A múzeum ugyan részlegesen már 2017-től látogatható volt, a maga pompájában azonban csak 2021. április 3-án, az úgynevezett A fáraók aranyparádéja című eseményt követően nyílt meg. Akkor ugyanis hatalmas ünnepi felvonulás keretében 22 múmia „költözött át” a Tahrir téri Egyiptomi Múzeumból ide. Az egykori uralkodókat a Dejr el-Bahari királyi gyorsírótárban és II. Amenhotep sírjában találták meg 1881-ben és 1898-ban. Azóta már többször szállították őket, míg végül úgy tűnt, hogy az Egyiptomi Múzeumban végső helyet találtak nekik. Ám a Tahrir téri intézmény a növekvő számú régészeti lelet beérkezése miatt már nem tudta teljeskörűen bemutatni az ókori egyiptomi kultúrát, ezért új múzeumok létrehozásáról döntöttek: a Nagy Egyiptomi Múzeuméról (ami egyelőre csak részlegesen nyílt meg) és az Egyiptomi Civilizáció Nemzeti Múzeumáéról. Ez utóbbi épületében kaptak új otthont a múmiák, amelyeket nitrogénatmoszférájú konténerekben szállítottak át.
A 490 ezer négyzetméter alapterületű múzeum két különálló részből, kronologikus és tematikus egységből áll. A múmiák a tematikus részben, különleges installatív helyzetben kaptak helyet, amelynek hatására a látogató mintha a Királyok Völgyében sétálna, ahol Egyiptom 17 ősi királya és négy királynője eredetileg is pihent. A Királyi Múmiák Galériájába lefelé kell haladni. Kör alakú termen át vezet az út, amelynek padlójára vetített felvételen a Nílus vize hullámzik, a mennyezetén pedig az egyiptomi kultúra emblematikus kincseinek képei kavarognak. Ez a szakasz azt célozza, hogy a néző maga mögött hagyja a valós időt és teret, az elsötétített termekbe már áthangolódva érkezhessen meg.
A múmiák vitrinekben pihennek, de a szarkofágjaik is itt vannak. Táblákon olvashatók el az egykori uralkodókhoz kapcsolódó legfontosabb információk; olyanok, amelyek közelebb hozzák a személyiségüket, egykori karakterüket. A múmiák már önmagukban is ámulatba ejtők, bemutatásuk pedig kivételesen tiszteletteljes. Számos olyan egyéb tárgyat látunk itt, amelyekre rácsodálkozhatunk: Ahmesz-Nofertari királynő külső koporsójának apró mintáiban például teljesen el lehet veszni. Amenhotep király szarkofágja szintén rendkívüli műtárgy: az övé volt az egyike a nagyon kevés érintetlen, háborítatlanul hagyott múmiának. Koporsójának bonyolult virágdíszei csodásak, és a múmiamaszkja is a helyén van. Thotmesz király koporsója tündöklő aranydíszeinek nyomát még ma is fellelhetjük: ez a műtárgy egy letűnt korszak gazdagságát és pompáját mutatja fel. Az Amenhotep király kanópusz-, azaz a belső szervek tárolására szolgáló edényeit őrző láda az ókori temetkezési szokásokról ad képet, akárcsak IV. Thotmesz király fajanszedényei.
A földszinti galéria lebilincselő utazásra hív, amelynek során a látogató Egyiptom különböző korszakain haladhat át, átfogó képet kap a térséghez kötődő civilizációkról és legfontosabb vívmányaikról. A prehisztorikus időktől, a fáraók idejétől indulva haladunk a görög-római, a kopt korszakon, a középkoron, valamint az iszlám koron át egészen a mai egyiptomi világig, amelyben a klasszikus tradíció keveredik a kortárs kultúrával. Kisebb tematikus egységek ezen a szinten is találhatók, mint például a civilizáció ébredéséről, a Nílusról, az írásról, az államról és a társadalomról, a tárgyi kultúráról, valamint a hiedelmek világáról szólók.
A legrégebbi műtárgy a Nazlet Khaterben talált csontváz. Ez a lelet a második legrégebbi egyiptomi csontváz, közel 35 ezer éves. A kiállítás különleges darabja II. Isetemkheb királynő bőrből készült sátra is, amelyet a mumifikálás előtt álló test megtisztításának szent rituáléjához használtak. Láthatunk szép állapotban megőrződött kopt mozaikokat, IV. Thotmesz pazar aranyozott szekerének egy darabját, valamint lábujjprotézist, amely a múlt orvosi gyakorlatáról ad képet, és gyönyörű alabástrom vízórát is, amelynek feliratai az egyiptomi zodiákus titkait fedik fel, és a kor időmérő módszereibe engednek bepillantást.
A Nilos szobor az ókori Római Birodalomból származik: a Nílust megszemélyesítő istenség mindig vízilóra támaszkodott, a rómaiak számára ugyanis ez az állat szimbolizálta Afrikát, a Nílus eredetét, valamint a vadon élővilágát. A Baouweetben talált templomkupola részlete gyönyörű kopt freskót rejt, Fárúk király emlékműve pedig a gazdagon díszített iszlám műtárgyak szép példája, miként a népviseleti öltözékek is. Ezen a részen ékszerek, papirusztekercsek, szent könyvek, kerámiatárgyak, szobrok és ősi leletek láthatók még, amelyek között bolyongva megismerhetjük azt a sokféle kultúrát, amelyek mind a mai napig hatással vannak Egyiptomra.
