A Kolozs megyei Tordán látta meg a napvilágot nagy múltú erdélyi arisztokrata családban, főnemesi ősei, rokonai fontos hivatalokat viseltek. A műveltség szerves része volt életüknek, így a gyermek Jósika szinte egyszerre tanult meg magyarul, németül és latinul, később franciául és angolul, s éppoly szenvedélyesen olvasott, mint lovagolt. Elsősorban a történelmi művek érdekelték. Kamaszkorában verseket is írt, amelyek Magyarosközi Gábor álnéven folyóiratokban jelentek meg.
A kolozsvári konviktusban jogot tanult, majd tanulmányai végeztével katona lett. A napóleoni háborúk idején Szászországban és Galíciában szolgált, 1813-tól Itáliában állomásozott. 1814-ben főhadnaggyá, majd kapitánnyá léptették elő, 1815-ben az osztrák csapatokkal vonult be Párizsba. A francia fővárosban ismerkedett meg a felvilágosodás irodalmával, a bontakozó romantikával, s ennek hatására elhatározta, hogy – odahagyva a katonaéletet – író lesz. Kezdetben német nyelvű drámákkal próbálkozott, de nem találta meg az igazi hangját.
1817-ben megnősült. Felesége, Kállay Erzsébet szép, de kicsinyes és önző asszony volt, aki értetlenül fogadta férje műveltség iránti vonzalmát, írói törekvéseit. A házasság hamarosan ellenségeskedésbe fordult, s Jósika végül feleségét és gyermekeit elhagyva szurduki birtokára költözött. Az 1830-as évektől – ifjabb Wesselényi Miklós báró barátjaként – részt vett az erdélyi közéletben, politikai tárgyú röpiratokat írt, amelyek akadémiai dicséretben is részesültek. 1835-ben a Magyar Tudós Társaság levelező, egy évvel később rendes tagjává választották.
1836-ban Pestre költözött, s kiadatta Abafi című regényét, amelynek megjelenésekor első kritikusa, Szontagh Gusztáv így kezdte kritikáját: „Uraim, le a kalapokkal!” A mai olvasó számára meglehetősen nehézkes nyelvezetű mű a Walter Scott-i történelmi regény hagyományait követi, az erdélyi múlt rendkívül színes rajza, a szemléletesen megformált alakok méltán tették népszerűvé kora olvasóinak körében. Jósika így írt művéről annak előszavában: „Egy lélekrajzot adok itt az olvasó kezébe. Célzása komoly, s oda megy ki, hogy erős akarattal minden aljast le lehet győzni, hogy a tökély útja nehéz, számtalan visszaesések vannak a megszokott rosszra: de végre lelki erő diadalt nyer, ha tud akarni.”
1848-ig Jósika legjobb időszaka következett, egymás után születtek regényei: A könnyelműek (1837), A csehek Magyarországban (1839), Zrínyi, a költő (1843), Ifjabb Békesi Ferenc kalandjai (1844–45), Akarat és hajlam (1846), Egy kétemeletes ház Pesten (1847), Jósika István (1847).
Az írás mellett a közéletben is hasonló lendülettel tevékenykedett. 1838-ban tagja, majd 1842-ben elnöke lett a Kisfaludy Társaságnak. Az 1848–49-es forradalom és szabadságharc idején Kossuth Lajos mellett állt, a felsőház és az Országos Honvédelmi Bizottmány tagja, majd 1849-ben a legfelsőbb törvényszék főbírája volt.
A sikerrel együtt a boldog szerelmet is megtalálta Podmaniczky Júlia személyében. Választottját azonban nem vehette nőül, mert felesége hallani sem akart a válásról, és a Szentszék sem adta meg erre az engedélyt, Júlia azonban így is vállalta szerelmét. Tizenegy év után Jósika, megunva az egyházi hercehurcát, áttért a református vallásra, amely lehetővé tette a házassági kötelék felbontását, és 1847-ben összeházasodott Júliával. A szabadságharc bukása után emigráltak, előbb Lipcsébe, majd Brüsszelbe mentek. Itthon Jósikát távollétében halálra ítélték, és nevét az akasztófára szögezve jelképesen (in effigie) kivégezték.
Az emigráció első évei nehezen teltek, anyagi nehézségekkel kellett szembenézniük. Jósika németül írt gyengén fizető regényeket, Júlia pedig csipkekereskedést nyitott, s ő maga is írogatott. Csaknem tíz évnek kellett eltelnie, hogy végre gondtalanul éljenek, s Jósika művei idegen földön is sikert arassanak. Közben magyar nyelvű regényekkel is próbálkozott, amelyek Magyarországon névtelenül jelentek meg, s nem igazán olvasták őket.
1860-ban Drezdába költöztek, ahol Jósika tevékeny részt vállalt a magyar emigráció szervezkedéseiben, egy ideig az emigráció sajtóirodáját is vezette. 1860 után visszatérhetett volna Magyarországra, csakhogy akkor ez már nem állt szándékában, újabb regényeit viszont, immáron nevével kiadták szülőhazájában.
Jósika 1865-ben ismét komolyabb vállalkozásba fogott, emlékiratait kívánta megírni, de ez csak részben sikerült. 1865. február 27-én, hosszas betegeskedés után Drezdában meghalt. Itthon nemzeti gyásszal fogadták halálhírét, Jókai gyászbeszédében azt mondta, Jósika volt a magyar regényírás kezdete. Hamvait 1894-ben Kolozsvárra szállították, és a Házsongárdi temetőben helyezték örök nyugalomra.
