Az Ernst Pernicka professzor vezette hároméves projekt a Tübingeni Egyetem által még 1988-ban kezdett ásatások analíziseit és publikációit vizsgálta. Az új ásatások, a geofizikai mérések és további próbafúrások mostanra a fellegvár alatti rétegek alaposabb vizsgálatát tették lehetővé.
A régészcsoport egy egy kilométer hosszú, bronzkori védelmi vonal alaprajzának meglétét erősítette meg. Az ároktól délkeletre, illetve a fellegvár déli oldalától 300 méterre levő kaput már teljesen feltárták. A késő bronzkori réteg a délkeleti oldalon található kapunál került elő, amelyre falak, utak, tároló helyiségek és egy ősi sütő utal; ezek azt jelentik, hogy i.e. 1700-tól (Trója VI) i.e. 1300-ig (Trója VII) a terület lakott, s jóval kiterjedtebb volt. Keletre egy másik ? sokkal szélesebb és mélyebb ? árkot is feltártak, ennek kormeghatározása azonban még zajlik.
Hiszarlik régészeti feltárása a XIX. században, az autodidakta Heinrich Schliemann kutatásával kezdődött meg. Az ősi település több rétegből áll, a korai bronzkortól (i.e. 3. évezred) a római időkig (i.e. 1. század) legalább kilenc város (Trója IX) osztozkodott területén, a romok pedig 15 méter magasan gyűltek össze. Azt még nem sikerült kideríteni, hogy ezek közül melyik volt a Homérosz Iliászában említett Trója, de sokak egybehangzó álláspontja szerint a Trója VII ihlette meg a mítoszt, amely az i.e. 13-10. századra datálódik, miközben az ókori Görögországgal foglalkozó történészek is az i.e. XIV-XII. századra teszik a háború idejét.
