve a római és az alexandriai után a harmadik legnagyobb Isis-szentély volt a savariai. Egyiptom bekebelezése, a Krisztus előtti 31-es actiumi csata után terjedt el a Római Birodalomban Isis istennő kultusza. Először ugyan elutasították a rómaiak az egyiptomi főisten, Osiris feleségének, a hitvesi hűség és az anyai szeretet megtestesítőjének a tiszteletét, később azonban engedélyezetté vált.
A birodalom növekedésével, lakosságának sokszínűségével együtt járt, hogy egyes misztériumvallásokat is elfogadjanak. Az Isis-kultusz jeles napjai igazodtak a római naptárhoz, beolvadtak a római vallás hiedelemvilágába. Savariában először fából épült az Isis-szentély, a 2. században a régi templom és a környékbeli műhelyek lebontásával kialakult területen aztán hatalmas kőtemplomot emeltek, ennek maradványai, rekonstruált elemei láthatók a 2011-ben megnyílt kiállítási területen. Az Isis savariai otthona című interaktív kiállítás az Iseumban talált leletek mellett az antik ember mindennapjait átszövő magán- és hivatalos vallásosság emlékeit tárja a látogatók elé.
A Savaria Múzeum lapidáriuma számos izgalmas lelettel rendelkezik a Római Birodalom idejéből. Ókori emléknek tekinthető Közép-Európa egyik legrégebbi temetője is: a Szent Márton-sírkert, amelyet az 1. századtól 1962-ig folyamatosan használtak. Szentmárton különálló település volt korábban, természetesen az itt született szentről kapta a nevét az itteni templom és a temető is. Valószínűleg először ide temették Szent Quirinust, hiszen ez volt az ókeresztények sírkertje is, de számtalan más római polgár síremléke is előkerült már innen.
