Jovan Damjanic néven a horvátországi Sztázán (Staza) látta meg a napvilágot egy szerb határőrcsalád gyermekeként. Ő maga is a katonai pályát választotta, a hadiiskola elvégzése után alhadnagy, hadnagy, majd százados lett, 1847-ben feleségül vette Arad vármegye főszolgabírójának lányát, Csernovics Emíliát. A forradalom kitörése után Temesváron a 61. Rukovina sorezred főszázadosaként összeszólalkozott a rebellis magyarokat szidalmazó parancsnokával, Julius von Haynau báróval, s büntetésül Észak-Itáliába helyezték át. (Haynau sem maradt a helyén, őt a magyar kormány kérésére vezényelték el.)
Damjanichot júniusban a hadügyminiszter, Mészáros Lázár hazahívta, és őrnagyi rangban a szegedi 3. honvédzászlóalj parancsnokának nevezte ki. Az ekkoriban kezdődött szerb felkelés után a délvidéki hadszíntér lett a magyar hadsereg és tisztikar iskolája, itt harcolt Vécsey Károly, Vetter Antal, Kiss Ernő és Lenkey János is. Damjanich részt vett Szenttamás két ostromában és az október 13-i törökbecsei ütközetben, helytállásáért alezredessé léptették elő. Ezután a Versecen és Fehértemplomon állomásozó dandár parancsnoka volt, december 12-én Károlyfalvánál és Alibunárnál, 15-én Jankovácnál aratott győzelmet, de Kiss Ernő hadtestparancsnok határozatlansága miatt nem érték el a szerb erők teljes felmorzsolását.
1848. december 20-án lett vezérőrnagy, s 1849. január 9-én átvette Kiss Ernőtől a bánsági hadtest parancsnokságát. A Windisch-Graetz hadjárata miatt 1849 elején Debrecenbe menekült kormány elrendelte a Délvidék kiürítését, Damjanichot a főhadszíntérre vezényelték. A tábornok távozásakor ezt a kiáltványt intézte a szerbekhez:
Damjanich hadteste február közepén tagolódott be a Tisza mögé visszahúzódott főseregbe. Március 5-én Vécsey Károly Bácskából kivont csapataival együtt nagy győzelmet aratott a Szolnokot megszállva tartó és az azok segítségére küldött császári csapatok felett, Ferdinand Karger osztrák dandárja csak azért nem semmisült meg, mert a két magyar vezér összeveszett. A III. hadtest parancsnokának kinevezett Damjanich jelentős szerepet játszott a tavaszi hadjárat tápióbicskei, isaszegi, váci, nagysallói és komáromi győzelmeiben. Tápióbicskénél Klapka György majdnem vereséget szenvedett, amikor Damjanich vörössipkásai megfordították az ütközetet. Az isaszegi csatában Aulich Lajos egységeinek megérkezése segítette Damjanich és Klapka hadtesteit a győzelemhez Franz von Schlik és Josip Jelasics seregeivel szemben. Damjanich nehéz természetű, indulatos, a kegyetlenségig menően szigorú és goromba volt, katonái mégis rajongtak érte, tűzön-vízen át követték.
Balesetét Kossuth országos csapásnak nevezte, kiválását az orosz intervenció után túlerő ellen küzdő tábornoki kar igencsak megszenvedte. Szegeden ápolták, s még betegen lett az aradi vár parancsnoka. A világosi fegyverletétel után, augusztus 17-én az osztrákok helyett az oroszoknak adta át a várat, ezzel ismét feldühítve egykori felettesét, a teljhatalmú osztrák főparancsnokká kinevezett Haynau táborszernagyot.
Az oroszok végül kiadták az osztrákoknak, és a bosszút lihegő Haynau utasítására a császári hadbíróság 1849. október 5-én tizenkét társával együtt felségárulásért lefokozásra, vagyonelkobzásra és a katonatiszt számára megalázó kötél általi halálra ítélte. A kivégzésekre másnap hajnalban került sor, az életében egyetlen vereséget sem szenvedő Damjanichot utolsó előttiként szólította a bakó az akasztófa alá, így végig kellett néznie társai halálát. Végső szavai így hangzottak: „Azt gondoltam, én leszek az utolsó, mert a csatában mindig az első voltam. Szegény Emíliám! Éljen a haza!” Haynau kicsinyes bosszújának az is része volt, hogy a hatalmas termetű Damjanichot szabványméretű bitófára akasztották, így törött lába is leért a földre, és a pribékek a kötelet húzva megfojtották. Egykori haragosa,
Kivégzése után tetemét a zsigmondházi réten hantolták el, majd titokban Csernovics Péter főispán mácsai birtokán temették el, földi maradványai 1974-ben kerültek az aradi tizenhárom vértanú emlékhelyére. Magyarországon és déli szomszédjainkban is több helyen áll szobra vagy emlékműve, így szülőfalujában, Szolnokon, Adán és Aradon, nevét számos közterület és intézmény viseli.
