Karol Józef Wojtyła néven született 1920. május 18-án a Krakkóhoz közeli Wadowicében. Szüleit és testvérét korán elvesztette, egyetemi tanulmányait a második világháború szakította félbe. Dolgozott gyárban, kőbányában, 1942-ben jelentkezett a náci megszállás idején illegálisan működő papi szemináriumba. 1946-os pappá szentelése után Rómában, a pápai egyetemen szerzett teológiai doktorátust. Több helyen szolgált, egyházi közösségét új módszerekkel szervezte, kirándulásokra, túrákra vitte a fiatalokat. A teológiai kar etika szakának elvégzése után a krakkói szemináriumban és a lublini egyetemen tanított.
XII. Pius pápa 1958. július 4-én krakkói segédpüspöknek nevezte ki, püspökszentelése szeptember 28-án volt a krakkói Wawel-székesegyházban. 1964 januárjában Szent VI. Pál pápa kinevezte Krakkó érsekévé, majd 1967. június 26-án bíborossá kreálta.
Aktívan részt vett az 1962 és 1965 között tartott II. vatikáni zsinat munkájában, amelynek eredményeként a katolikus egyházban a tekintélyelv helyett a szolgálat, az igehirdetés került előtérbe. 1978-ban, a „három pápa évében”, amikor a VI. Pált követő Boldog I. János Pál harminchárom napi uralkodás után elhunyt, október 16-án általános meglepetésre a viszonylag ismeretlen lengyel bíborost választották meg a katolikus egyház fejének.
Nevének a II. János Pált választotta, ezzel is jelezve, hogy folytatni kívánja elődje politikáját. Arra törekedett, hogy helyreállítsa a tanbeli egységet, visszatérésre bírja a hivatalos egyházi tanításokhoz a túlzókat, a tanítóhivataltól eltérőket. A katolikus egyház kormányzásában is új rendszert vezetett be.
Sohasem tagadta meg gyökereit: lengyel hazája iránti szeretetét, a népi hagyományokban gyökerező Mária-tiszteletet, a munkásként szerzett tapasztalatokat, a lengyel zsidók deportálásának és az ellenük elkövetett népirtásnak az elítélését és a kommunizmus elleni harcot. Befolyása messze túlterjedt a Vatikánon, első, 1979-es lengyelországi látogatása nagyban hozzájárult a kommunista rendszer bukásához.
Egészsége 1993-tól kezdett hanyatlani, a Parkinson-kórban is szenvedő II. János Pál pápa 2005. április 2-án, nyolcvannégy éves korában, huszonhat év, öt hónap és tizenhét nap uralkodás után halt meg.
A 266 katolikus egyházfő közül csak Szent Péter és Boldog IX. Pius ült nála hosszabb ideig a pápai trónon. Ő volt a legtöbbet utazó pápa, nagyobb utat tett meg, mint valamennyi elődje együtt: száznégy külföldi látogatása során százhuszonkilenc országot keresett fel, eközben a Föld–Hold-távolság háromszorosát tette meg. Magyarországon két alkalommal, 1991. augusztus 16. és 20. között, majd 1996. szeptember 6-7-én járt. Minden elődjénél több szentet és boldogot avatott, bíborost kreált. Ő avatta boldoggá (1979), majd szentté (1997) Hedviget, Nagy Lajos király legfiatalabb lányát, ő emelte a szentek sorába Árpád-házi Kinga lengyel királynét (1999), avatta boldoggá Apor Vilmos vértanú győri püspököt (1999), Batthyány-Strattmann Lászlót, a „szegények orvosát” (2003) és IV. Károlyt, az utolsó magyar királyt és osztrák császárt (2004). Megreformálta a kánonjogot, a katolikus egyház törvénykönyvét, elkészíttette az új katekizmust.
Bocsánatot kért a katolikus egyház múltbéli bűneiért, törekedett az Észak–Dél-ellentét feloldására, szót emelt az emberi jogokért.
Beszédeit maga írta, és a „pápai többes szám” helyett az egyes szám első személyt használta.
Boldoggá avatási eljárását már temetésének hónapjában, az előírt öt évnél korábban elindította XVI. Benedek pápa. Boldoggá avatására rekordgyorsasággal, 2011. május 1-jén került sor, miután megtörténtnek ismertek el egy közbenjárására bekövetkezett csodát, Marie Simon-Pierre francia apáca felépülését a Parkinson-kórból. Boldog II. János Pál ünnepnapjának október 22-ét, pápaságának kezdetét jelölték ki.
A szentté avatáshoz szükséges második csodának egy Costa Rica-i asszony gyógyulását ismerték el, aki a lengyel pápához intézett imái nyomán gyógyult meg halálosnak minősített betegségéből. A szertartást 2014. április 27-én, az Isteni Irgalmasság napján tartották (ennél gyorsabb csak Padovai Szent Antal kanonizációja volt a 13. században). Ezt az ünnepet II. János Pál vezette be Szent Fausztina (Helena Kowalska) lengyel szent tiszteletére.
Néhány nappal később szentelték fel a budapesti Szent István-bazilikában Magyarország első, Szent II. János Pálról elnevezett kápolnáját, a fővárosban nevét viseli a korábbi Köztársaság tér, több magyar városban áll szobra. Lengyelországi szülőháza múzeum, életét több film, sőt musical is feldolgozta.
