Még a II. világháború idején kezdték el építeni a ma múzeumként üzemelő Sziklakórházat, mely a Múzeumok Éjszakájára tekintettel az egész hétvégén akciókkal fogadta a látogatókat. A fennállása idején többször is szükségkórházként üzemelő, földalatti, többször kibővített építmény előtt már napközben is különböző programokat szerveztek a kígyózó sorba rendeződött látogatóknak: a katonai eszközbemutató mellett véradásra jelentkezhettek az érdeklődők, sőt megtekinthették a Különleges Egységeket akcióban, valamint azt is, hogyan fest a harctéri segítségnyújtás testközelből. Ez a programpont is jól illeszkedett az intézmény profiljához, hiszen a kórház Budapest a II. világháborús ostroma alatt a Nemzetközi Vöröskereszt védelme alá került.
A kórházat a II. világháború kitörésével egy bombabiztos segélyhelyből építették ki. Kezdetben ugyan csak hatvanfősre tervezték, de hamar bebizonyosodott, hogy akár 200 ember ellátására lehet és kell ott berendezkedni. A kor legmodernebb eszközeivel volt felszerelve a kórház a nagy világégés idején, berendezéseit szerte Európában megirigyelték volna. Ugyan ma már nem a legkorszerűbb megoldásnak tűnik, hogy egy műtőben két beavatkozást is végezhettek, abban az időben ez nem jelentett problémát. Budapest ostroma alatt pedig már csak ez volt az egyetlen helyszín, ahol még lehetett röntgenfelvételt készíteni és operálni.
A kórház nem önálló intézményként üzemelt, folyamatosan a János Kórház fenntartása alatt állt. Ahogy azonban ostrom alá került a magyar főváros, megszakadt a kapcsolat a két intézmény között. Ennek ellenére tovább folyt a munka, s az eredetileg a civilek számára létrehozott kórházban magyar és német katonákat is elláttak különbségtétel nélkül. Ugyan a háború vége felé közeledve az eszközök utánpótlása teljesen leállt, és a fertőzés mértéke minden képzeletet felülmúlt, számos életet sikerült itt megmenteni.
A kórházhoz személyes sorsok sora kötődik: a háború idején például az itt dolgozó munkaszolgálatos orvosok legtöbbjének életét sikerült megmenteni, sőt nem egy rokonuknak is rejtekhelyet biztosított a kórház. Miután a világháború után bezárták, majd az 50-es években titkosították a létesítményt, s létezéséről nem tudhatott senki, az 56-os forradalom idejére kinyitotta kapuit a kórház: ebben az időszakban hét gyermek született ott. Az életmentés szellemében pedig ugyanúgy segítettek civilen és forradalmáron, mint a sebesült szovjet katonákon.
A forradalom után bezárták a kórházat és többé nem is nyílt meg. A kommunizmus idején egy gondnok családra bízták a karbantartást. A gépész apa többek között minden nap elindította a szellőztetést, mely rövid idő alatt kicserélte a földalatti levegőt. Nagymértékben az ő munkájának köszönhető, hogy a kórház berendezése és felszerelése ilyen jó állapotban látható ma is.
Az 50-es évek második felében kibővült a létesítmény: a hidegháborús félelmekre reagálva atombunkerré alakították. A gondnok család a hidegháborús protokollt követve senkinek nem mutathatta meg a kórházat. A legenda szerint ekkor csak egyszer használták a röntgengépet, a gondnok eltört ujjának megvizsgálására.
A nonprofit cég fenntartásában álló kórház ugyan uniós támogatásból hozta létre 2012-ben a hadiorvoslás mai helyzetét bemutató legújabb kiállítási részlegét, alapvetően a jegybevételekből tartja fenn magát. A kisszámú, de lelkes csapat a nyitvatartási időben óránként indít vezetett túrát magyarul és angolul; más nyelvek esetén, illetve 15 fő feletti csoportok esetén előzetes regisztráció szükséges.
